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- PDB-9fjz: Teth514_1788 1,2-beta-oligomannan phosphorylase in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fjz
タイトルTeth514_1788 1,2-beta-oligomannan phosphorylase in complex with mannoheptaose
要素1,2-beta-oligomannan phosphorylase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Enzyme / Phosphorylase / Carbohydrate / Mannose
機能・相同性1,2-beta-oligomannan phosphorylase / Mannoside phosphorylase / beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / GDP-mannose biosynthetic process / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / glycosyltransferase activity / PHOSPHATE ION / 1,2-beta-oligomannan phosphorylase
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter sp. X514 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cioci, G. / Ladeveze, S. / Durand, J. / Potocki-Veronese, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Teth514_1788 1,2-beta-oligomannan phosphorylase in complex with mannopentaose
著者: Cioci, G. / Ladeveze, S. / Durand, J. / Potocki-Veronese, G.
履歴
登録2024年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase
B: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,56212
ポリマ－69,8562
非ポリマー2,70610
水9,278515
1
A: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2627
ポリマ－34,9281
非ポリマー1,3346
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3005
ポリマ－34,9281
非ポリマー1,3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.110, 137.110, 168.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 299 / Label seq-ID: 2 - 299

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1,2-beta-oligomannan phosphorylase / 1 / 2-beta-oligomannan:phosphate alpha-D-mannosyltransferase


分子量: 34927.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter sp. X514 (バクテリア)
遺伝子: Teth514_1788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0K2C2, 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 523分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.8M Na Citrate 0.1M Na Cacodylater pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 81687 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.734 / Num. unique obs: 11816 / CC1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→44.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.292 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1751 4081 4.997 %
Rwork0.1683 77581 -
all0.169 --
obs-81662 99.917 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.177 Å20.089 Å20 Å2
2--0.177 Å2-0 Å2
3----0.576 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4814 0 179 515 5508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0125124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8711.8386956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3761.77511098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9995594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.313530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.74510848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg11.01710234
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.210.24546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.22355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22328
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1170.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0990.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.140.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2484.0452382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2484.0452382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.147.2652974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.147.2682975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.784.5892742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.784.5882743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1468.3593982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1458.3583983
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.9743.0915552
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.86641.9445417
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0460.0510187
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.045820.05011
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.045820.05011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.263160.26656440.26559620.9570.96299.96650.244
2.36-2.4240.2782630.25155660.25258290.9630.9661000.228
2.424-2.4940.2672960.2353800.23256770.9630.9799.98240.207
2.494-2.5710.2542800.22451760.22554580.9630.9799.96340.2
2.571-2.6550.2333160.20450240.20553410.9680.97499.98130.184
2.655-2.7480.2152350.19749460.19751830.9730.97799.96140.178
2.748-2.8510.212530.18747330.18849870.9730.97999.97990.171
2.851-2.9670.1832490.17545830.17548330.9790.98199.97930.162
2.967-3.0980.1782270.17343680.17345960.980.98299.97820.163
3.098-3.2480.1941930.17942450.1844400.9810.98299.9550.171
3.248-3.4230.1562320.1839640.17941980.9870.98499.95240.175
3.423-3.630.1772200.17337700.17339930.9840.98599.92490.171
3.63-3.8780.1631670.15736080.15737770.9860.98799.9470.156
3.878-4.1860.1321610.14233340.14134990.9880.98899.88570.143
4.186-4.5820.131610.12831000.12832620.9890.9999.96930.131
4.582-5.1160.1081420.11828010.11729510.9930.99399.72890.121
5.116-5.8950.1721190.14624880.14826150.9870.9999.69410.149
5.895-7.1890.1611210.15621220.15622450.9850.98799.91090.156
7.189-10.0390.177900.15116920.15217870.9820.98799.72020.154
10.039-44.920.139400.1710370.16910810.990.9899.630.179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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