PDB-9fjt: Human Monoamine Oxidase B in complex with MC4762 inhibitor (9a) a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fjt

タイトル

Human Monoamine Oxidase B in complex with MC4762 inhibitor (9a) at 1.4 A resolution

要素

Amine oxidase [flavin-containing] B

キーワード

FLAVOPROTEIN / MAO / amine oxidase / oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / substantia nigra development / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Gottinger, A. / Binda, C.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design of Benzyl-triazolopyrimidine-Based NADPH Oxidase Inhibitors Leads to the Discovery of a Potent Dual Covalent NOX2/MAOB Inhibitor.
著者: Noce, B. / Marchese, S. / Massari, M. / Lambona, C. / Reis, J. / Fiorentino, F. / Raucci, A. / Fioravanti, R. / Casteloa, M. / Mormino, A. / Garofalo, S. / Limatola, C. / Basile, L. / ...

履歴

登録	2024年5月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fjt.cif.gz	247.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fjt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fjt_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fjt_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9fjt_validation.xml.gz	55.9 KB	表示
CIF形式データ	9fjt_validation.cif.gz	78.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Amine oxidase [flavin-containing] B

BBB: Amine oxidase [flavin-containing] B

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.920, 222.033, 85.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B 分子量: 58837.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / スルホベタイン分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₈NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1IDI / ~{N}-[[4-[[7-(1,3-benzoxazol-2-ylsulfanyl)-[1,2,3]triazolo[4,5-d]pyrimidin-3-yl]methyl]phenyl]methyl]-~{N}-methyl-prop-2-yn-1-amine 分子量: 441.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉N₇OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12 % (w/v) PEG 4000, 100 mM ADA buffer pH 6.5, 70 mM Lithium Sulfate, 4.5 mM Zwittergent 3-12

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.18 Å / Num. obs: 243584 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.081 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 12035 / CC_1/2: 0.627 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→47.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.031 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	6176	2.537 %
R_work	0.1667	237295	-
all	0.167	-	-
obs	-	243471	99.706 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.585 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.428 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7911	0	187	973	9071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	8400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	7945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.683	11438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.933	1.591	18343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.497	5	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.336	21.651	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.679	15	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	19.871	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.488	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.068	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	9276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.096	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.338	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.358	1.311	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.356	1.309	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.942	1.964	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.942	1.965	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.797	1.649	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.797	1.649	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.208	2.363	6419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.208	2.363	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.387	26.604	38225
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.225	26.042	37200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.275	448	0.265	17502	X-RAY DIFFRACTION	99.9276
1.436-1.476	0.325	406	0.304	17016	X-RAY DIFFRACTION	99.7538
1.476-1.518	0.28	417	0.27	16549	X-RAY DIFFRACTION	99.6652
1.518-1.565	0.244	440	0.23	16043	X-RAY DIFFRACTION	99.7458
1.565-1.617	0.2	399	0.176	15600	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.617-1.673	0.194	390	0.171	15076	X-RAY DIFFRACTION	99.9225
1.673-1.736	0.19	393	0.169	14582	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
1.736-1.807	0.177	364	0.148	14034	X-RAY DIFFRACTION	99.9514
1.807-1.888	0.176	343	0.153	13516	X-RAY DIFFRACTION	99.9351
1.888-1.98	0.248	354	0.191	12782	X-RAY DIFFRACTION	99.2145
1.98-2.087	0.176	315	0.174	12167	X-RAY DIFFRACTION	98.9771
2.087-2.213	0.162	300	0.138	11645	X-RAY DIFFRACTION	99.9916
2.213-2.366	0.164	276	0.141	10830	X-RAY DIFFRACTION	99.0546
2.366-2.556	0.15	278	0.128	10202	X-RAY DIFFRACTION	99.9428
2.556-2.799	0.163	272	0.138	9363	X-RAY DIFFRACTION	99.5969
2.799-3.13	0.154	203	0.138	8543	X-RAY DIFFRACTION	99.8402
3.13-3.613	0.158	193	0.146	7517	X-RAY DIFFRACTION	99.2278
3.613-4.424	0.165	173	0.144	6415	X-RAY DIFFRACTION	99.6069
4.424-6.252	0.192	140	0.169	5029	X-RAY DIFFRACTION	99.9613
6.252-47.18	0.312	72	0.207	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.1284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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