[日本語] English
万見
- PDB-9fj2: Rubrerythrin from Clostridium difficile P28 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fj2
タイトルRubrerythrin from Clostridium difficile P28
要素Rubrerythrin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Non-heme iron / Iron-Cysteine center / Dinuclear / Rubredoxin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN ATOM / Rubrerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile P28 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Salgueiro, B.A. / Matias, P.M. / Romao, C.V.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT) ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of the Rubrerythrin from Clostridium difficile P28 obtain by microdialysis method.
著者: Salgueiro, B.A. / Matias, P.M. / Romao, C.V.
履歴
登録2024年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
C: Rubrerythrin
D: Rubrerythrin
E: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,83537
ポリマ－163,4148
非ポリマー1,42029
水8,503472
1
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
C: Rubrerythrin
D: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,42519
ポリマ－81,7074
非ポリマー71815
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21800 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area29380 Å2
手法PISA
2
E: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,40918
ポリマ－81,7074
非ポリマー70214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21780 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area29980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.767, 67.674, 95.325
Angle α, β, γ (deg.)93.290, 98.337, 106.878
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Rubrerythrin


分子量: 20426.812 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile P28 (バクテリア)
遺伝子: CIAN88_10840, DXA38_08075, G4D54_07625, I5Q87_04165
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A099I6D2
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: microdialysis / pH: 8 / 詳細: 2.5M Ammonium Sulfate in 0.1M Tris HCl pH8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50.66 Å / Num. obs: 71248 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.46 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rpim(I) all: 0.182 / Rrim(I) all: 0.345 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.232 Å / Rmerge(I) obs: 1.715 / Num. unique obs: 3618 / CC1/2: 0.442 / Rpim(I) all: 1.062 / Rrim(I) all: 2.02

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessv0.7.15データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→36.15 Å / SU ML: 0.3808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.3447
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3206 3466 4.88 %
Rwork0.2636 67507 -
obs0.2663 70973 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→36.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11296 0 29 472 11797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002411536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.488715558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03391624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00282046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.15211509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.220.37561550.31392706X-RAY DIFFRACTION92.83
2.22-2.260.37491320.30242676X-RAY DIFFRACTION92.8
2.26-2.290.33061380.29422650X-RAY DIFFRACTION93.03
2.29-2.330.32931270.2892685X-RAY DIFFRACTION92.65
2.33-2.360.33371230.29142672X-RAY DIFFRACTION93.2
2.36-2.40.40481280.29672715X-RAY DIFFRACTION93.8
2.4-2.450.33671610.29542664X-RAY DIFFRACTION93.57
2.45-2.50.32091330.28762723X-RAY DIFFRACTION93.61
2.5-2.550.34241290.2992636X-RAY DIFFRACTION92.94
2.55-2.60.33511710.29382736X-RAY DIFFRACTION94.05
2.6-2.660.3591320.29632638X-RAY DIFFRACTION93.96
2.66-2.730.33651520.28372712X-RAY DIFFRACTION93.56
2.73-2.80.35411330.28542654X-RAY DIFFRACTION93.3
2.8-2.890.34721340.28472721X-RAY DIFFRACTION93.45
2.89-2.980.30481620.26742673X-RAY DIFFRACTION93.72
2.98-3.080.34311280.27362747X-RAY DIFFRACTION95.74
3.08-3.210.32331400.25652726X-RAY DIFFRACTION95.34
3.21-3.350.34351450.26322747X-RAY DIFFRACTION95.57
3.35-3.530.32361360.24612762X-RAY DIFFRACTION95.14
3.53-3.750.27511370.23852730X-RAY DIFFRACTION94.93
3.75-4.040.2891380.23352715X-RAY DIFFRACTION94.85
4.04-4.450.27771300.22392721X-RAY DIFFRACTION94.44
4.45-5.090.28981140.23422722X-RAY DIFFRACTION93.78
5.09-6.410.33231380.28132686X-RAY DIFFRACTION93.79
6.41-36.150.30621500.25572690X-RAY DIFFRACTION93.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.1154285304 Å / Origin y: 2.5491215139 Å / Origin z: -30.2770043181 Å
111213212223313233
T0.158606443974 Å20.0147282842052 Å20.0271536998127 Å2-0.184847808537 Å20.0180090322282 Å2--0.22299947877 Å2
L0.213276264058 °20.0033548943781 °20.0795206470442 °2-0.109198948597 °20.0441821432349 °2--0.187132816313 °2
S-0.0163698081101 Å °-0.0112364612256 Å °-0.0230643542852 Å °-0.0196125019271 Å °0.00157306016197 Å °0.00140973227154 Å °-0.020172638761 Å °-0.00613614193899 Å °0.0153602702749 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る