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万見
- PDB-9fix: MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fix
タイトルMU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRPYSYRHFA
要素
  • AP-2 complex subunit mu
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / WNT / endocytosis / signalosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / neural crest formation / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / Signaling by RNF43 mutants / VLDLR internalisation and degradation ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / neural crest formation / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / Signaling by RNF43 mutants / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / kinase inhibitor activity / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / toxin transmembrane transporter activity / regulation of vesicle size / Wnt receptor activity / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / cellular response to cholesterol / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / midbrain dopaminergic neuron differentiation / signal sequence binding / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of receptor internalization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / synaptic vesicle endocytosis / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / clathrin-coated pit / Regulation of FZD by ubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / receptor internalization / Wnt signaling pathway / endocytosis / terminal bouton / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / postsynapse / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Longin-like domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / AP-2 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Renko, M. / Gammons, M.V. / Bienz, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRPYSYRHFA
著者: Gammons, M.V.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
M: AP-2 complex subunit mu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3392
ポリマ－34,3392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.796, 125.796, 73.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 1449.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質 AP-2 complex subunit mu / AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit ...AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit mu / Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain / Clathrin coat assembly protein AP50 / Clathrin coat-associated protein AP50 / Mu2-adaptin / Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein


分子量: 32889.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2m1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84092
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→47.91 Å / Num. obs: 16878 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.78→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2454 / Rpim(I) all: 0.56 / Rrim(I) all: 1.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→47.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.534 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23342 842 5 %RANDOM
Rwork0.19662 ---
obs0.19843 16018 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.78→47.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2089 0 0 0 2089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.852873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6161.7734876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2815256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.453518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.86110398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.3138.3651036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.3148.3641036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.28914.9851288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.29314.9891289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.99.1921098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.8979.1951099
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.03616.5121586
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.94381.452146
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.94181.472147
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.85 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 64 -
Rwork0.388 1184 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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