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万見
- PDB-9fit: Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fit
タイトルStructure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
キーワードHYDROLASE / HAUSP / USP7 / SBDD / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of telomere capping / regulation of establishment of protein localization to telomere / monoubiquitinated protein deubiquitination / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / deubiquitinase activity / DNA alkylation repair / regulation of DNA-binding transcription factor activity / K48-linked deubiquitinase activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity ...regulation of telomere capping / regulation of establishment of protein localization to telomere / monoubiquitinated protein deubiquitination / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / deubiquitinase activity / DNA alkylation repair / regulation of DNA-binding transcription factor activity / K48-linked deubiquitinase activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / protein deubiquitination / negative regulation of gluconeogenesis / Regulation of PTEN localization / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / negative regulation of TORC1 signaling / transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / regulation of circadian rhythm / PML body / regulation of protein stability / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of TP53 Degradation / p53 binding / rhythmic process / chromosome / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / protein stabilization / nuclear body / cysteine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / MATH domain / : / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like ...Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / MATH domain / : / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Baker, L.M. / Murray, J. / Hubbard, R.E. / Whitehead, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Guided Discovery of Selective USP7 Inhibitors with In Vivo Activity.
著者: Vasas, A. / Ivanschitz, L. / Molnar, B. / Kiss, A. / Baker, L. / Fiumana, A. / Macias, A. / Murray, J.B. / Sanders, E. / Whitehead, N. / Hubbard, R.E. / Saunier, C. / Monceau, E. / Girard, A. ...著者: Vasas, A. / Ivanschitz, L. / Molnar, B. / Kiss, A. / Baker, L. / Fiumana, A. / Macias, A. / Murray, J.B. / Sanders, E. / Whitehead, N. / Hubbard, R.E. / Saunier, C. / Monceau, E. / Girard, A.M. / Rousseau, M. / Chanrion, M. / Demarles, D. / Geneste, O. / Weber, C. / Lewkowicz, E. / Kotschy, A.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3924
ポリマ－82,1452
非ポリマー1,2482
水1,56787
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6962
ポリマ－41,0721
非ポリマー6241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6962
ポリマ－41,0721
非ポリマー6241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.764, 67.688, 77.513
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.543, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 211 - 552 / Label seq-ID: 6 - 347

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 / Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin ...Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin thioesterase 7 / Ubiquitin-specific-processing protease 7


分子量: 41072.379 Da / 分子数: 2 / 変異: F409A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP7, HAUSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q93009, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-A1ICT / 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyrimidin-5-ylthiophen-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one


分子量: 623.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H37N7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→21.66 Å / Num. obs: 37692 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.81 % / Rmerge(I) obs: 0.1689 / Net I/σ(I): 5.91
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.17 % / Rmerge(I) obs: 0.5394 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 4455 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→21.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.846 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.761 / SU B: 18.973 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3281 1042 5.028 %
Rwork0.273 19681 -
all0.276 --
obs-20723 96.719 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.517 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.773 Å2-0 Å2-16.247 Å2
2--13.202 Å20 Å2
3---2.571 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→21.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5273 0 90 87 5450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0125479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.8767396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6361.80611890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2875646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.983526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.8310987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.26510271
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2190.25475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.22597
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.23188
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2360.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4850.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.4060.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0942.9432605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0922.9432605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0695.2653244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0695.2673245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.013.2182874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0113.2212875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0265.784152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0265.7824153
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.1834.79122746
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.17934.82422720
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.2010.059749
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.200510.05005
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.200510.05005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.7-2.7690.48710.40214120.40515500.8170.88595.67740.39
2.769-2.8430.434740.35713570.36115030.8730.92395.20960.348
2.843-2.9240.328750.34813230.34714610.9430.93295.68790.336
2.924-3.0120.371760.32212950.32414270.9230.94496.07570.305
3.012-3.1080.387590.31812890.32114040.9290.94796.01140.301
3.108-3.2140.397660.31512090.31913330.9030.93795.64890.293
3.214-3.3330.371650.32311680.32513040.8960.92594.55520.296
3.333-3.4650.327620.31111170.31212380.9250.93995.23420.28
3.465-3.6140.314670.28710950.28812170.9270.94995.48070.254
3.614-3.7840.32480.27910240.28111480.9320.95293.37980.251
3.784-3.9810.305640.24610120.2511090.9440.96497.02430.219
3.981-4.2120.268360.1939910.19510460.9670.97998.18350.163
4.212-4.4880.24490.1879100.199720.9660.9898.66260.164
4.488-4.8280.362420.2028900.2089340.9570.9899.78590.174
4.828-5.2580.281400.2048110.2078520.9540.98199.88260.175
5.258-5.8280.192370.2327400.237790.9860.97599.74330.203
5.828-6.6370.334400.2476650.2527050.9270.9671000.217
6.637-7.9140.268330.215720.2136050.960.9771000.197
7.914-10.4070.237220.1994670.2014890.9770.9821000.196
10.407-20.0020.271160.2523340.2533500.9740.9721000.252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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