PDB-9fim: compound 1 bound KMT9 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fim

タイトル

compound 1 bound KMT9 crystal structure

要素

Methyltransferase N6AMT1
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein transferase / gene regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / histone H4K12 methyltransferase activity / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

資金援助

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	SFB992	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Schu688	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	EXC-2189	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DKTK FR01-374	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: compound 1a bound KMT9 crystal structure
著者: Sheng, W. / Eric, M. / Roland, S.

履歴

登録	2024年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fim.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fim.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fim_validation.pdf.gz	788.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fim_full_validation.pdf.gz	791.1 KB	表示
XML形式データ	9fim_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	9fim_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qdgC 8qdiC 9fkeC 9fkgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyltransferase N6AMT1

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.027, 110.027, 129.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Methyltransferase N6AMT1 / HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / ...HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / Lysine N-methyltransferase 9 / Methylarsonite methyltransferase N6AMT1 / Protein N(5)-glutamine methyltransferase 分子量: 21804.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, KMT9, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-A1IC3 / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3~{S})-3-azanyl-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 468.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₈N₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.1 M Na3Citrate, 0.1M Tris 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47.64 Å / Num. obs: 61536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 2993 / CC_1/2: 0.765 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→47.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.462 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1866	3057	4.973 %
R_work	0.159	58411	-
all	0.16	-	-
obs	-	61468	99.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.863 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.225 Å²	-0.113 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.225 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2435	0	33	116	2584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.856	1.848	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.612	1.73	5722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.467	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.065	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.128	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.352	10	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.775	10	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.303	2.072	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.272	2.071	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.947	3.726	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.959	3.73	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.358	2.428	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.356	2.43	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.733	4.302	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.731	4.304	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.345	21.007	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.301	20.81	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.835	3	5018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.272	214	0.237	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.642-1.686	0.23	245	0.206	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.735	0.212	237	0.179	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.789	0.201	205	0.15	3915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.847	0.168	197	0.123	3801	X-RAY DIFFRACTION	99.975
1.847-1.912	0.168	176	0.122	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.984	0.169	204	0.132	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.984-2.065	0.157	179	0.132	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.156	0.16	155	0.14	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.156-2.261	0.166	158	0.136	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.384	0.151	151	0.136	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.384-2.528	0.202	143	0.154	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.528-2.702	0.199	137	0.163	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.702-2.917	0.225	140	0.182	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.917-3.195	0.22	118	0.183	2341	X-RAY DIFFRACTION	100
3.195-3.57	0.181	114	0.167	2124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.118	0.14	76	0.146	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.118-5.034	0.156	82	0.136	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.034-7.08	0.207	94	0.194	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
7.08-47.64	0.303	32	0.203	807	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7093	0.0442	0.0678	2.1652	-0.5078	1.9494	-0.0262	0.0842	0.0903	-0.1301	-0.0045	-0.0232	-0.0892	0.1013	0.0308	0.0549	-0.002	-0.0193	0.0157	0.0084	0.0222	-42.1576	-6.9337	-16.5781
2	2.5367	0.1872	-0.3646	1.616	0.0785	2.1307	0.0117	-0.0041	-0.0016	-0.026	-0.0649	0.0522	0.052	-0.1046	0.0533	0.0347	0.0012	-0.0124	0.0078	-0.0056	0.0079	-46.1664	-26.6883	-3.0824

精密化 TLSグループ

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