PDB-9fik: Structure of the FAB fragment of the Antibody NTF30037 in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fik

タイトル

Structure of the FAB fragment of the Antibody NTF30037 in complex with NTF3

要素

NTF30037 Heavy Chain
NTF30037 Light Chain
Neurotrophin-3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NTF3 / phage display / X ray crystallography / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

NTF3 activates NTRK3 signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / induction of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through PI3K / chemoattractant activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Gallego, P. / Aagaard, A. / Sjogren, T. / Chin, S. / Neal, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Slas Discov / 年: 2025
タイトル: Identification of unique binding mode anti-NTF3 antibodies from a novel long VH CDR3 phage display library.
著者: Chin, S.E. / Gallego, P. / Aagaard, A. / Carmen, S. / Barrett, N. / Wolny, M. / Cloarec, S. / Paterson, J. / Sivapalan, R. / Hunt, J. / Murray, T.V. / Delaney, T. / Sjogren, T. / Neal, F.

履歴

登録	2024年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fik.cif.gz	288.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fik.ent.gz	192.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fik	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (8) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (8)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurotrophin-3

B: NTF30037 Heavy Chain

C: NTF30037 Light Chain

ヘテロ分子

62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.746, 108.549, 208.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Neurotrophin-3 / NT-3 / HDNF / Nerve growth factor 2 / NGF-2 / Neurotrophic factor 分子量: 13778.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20783

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	NTF30037 Heavy Chain 分子量: 25181.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	NTF30037 Light Chain 分子量: 22725.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 485分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 15 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.859→58.68 Å / Num. obs: 51862 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.18 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.859→2.032 Å / Num. unique obs: 2593 / CC_1/2: 0.618

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→58.68 Å / SU ML: 0.1551 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.0879
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	-	-
R_work	0.1862	0	-
obs	0.1862	51851	77.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→58.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4128	0	44	477	4649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	4333
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9965	5904
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	754
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.9669	618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.88	0.316	15	0.316	15	X-RAY DIFFRACTION
1.88-1.9	0.2989	53	0.2989	53	X-RAY DIFFRACTION
1.9-1.93	0.3072	143	0.3072	143	X-RAY DIFFRACTION
1.93-1.95	0.2952	254	0.2952	254	X-RAY DIFFRACTION
1.95-1.98	0.3127	404	0.3127	404	X-RAY DIFFRACTION
1.98-2	0.275	654	0.275	654	X-RAY DIFFRACTION	29.61
2-2.03	0.2625	1016	0.2625	1016	X-RAY DIFFRACTION	46.14
2.03-2.06	0.2688	1419	0.2688	1419	X-RAY DIFFRACTION	64.74
2.06-2.09	0.258	1701	0.258	1701	X-RAY DIFFRACTION	76.73
2.09-2.13	0.2512	1976	0.2512	1976	X-RAY DIFFRACTION	90.43
2.13-2.16	0.2471		0.2471	2139	X-RAY DIFFRACTION	96.79
2.16-2.2	0.2472		0.2472	2166	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.2-2.25	0.2405		0.2405	2181	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.25-2.29	0.2365		0.2365	2186	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.29-2.34	0.2348		0.2348	2155	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.34-2.4	0.2342	2212	0.2342	2212	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.4-2.46	0.2258	2163	0.2258	2163	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.46-2.52	0.2174	2175	0.2174	2175	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.52-2.6	0.2105	2217	0.2105	2217	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.6-2.68	0.2158	2216	0.2158	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.68-2.78	0.2229	2161	0.2229	2161	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.78-2.89	0.1957	2201	0.1957	2201	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.89-3.02	0.193	2223	0.193	2223	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.02-3.18	0.1814	2217	0.1814	2217	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.18-3.38	0.1698	2232	0.1698	2232	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.38-3.64	0.1511	2214	0.1511	2214	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.64-4	0.1386	2249	0.1386	2249	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4-4.58	0.1203	2251	0.1203	2251	X-RAY DIFFRACTION	99.12
4.58-5.77	0.1297	2281	0.1297	2281	X-RAY DIFFRACTION	99.65
5.78-58.68	0.1743	2377	0.1743	2377	X-RAY DIFFRACTION	98.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.12724386241	0.475737935957	-0.214534049602	4.2672571409	0.61440953365	1.62042185843	-0.0663489870502	0.276551589435	-0.079351041363	-0.389260711632	0.173733266546	0.236532886261	-0.00706274710025	-0.110428838229	-0.0333453342982	0.213167454798	0.0104957295268	-0.0326514011215	0.0827555322406	0.0193501160404	0.228698819591	-41.3791258811	-50.6014164333	-7.86944012161
2	0.164461698444	-0.609481001633	-0.106136179063	2.41653892397	0.0549734089563	0.767461066734	0.192008898962	0.069733628722	-0.534518888588	-0.0455860042083	0.114490811142	-1.27183272988	0.656038280132	0.512859119228	-0.299284855193	0.395696207546	0.0966166714209	0.0437307232496	0.0964039881743	-0.176071062209	0.999875253298	-23.4681413098	-56.1686913375	-7.00308352548
3	5.73134127005	-0.867245458544	-0.441472422895	3.67590769932	-0.163791738043	2.74353775565	0.105576617476	0.496399296088	-0.00351977221781	-0.511111162208	0.0576259816877	0.824949344009	0.11684856246	-0.509637933152	-0.00627742604013	0.267651122992	-0.0252344092447	-0.0795830108871	0.194371538887	0.0295424131708	0.417708169895	-49.2902493598	-55.3009338683	-9.70568740233
4	0.450279411362	-0.532117674799	-0.773778080094	2.92799070977	-0.130127013525	1.9326072869	0.321105849673	0.252700014363	-0.228168568611	-0.0719639808942	0.0491842444367	0.432155136894	-0.150599142058	-0.42055652899	0.240983225896	0.239755171397	0.00492171761164	-0.00655070438898	0.0129864527493	0.00763854149527	0.363682248499	-48.5847574903	-47.8628487905	-4.0128067232
5	2.96528557143	-0.406859078627	2.33695638171	0.496307610252	-0.146617957375	3.75456242815	-0.0575874647013	-0.945988215869	0.46819821486	0.33898153272	-0.0557848431438	-0.185078539545	-0.435486833384	0.178392079982	0.416619852685	0.24674267272	-0.0464795424618	0.0440122613263	0.650884993952	-0.192337510355	0.253387213232	-27.2920125079	-20.1116369314	32.3433879599
6	3.07885937071	-0.156656642944	1.38825718234	0.499810218856	-0.0425035226239	2.36660568209	0.163406814082	-0.859004048581	0.235943986603	0.109559945181	-0.10617232128	0.117494871611	-0.0829092392602	-0.308803295443	0.0333847544108	0.192733027283	-0.0572298431868	0.0350765206665	0.371830527247	-0.0401378178433	0.179746857011	-35.1123071663	-25.1308132101	23.8610048202
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15	15	chain 'C' and (resid 3 through 25 )	C	G	3 - 25	1 - 23
16	16	chain 'C' and (resid 26 through 49 )	C	G	26 - 49	24 - 47
17	17	chain 'C' and (resid 50 through 70 )	C	G	50 - 70	48 - 68
18	18	chain 'C' and (resid 71 through 84 )	C	G	71 - 84	69 - 82
19	19	chain 'C' and (resid 85 through 104 )	C	G	85 - 104	83 - 102
20	20	chain 'C' and (resid 105 through 117 )	C	G	105 - 117	103 - 115
21	21	chain 'C' and (resid 118 through 154 )	C	G	118 - 154	116 - 152
22	22	chain 'C' and (resid 155 through 165 )	C	G	155 - 165	153 - 163
23	23	chain 'C' and (resid 166 through 177 )	C	G	166 - 177	164 - 175
24	24	chain 'C' and (resid 178 through 191 )	C	G	178 - 191	176 - 189
25	25	chain 'C' and (resid 192 through 201 )	C	G	192 - 201	190 - 199
26	26	chain 'C' and (resid 202 through 212 )	C	G	202 - 212	200 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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