PDB-9fig: Crystal structure of the arginine kinase Sar s 20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fig

タイトル

Crystal structure of the arginine kinase Sar s 20

要素

arginine kinase

キーワード

ALLERGEN / Itch mite / IgE binding / Arginine kinase / cross-reactivity

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sarcoptes scabiei (ひぜんだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Schooltink, L. / Sagmeister, T. / Todorovic, N. / Hofer, G. / Keller, W.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of arginine kinases To be published.
著者: Schooltink, L. / Todorovic, N. / Sagmeister, T. / Hofer, G. / Keller, W.

履歴

登録	2024年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fig.cif.gz	392.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fig.ent.gz	243.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: arginine kinase

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.476, 80.904, 100.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	arginine kinase 分子量: 40653.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sarcoptes scabiei (ひぜんだに) / 遺伝子: SSS_5952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A834RHR6, arginine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.978564 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978564 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→48.48 Å / Num. obs: 77680 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.67-48.48	5.9	0.034	571	0.998	0.021	0.04
1.4-1.42	6.8	1.244	3783	0.572	0.763	1.462

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→43.662 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.167 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1939	3925	5.057 %
R_work	0.1639	73689	-
all	0.165	-	-
obs	-	77614	98.776 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.424 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.832 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.408 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2797	0	0	655	3452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.805	1.664	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.57	1.59	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.302	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.007	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.598	10	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.765	10	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.304	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.178	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.14	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.489	1.247	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.489	1.247	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.264	2.229	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.264	2.229	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.871	1.614	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.87	1.614	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.442	2.78	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.441	2.78	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.212	28.975	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.348	17.677	3579

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.321	301	0.305	5327	0.305	5761	0.945	0.949	97.6914	0.285
1.436-1.476	0.266	282	0.256	5186	0.257	5578	0.961	0.962	98.028	0.233
1.476-1.518	0.255	289	0.222	5060	0.223	5454	0.961	0.969	98.0748	0.196
1.518-1.565	0.216	247	0.201	4946	0.202	5280	0.971	0.974	98.3523	0.177
1.565-1.616	0.206	252	0.185	4809	0.186	5142	0.974	0.978	98.4247	0.164
1.616-1.673	0.213	235	0.173	4635	0.175	4938	0.972	0.98	98.6229	0.154
1.673-1.736	0.206	236	0.169	4529	0.171	4823	0.972	0.982	98.7974	0.15
1.736-1.807	0.2	216	0.166	4337	0.167	4604	0.974	0.982	98.8923	0.15
1.807-1.887	0.195	218	0.164	4191	0.166	4450	0.975	0.983	99.0787	0.149
1.887-1.979	0.19	231	0.161	3966	0.163	4241	0.979	0.985	98.9625	0.149
1.979-2.086	0.191	223	0.167	3810	0.168	4064	0.979	0.985	99.2372	0.157
2.086-2.212	0.176	184	0.155	3632	0.156	3840	0.983	0.987	99.375	0.149
2.212-2.364	0.169	180	0.147	3397	0.148	3606	0.983	0.987	99.1958	0.142
2.364-2.553	0.173	182	0.144	3212	0.145	3414	0.98	0.987	99.4142	0.141
2.553-2.796	0.2	146	0.155	2954	0.157	3108	0.975	0.984	99.7426	0.154
2.796-3.124	0.179	147	0.151	2674	0.152	2839	0.979	0.986	99.366	0.154
3.124-3.604	0.173	121	0.142	2384	0.143	2529	0.984	0.988	99.051	0.15
3.604-4.407	0.175	97	0.142	2065	0.143	2165	0.983	0.988	99.8614	0.155
4.407-6.201	0.224	88	0.168	1614	0.171	1714	0.979	0.987	99.2999	0.186
6.201-43.662	0.195	50	0.199	960	0.198	1023	0.974	0.972	98.7292	0.211

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.6765 Å / Origin y: 1.8038 Å / Origin z: -5.2039 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.019 Å²	0.0007 Å²	-0.0064 Å²	-	0.0081 Å²	0.0017 Å²	-	-	0.0287 Å²
L	0.5081 °²	-0.0219 °²	-0.1043 °²	-	0.0978 °²	-0.0128 °²	-	-	1.4001 °²
S	0.0111 Å °	-0.0207 Å °	-0.1124 Å °	0.0211 Å °	-0.004 Å °	-0.009 Å °	0.1124 Å °	0.074 Å °	-0.0071 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)