[日本語] English
万見
- PDB-9fhx: Bacteroides ovatus polysaccharide lyase family 38 (BoPL38) wild t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fhx
タイトルBacteroides ovatus polysaccharide lyase family 38 (BoPL38) wild type in complex tetramannuronic acid at pH 8
要素Alginate lyase family protein
キーワードLYASE / polysaccharide lyase / complex / alginate
機能・相同性Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / periplasmic space / lyase activity / Alginate lyase family protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Tandrup, T. / Wilkens, C.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent ResearchDFF170746 デンマーク
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: The Swiss Army Knife of Alginate Metabolism: Mechanistic Analysis of a Mixed-Function Polysaccharide Lyase/Epimerase of the Human Gut Microbiota.
著者: Tandrup, T. / Rivas-Fernandez, J.P. / Madsen, M. / Ronne, M.E. / B Petersen, A. / Klau, L.J. / Tondervik, A. / Wilkens, C. / Aachmann, F.L. / Rovira, C. / Svensson, B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase family protein
B: Alginate lyase family protein
C: Alginate lyase family protein
D: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,7798
ポリマ－183,8894
非ポリマー2,8904
水15,997888
1
A: Alginate lyase family protein
B: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3894
ポリマ－91,9442
非ポリマー1,4452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alginate lyase family protein
D: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3894
ポリマ－91,9442
非ポリマー1,4452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.327, 89.355, 146.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.561, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 24 through 38 or resid 40...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 24 through 38 or resid 40...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 24 through 38 or resid 40...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 24 through 38 or resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALALYSLYSAA24 - 3824 - 38
d_12ASPASPALAALAAA40 - 5940 - 59
d_13LYSLYSSERSERAA61 - 6961 - 69
d_14THRTHRALAALAAA71 - 15171 - 151
d_15HISHISILEILEAA153 - 264153 - 264
d_16GLUGLULYSLYSAA266 - 275266 - 275
d_17GLYGLYSERSERAA277 - 314277 - 314
d_18ILEILEVALVALAA316 - 335316 - 335
d_19TYRTYRASPASPAA337 - 392337 - 392
d_110GLUGLULYSLYSAA394 - 402394 - 402
d_111BEMBEMBEMBEMEE1
d_112BEMBEMBEMBEMEE2
d_113BEMBEMBEMBEMEE3
d_114BEMBEMBEMBEMEE4
d_21ALAALALYSLYSBB24 - 3824 - 38
d_22ASPASPALAALABB40 - 5940 - 59
d_23LYSLYSSERSERBB61 - 6961 - 69
d_24THRTHRALAALABB71 - 15171 - 151
d_25HISHISILEILEBB153 - 264153 - 264
d_26GLUGLULYSLYSBB266 - 275266 - 275
d_27GLYGLYSERSERBB277 - 314277 - 314
d_28ILEILEVALVALBB316 - 335316 - 335
d_29TYRTYRASPASPBB337 - 392337 - 392
d_210GLUGLULYSLYSBB394 - 402394 - 402
d_211BEMBEMBEMBEMFF1
d_212BEMBEMBEMBEMFF2
d_213BEMBEMBEMBEMFF3
d_214BEMBEMBEMBEMFF4
d_31ALAALALYSLYSCC24 - 3824 - 38
d_32ASPASPALAALACC40 - 5940 - 59
d_33LYSLYSSERSERCC61 - 6961 - 69
d_34THRTHRALAALACC71 - 15171 - 151
d_35HISHISILEILECC153 - 264153 - 264
d_36GLUGLULYSLYSCC266 - 275266 - 275
d_37GLYGLYSERSERCC277 - 314277 - 314
d_38ILEILEVALVALCC316 - 335316 - 335
d_39TYRTYRASPASPCC337 - 392337 - 392
d_310GLUGLULYSLYSCC394 - 402394 - 402
d_311BEMBEMBEMBEMGG1
d_312BEMBEMBEMBEMGG2
d_313BEMBEMBEMBEMGG3
d_314BEMBEMBEMBEMGG4
d_41ALAALALYSLYSDD24 - 3824 - 38
d_42ASPASPALAALADD40 - 5940 - 59
d_43LYSLYSSERSERDD61 - 6961 - 69
d_44THRTHRALAALADD71 - 15171 - 151
d_45HISHISILEILEDD153 - 264153 - 264
d_46GLUGLULYSLYSDD266 - 275266 - 275
d_47GLYGLYSERSERDD277 - 314277 - 314
d_48ILEILEVALVALDD316 - 335316 - 335
d_49TYRTYRASPASPDD337 - 392337 - 392
d_410GLUGLULYSLYSDD394 - 402394 - 402
d_411BEMBEMBEMBEMHH1
d_412BEMBEMBEMBEMHH2
d_413BEMBEMBEMBEMHH3
d_414BEMBEMBEMBEMHH4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999955722159, 0.00223244594433, -0.00914165781091), (-0.00230102231993, -0.99996924299, 0.00749789109145), (-0.00912463800429, 0.00751859425968, 0.999930103418)-98.845207379, 73.96422478, -0.762000870117
2given(-0.48759814166, 0.00201643796855, 0.873065854462), (-0.00167450352616, 0.999993333688, -0.00324478310477), (-0.873066577237, -0.00304410206384, -0.487591514646)-110.663220851, 38.6890907658, 20.1727736515
3given(0.476389662576, 0.00147043779593, 0.879233033503), (-0.00663615114205, -0.999964104317, 0.00526797633896), (0.879209219065, -0.00834433276998, -0.476362804196)-63.0211930226, 112.581799969, 106.876865541

-
要素

#1: タンパク質
Alginate lyase family protein


分子量: 45972.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: CP926 / 遺伝子: F3B53_17925, F3D71_22350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M5BWR5
#2: 多糖
beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 722.510 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 18% (W/V) PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M citric acid pH 3.5 soaked in tetramannuronic acid in 18% (W/V) PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→79.08 Å / Num. obs: 124537 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.85 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.12→5.75 Å / Num. unique obs: 6169 / CC1/2: 0.677

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSjan 10, 2022データ削減
XSCALEjan 10, 2022データスケーリング
PHASER1.21_5207位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→60.84 Å / SU ML: 0.2357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 6174 4.96 %
Rwork0.1765 118333 -
obs0.1786 124507 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→60.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12216 0 196 888 13300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007512803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.946717386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05261893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00822210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.79885106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.569196897017
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.488986037647
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.473791866845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.140.29362290.24823884X-RAY DIFFRACTION99.98
2.14-2.170.27742090.23073954X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.190.28422110.22463897X-RAY DIFFRACTION99.98
2.19-2.220.26982080.22053930X-RAY DIFFRACTION99.98
2.22-2.250.2651960.21763940X-RAY DIFFRACTION99.98
2.25-2.280.25532120.21333894X-RAY DIFFRACTION99.9
2.28-2.310.23881750.20253947X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.350.27112090.20033997X-RAY DIFFRACTION99.98
2.35-2.390.27072030.20163879X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.23992060.19283907X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.470.23272180.19783962X-RAY DIFFRACTION99.98
2.47-2.510.24592070.19233923X-RAY DIFFRACTION99.98
2.51-2.560.27621680.19114000X-RAY DIFFRACTION99.98
2.56-2.610.2441990.18973910X-RAY DIFFRACTION99.98
2.61-2.670.25262310.19123927X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.730.22621890.19093921X-RAY DIFFRACTION99.93
2.73-2.80.24172140.18913924X-RAY DIFFRACTION99.98
2.8-2.880.24992020.19983965X-RAY DIFFRACTION99.9
2.88-2.960.2582010.19413929X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.060.25021760.19273961X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.160.22672260.18933943X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.290.2121950.18993988X-RAY DIFFRACTION99.9
3.29-3.440.2192280.1833909X-RAY DIFFRACTION99.9
3.44-3.620.21631870.16983957X-RAY DIFFRACTION99.78
3.62-3.850.19341700.15533996X-RAY DIFFRACTION99.95
3.85-4.150.18842060.14973968X-RAY DIFFRACTION99.86
4.15-4.560.18632170.13343945X-RAY DIFFRACTION99.71
4.56-5.220.1672280.13533980X-RAY DIFFRACTION99.79
5.22-6.580.20232310.16133960X-RAY DIFFRACTION99.71
6.58-60.840.17252230.15684036X-RAY DIFFRACTION98.75

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る