PDB-9fho: Crystal structure of the arginine kinase Der p 20_like (putative ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fho

タイトル

Crystal structure of the arginine kinase Der p 20_like (putative isoform)

要素

arginine kinase

キーワード

ALLERGEN / House dust mite allergen / IgE binding / Arginine kinase / cross-reactivity

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Schooltink, L. / Sagmeister, T. / Todorovic, N. / Hofer, G. / Keller, W.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of arginine kinase To be published.
著者: Schooltink, L. / Todorovic, N. / Hofer, G. / Sagmeister, T. / Keller, W.

履歴

登録	2024年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fho.cif.gz	369.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fho.ent.gz	232.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fho_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fho_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	9fho_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	9fho_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: arginine kinase

ヘテロ分子

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.561, 61.894, 61.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.442, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	arginine kinase 分子量: 40403.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ) 遺伝子: LOC113799794 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P6YM67, arginine kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.05 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.978564 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978564 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48.25 Å / Num. obs: 33156 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-48.25	0.085	282	0.955	0.083	0.119
1.8-1.84	0.427	1967	0.857	0.393	0.582

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 8.294 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2252	1594	4.81 %
R_work	0.1847	31545	-
all	0.187	-	-
obs	-	33139	97.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.851 Å²	0 Å²	-1.743 Å²
2-	-	3.346 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2779	0	5	306	3090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.66	3843
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.48	1.585	6281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.645	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.805	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.16	10	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.594	10	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.249	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.381	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.337	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.93	2.359	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.929	2.359	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.91	4.225	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.911	4.227	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.705	2.684	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.703	2.677	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.186	4.775	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.185	4.76	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.609	26.076	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.573	24.828	3247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.377	138	0.376	2334	X-RAY DIFFRACTION	99.7981
1.847-1.897	0.353	110	0.309	2292	X-RAY DIFFRACTION	99.8753
1.897-1.952	0.264	120	0.257	2254	X-RAY DIFFRACTION	99.6641
1.952-2.012	0.34	91	0.223	2185	X-RAY DIFFRACTION	99.6497
2.012-2.078	0.313	91	0.224	2108	X-RAY DIFFRACTION	99.4123
2.078-2.151	0.211	112	0.211	2027	X-RAY DIFFRACTION	99.5347
2.151-2.232	0.272	97	0.199	1974	X-RAY DIFFRACTION	99.6631
2.232-2.323	0.252	105	0.19	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.2571
2.323-2.426	0.23	88	0.19	1803	X-RAY DIFFRACTION	98.9017
2.426-2.544	0.268	77	0.187	1720	X-RAY DIFFRACTION	97.8758
2.544-2.681	0.264	88	0.189	1613	X-RAY DIFFRACTION	97.4227
2.681-2.843	0.228	81	0.183	1503	X-RAY DIFFRACTION	96.2333
2.843-3.039	0.284	63	0.194	1441	X-RAY DIFFRACTION	95.8572
3.039-3.281	0.199	58	0.203	1299	X-RAY DIFFRACTION	93.9751
3.281-3.593	0.22	69	0.193	1163	X-RAY DIFFRACTION	92.009
3.593-4.014	0.237	55	0.151	1087	X-RAY DIFFRACTION	94.1467
4.014-4.629	0.129	55	0.119	958	X-RAY DIFFRACTION	94.145
4.629-5.657	0.169	47	0.143	831	X-RAY DIFFRACTION	95.6427
5.657-7.946	0.215	36	0.164	665	X-RAY DIFFRACTION	97.6323
7.946-48.25	0.15	13	0.185	389	X-RAY DIFFRACTION	96.1722

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.375 Å / Origin y: 4.7021 Å / Origin z: 13.3336 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0305 Å²	0.0013 Å²	0.0156 Å²	-	0.1238 Å²	0.0274 Å²	-	-	0.0362 Å²
L	1.4134 °²	-0.014 °²	-0.2428 °²	-	2.5253 °²	-1.0056 °²	-	-	1.1865 °²
S	-0.0431 Å °	0.1475 Å °	-0.0058 Å °	-0.2642 Å °	-0.163 Å °	-0.1736 Å °	0.0978 Å °	0.1344 Å °	0.2062 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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