PDB-9fhn: Crystal structure of the arginine kinase Der p 20.0101

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fhn

タイトル

Crystal structure of the arginine kinase Der p 20.0101

要素

arginine kinase

キーワード

ALLERGEN / House dust mite / IgE binding / Arginine kinase / cross-reactivity

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schooltink, L. / Sagmeister, T. / Todorovic, N. / Hofer, G. / Keller, W.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the arginine kinase To be published.
著者: Schooltink, L. / Todorovic, N. / Sagmeister, T. / Hofer, G. / Keller, W.

履歴

登録	2024年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fhn.cif.gz	688.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fhn.ent.gz	426.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fhn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/9fhn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: arginine kinase

B: arginine kinase

81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: arginine kinase

登録者が定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: arginine kinase

登録者が定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.280, 99.020, 77.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.056, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 356 / Label seq-ID: 1 - 356

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	arginine kinase 分子量: 40537.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2ZSY4, arginine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.34138 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→59.3 Å / Num. obs: 49720 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3229 / CC_1/2: 0.708

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→59.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.823 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.783 / SU B: 14.28 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.259 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3098	2044	5.1 %
R_work	0.2697	38031	-
all	0.272	-	-
obs	-	40075	73.106 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.213 Å²	-0 Å²	-0.444 Å²
2-	-	1.494 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.169 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→59.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5580	0	0	199	5779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	5695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.232	1.664	7659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.425	1.586	12689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.679	5	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.974	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.45	10	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.146	10	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.151	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.35	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.409	0.268	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.409	0.268	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.586	0.478	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.586	0.479	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.394	0.304	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.394	0.304	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.592	0.541	4183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.592	0.541	4184
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.087	2.59	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.059	2.572	6487
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.088	0.05	11651

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08845	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08845	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.35	71	0.34	1400	X-RAY DIFFRACTION	36.2405
1.949-2.003	0.379	73	0.354	1842	X-RAY DIFFRACTION	48.6411
2.003-2.061	0.348	108	0.315	2154	X-RAY DIFFRACTION	59.9047
2.061-2.124	0.325	130	0.308	2359	X-RAY DIFFRACTION	66.8188
2.124-2.194	0.349	115	0.299	2547	X-RAY DIFFRACTION	73.1721
2.194-2.27	0.342	121	0.29	2515	X-RAY DIFFRACTION	76.4945
2.27-2.356	0.352	169	0.295	2446	X-RAY DIFFRACTION	77.4127
2.356-2.452	0.333	110	0.287	2427	X-RAY DIFFRACTION	78.8133
2.452-2.561	0.32	144	0.276	2518	X-RAY DIFFRACTION	84.6423
2.561-2.686	0.33	161	0.271	2460	X-RAY DIFFRACTION	87.3667
2.686-2.831	0.384	95	0.288	2346	X-RAY DIFFRACTION	86.5603
2.831-3.002	0.31	117	0.263	2119	X-RAY DIFFRACTION	83.6513
3.002-3.209	0.338	143	0.262	2011	X-RAY DIFFRACTION	85.9537
3.209-3.465	0.316	93	0.261	1893	X-RAY DIFFRACTION	84.6547
3.465-3.794	0.279	97	0.226	1647	X-RAY DIFFRACTION	80.5543
3.794-4.24	0.215	86	0.199	1309	X-RAY DIFFRACTION	71.2462
4.24-4.892	0.217	74	0.184	1525	X-RAY DIFFRACTION	91.476
4.892-5.981	0.215	60	0.237	1106	X-RAY DIFFRACTION	78.4657
5.981-8.416	0.211	49	0.197	893	X-RAY DIFFRACTION	82.9225
8.416-59.3	0.233	28	0.206	514	X-RAY DIFFRACTION	82.6219

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6091	0.0114	-0.0036	1.0958	0.0674	0.0079	-0.0195	-0.1097	-0.015	0.0928	0.0196	-0.0495	0.0058	0.0005	-0.0001	0.009	0.0054	-0.0019	0.0208	0.0009	0.0109	-3.8463	-0.2943	34.6861
2	0.5555	-0.12	-0.0104	1.0783	0.1085	0.2403	0.0159	-0.0883	0.0034	0.0839	-0.0185	-0.0637	-0.0037	0.0075	0.0026	0.0142	-0.007	0.0028	0.0159	0.001	0.0163	-16.0238	3.1411	71.9344

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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