PDB-9fgp: cilia and flagella associated protein 299

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fgp

タイトル

cilia and flagella associated protein 299

要素

Cilia- and flagella-associated protein 299

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Soluble / Ageing / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4464 / Domain of unknown function (DUF4464) / nucleus / cytoplasm / Cilia- and flagella-associated protein 299

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cilia and flagella associated protein 299
著者: Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Williams, E. / Wang, S. / Bradshaw, W.J. / Teare, H. / Gao, Q. / Balcomb, B.H. / Duman, R. / Winter, G. / Keegan, R. / Isupov, M. / Lebedev, A. / Marsden, B. / von Delft, F.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fgp.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fgp.ent.gz	56.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/9fgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/9fgp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cilia- and flagella-associated protein 299

B: Cilia- and flagella-associated protein 299

ヘテロ分子

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cilia- and flagella-associated protein 299

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cilia- and flagella-associated protein 299

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.756, 34.449, 58.984
Angle α, β, γ (deg.)	91.354, 100.003, 90.09
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 90 - 229 / Label seq-ID: 1 - 140

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cilia- and flagella-associated protein 299 分子量: 16169.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFAP299, C4orf22 / プラスミド: pRARE2 詳細 (発現宿主): pRARE2 plasmid encoding rare codon tRNAs 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V702
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.39 % / 解説: CFAP299A-p003
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG6000 -- 10% ethylene glycol -- 0.1M MES pH 6.0 -- 0.01M zinc chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→58.071 Å / Num. obs: 28810 / % possible obs: 71.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 8.45 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 1.29
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / Num. unique obs: 53 / CC_1/2: 0.925

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→58.071 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 1.522 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	1450	5.033 %
R_work	0.1745	27359	-
all	0.177	-	-
obs	-	28809	71.625 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.357 Å²	0.219 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0.395 Å²
3-	-	-	0.534 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→58.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2279	0	12	264	2555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.821	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.4	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.775	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.235	10	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.583	10	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.091	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.361	1.102	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.186	1.967	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.113	1.291	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.179	2.265	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.058	17.131	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	4814

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07424	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07424	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.49-1.529	0.312	19	0.25	194	0.256	2943	0.947	0.96	7.2375	0.232
1.529-1.571	0.222	28	0.186	530	0.187	2940	0.969	0.98	18.9796	0.163
1.571-1.616	0.191	36	0.202	770	0.202	2790	0.982	0.977	28.8889	0.172
1.616-1.666	0.218	58	0.189	1091	0.19	2761	0.971	0.979	41.6154	0.158
1.666-1.72	0.247	83	0.193	1368	0.197	2653	0.966	0.977	54.6928	0.165
1.72-1.781	0.27	86	0.174	1608	0.179	2561	0.962	0.982	66.146	0.149
1.781-1.848	0.216	102	0.169	1858	0.171	2462	0.974	0.982	79.6101	0.145
1.848-1.923	0.191	126	0.162	2146	0.164	2387	0.974	0.984	95.1822	0.141
1.923-2.009	0.221	100	0.166	2181	0.168	2291	0.972	0.983	99.5635	0.148
2.009-2.106	0.246	117	0.168	2070	0.172	2187	0.963	0.983	100	0.154
2.106-2.22	0.226	96	0.171	1976	0.173	2072	0.971	0.983	100	0.157
2.22-2.355	0.217	90	0.165	1890	0.168	1980	0.975	0.983	100	0.153
2.355-2.517	0.215	78	0.18	1744	0.182	1822	0.971	0.98	100	0.166
2.517-2.718	0.187	91	0.176	1646	0.177	1737	0.979	0.981	100	0.164
2.718-2.977	0.245	93	0.179	1482	0.183	1575	0.96	0.98	100	0.169
2.977-3.327	0.186	53	0.178	1379	0.178	1432	0.976	0.981	100	0.174
3.327-3.84	0.186	55	0.163	1213	0.164	1268	0.979	0.985	100	0.162
3.84-4.698	0.17	76	0.157	1001	0.158	1077	0.985	0.986	100	0.161
4.698-6.622	0.297	37	0.193	782	0.197	819	0.973	0.982	100	0.199
6.622-58.071	0.423	26	0.246	430	0.255	456	0.951	0.969	100	0.265

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)