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万見
- PDB-9fgm: Cryo-EM structure of Legionella effector SdeC (3D flexible refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fgm
タイトルCryo-EM structure of Legionella effector SdeC (3D flexible refinement)
要素SdeC
キーワードTOXIN / Phospho-ribose ubiquitination / mono-ADP ribosyl transferase / Phosphodiesterase / deubiquitinase
機能・相同性SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deubiquitination / SdeC
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Weng, T.-H. / Misra, M. / Chen, W. / Safarian, S. / Kudryashev, M. / Dikic, I.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)742720European Union
German Research Foundation (DFG)253130777 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BAR-like C-terminal domain of Legionella SidE family is crucial for its membrane localization and secretion
著者: Misra, M. / Mukherjee, R. / Bhattacharya, A. / Chen, W. / Weng, T.-H. / van Ek, L. / Cristiani, A. / Li, C. / Mohammed, A. / Liu, Y. / Pomirska, J. / Vidov, A. / Heden van Noort, G. / ...著者: Misra, M. / Mukherjee, R. / Bhattacharya, A. / Chen, W. / Weng, T.-H. / van Ek, L. / Cristiani, A. / Li, C. / Mohammed, A. / Liu, Y. / Pomirska, J. / Vidov, A. / Heden van Noort, G. / Bhaskara, R. / Svergun, D. / Gavin, A.C. / Safarian, S. / Kudryashev, M. / Luo, Z.-Q. / Dikic, I.
履歴
登録2024年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_imaging
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min
改定 2.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data collection / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_imaging / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SdeC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,4711
ポリマ－199,4711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 SdeC


分子量: 199470.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RCQ8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SdeC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.199 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成3dflex
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1489769
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149762
詳細: The final refinement was done using cryoSPARC 3DFlex with an outer solvent mask that includes the whole protein.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310591
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54214280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6171398
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371600
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041870

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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