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- PDB-9ffe: Carbohydrate active oxidoreductases from Phytophthora sojae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ffe
タイトルCarbohydrate active oxidoreductases from Phytophthora sojae
要素FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / AA7 / BBE-enzyme / pectin / Phytopathogen / Phytophthora sojae
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / alpha-D-mannopyranose / OXYGEN MOLECULE / FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora sojae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Banerjee, S. / Turella, S. / Morth, J.P. / Abou Hachem, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0064747 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Enzymatic oxidation of galacturonides from pectin breakdown contributes to stealth infection by Oomycota phytopathogens.
著者: Turella, S. / He, C. / Zhao, L. / Banerjee, S. / Plouhinec, L. / Assiah Yao, R. / Norgaard Kejlstrup, M.C. / Grisel, S. / So, Y. / Annic, B. / Fanuel, M. / Haddad Momeni, M. / Bissaro, B. / ...著者: Turella, S. / He, C. / Zhao, L. / Banerjee, S. / Plouhinec, L. / Assiah Yao, R. / Norgaard Kejlstrup, M.C. / Grisel, S. / So, Y. / Annic, B. / Fanuel, M. / Haddad Momeni, M. / Bissaro, B. / Meier, S. / Morth, J.P. / Dong, S. / Berrin, J.G. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2024年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7678
ポリマ－51,8841
非ポリマー1,8837
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.045, 50.500, 53.092
Angle α, β, γ (deg.)88.100, 68.130, 74.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FAD-binding PCMH-type domain-containing protein


分子量: 51884.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora sojae (真核生物) / 遺伝子: PHYSODRAFT_474098, PHYSODRAFT_476693 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G4YQ65

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糖 , 2種, 5分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 112分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→38.42 Å / Num. obs: 22006 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 32.08 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / Num. unique obs: 1603 / CC1/2: 0.499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→25.87 Å / SU ML: 0.2647 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.1325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1098 5.02 %
Rwork0.1737 20768 -
obs0.1762 21866 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→25.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3622 0 122 110 3854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00773850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89725239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0509582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9606547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.220.35371490.27552309X-RAY DIFFRACTION88.16
2.22-2.330.30261320.25232601X-RAY DIFFRACTION96.61
2.33-2.480.30121310.22922629X-RAY DIFFRACTION97.18
2.48-2.670.29551320.21972653X-RAY DIFFRACTION98.24
2.67-2.940.26241490.20472600X-RAY DIFFRACTION98.42
2.94-3.360.25031460.18792641X-RAY DIFFRACTION98.27
3.36-4.230.22071080.13532686X-RAY DIFFRACTION99.15
4.24-25.870.13651510.12742649X-RAY DIFFRACTION99.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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