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- PDB-9ff9: Crystal structure of N-terminal acetylated tropomyosin Cdc8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ff9
タイトルCrystal structure of N-terminal acetylated tropomyosin Cdc8
要素Tropomyosin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tropomyosin / cdc8 / yeast / overlap complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane fusion involved in cytogamy / formin-nucleated actin cable / actin lateral binding / mating projection actin fusion focus / RHOV GTPase cycle / actin cortical patch organization / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / actomyosin contractile ring ...plasma membrane fusion involved in cytogamy / formin-nucleated actin cable / actin lateral binding / mating projection actin fusion focus / RHOV GTPase cycle / actin cortical patch organization / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring contraction / actomyosin contractile ring / actin cortical patch / mating projection tip / cell division site / mitotic cytokinesis / actin filament organization / actin filament / actin filament binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Zahn, M. / Heiringhoff, R.S. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)AB 1234/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Crystal structures of cables formed by the acetylated and unacetylated forms of the Schizosaccharomyces pombe tropomyosin ortholog Tpm Cdc8 .
著者: Reinke, P.Y.A. / Heiringhoff, R.S. / Reindl, T. / Baker, K. / Taft, M.H. / Meents, A. / Mulvihill, D.P. / Davies, O.R. / Fedorov, R. / Zahn, M. / Manstein, D.J.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年2月12日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / entity_poly / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _citation.journal_volume / _citation.title / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_modification_feature.auth_asym_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id
改定 2.12025年4月2日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tropomyosin
B: Tropomyosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0422
ポリマ－38,0422
非ポリマー00
水34219
1
A: Tropomyosin
B: Tropomyosin

A: Tropomyosin
B: Tropomyosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0844
ポリマ－76,0844
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_916x+4,y-4,z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)25.401, 38.318, 97.542
Angle α, β, γ (deg.)97.71, 94.71, 101.5
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tropomyosin


分子量: 19021.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: acetylated N-terminus
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cdc8, SPAC27F1.02c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02088
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0 43% MPD 350 mM ammonium acetat

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→37.1 Å / Num. obs: 6580 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.195→2.546 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 329 / CC1/2: 0.835 / Rpim(I) all: 0.367 / % possible all: 51.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487:精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.195→37.1 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3149 301 -
Rwork0.2604 --
obs0.263 6580 36.47 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.195→37.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2658 0 0 19 2677
精密化 TLSOrigin x: 25.9419 Å / Origin y: -28.4822 Å / Origin z: 43.2985 Å
111213212223313233
T0.3754 Å20.0489 Å2-0.1983 Å2-0.2678 Å20.2096 Å2--0.6905 Å2
L0.3766 °2-0.6784 °20.9376 °2-0.7616 °2-1.0937 °2---0.5408 °2
S-0.1539 Å °0.1868 Å °0.3135 Å °0.1868 Å °-0.0858 Å °0.0501 Å °0.3135 Å °0.0501 Å °-0.4382 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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