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- PDB-9ff5: The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-23bp dsDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ff5
タイトルThe structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-23bp dsDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator Hpr
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ScoC / Global regulator / Geobacillus kaustophilus / Tetramer / DNA bending / Hpr
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / response to stress / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator Hpr / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator Hpr
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hadad, N. / Shulami, S. / Pomyalov, S. / Shoham, Y. / Shoham, G.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation500/10 イスラエル
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of G.kaustophilus T-1 ScoC-23bp dsDNA complex
著者: Hadad, N. / Shulami, S. / Pomyalov, S. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
B: HTH-type transcriptional regulator Hpr
C: HTH-type transcriptional regulator Hpr
A: HTH-type transcriptional regulator Hpr
D: HTH-type transcriptional regulator Hpr
E: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,04210
ポリマ－136,04210
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28410 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area51990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.205, 100.147, 96.606
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.335, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 7053.649 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 7057.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
#3: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator Hpr / Protease production regulatory protein Hpr


分子量: 24585.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: hpr, GK0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L293
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 2424.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 % / 解説: Needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 40% MPD and 0.08M Magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→42.68 Å / Num. obs: 21515 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 115.21 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4173 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.62 / Rrim(I) all: 1.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→42.68 Å / SU ML: 0.591 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1226
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 891 4.53 %
Rwork0.2331 18790 -
obs0.2353 19681 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5936 2464 0 0 8400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.386612392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07191330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00861145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.2061936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.720.37691460.31133088X-RAY DIFFRACTION98.75
3.72-4.010.33281250.26563161X-RAY DIFFRACTION99.88
4.01-4.410.271550.22183110X-RAY DIFFRACTION99.85
4.41-5.050.25281510.2013115X-RAY DIFFRACTION99.88
5.05-6.350.29441660.24443152X-RAY DIFFRACTION99.94
6.36-42.680.2621480.2223164X-RAY DIFFRACTION98.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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