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- PDB-9ff3: The structure of delta-ScoC, a global regulator protein from Geob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ff3
タイトルThe structure of delta-ScoC, a global regulator protein from Geobacillus kaustophilus T-1
要素HTH-type transcriptional regulator Hpr
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ScoC / Global regulator / Geobacillus kaustophilus / Tetramer / DNA bending / Hpr
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / response to stress / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator Hpr / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator Hpr
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Hadad, N. / Shulami, S. / Pomyalov, S. / Shoham, Y. / Shoham, G.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation500/10 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of delta-ScoC, a global regulator protein from Geobacillus kaustophilus T-1
著者: Hadad, N. / Shulami, S. / Pomyalov, S. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HTH-type transcriptional regulator Hpr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5851
ポリマ－24,5851
非ポリマー00
水21612
1
C: HTH-type transcriptional regulator Hpr

C: HTH-type transcriptional regulator Hpr

C: HTH-type transcriptional regulator Hpr

C: HTH-type transcriptional regulator Hpr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3414
ポリマ－98,3414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/31
Buried area16650 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area33310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.082, 80.082, 164.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-311-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator Hpr / Protease production regulatory protein Hpr


分子量: 24585.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: hpr, GK0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L293
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4% PEG 4K, 0.1M Sodium acetate, and 8% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→38.9 Å / Num. obs: 5080 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 101.52 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 3.32→3.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 992 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.62 / Rrim(I) all: 0.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→38.9 Å / SU ML: 0.3705 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8533
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 395 7.83 %
Rwork0.2487 4651 -
obs0.2516 5046 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1451 0 0 12 1463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62281994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1334185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.790.32421310.26311476X-RAY DIFFRACTION99.32
3.79-4.780.27851240.2591529X-RAY DIFFRACTION100
4.78-38.90.27631400.23861646X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.243727296820.4027581364860.5911084702080.221632219142-0.2248880291871.500813013480.3330646855530.7934171226631.278206316741.01221649495-0.4556186626310.4912567466150.8717825335830.433872731147-0.3127010564361.6379911410.6908928476120.5205109147740.1499897539420.2187649996871.0316066287310.8130421739-17.6771429017-24.1650698509
20.4881462192840.0666349336197-0.1192013018422.17700188681.619803624541.27898347292-0.0579557056925-0.264726381662-0.0005955708767970.9182505275090.0816509718505-0.3901936751290.5545355471060.2763476745790.02151165441782.14098651460.5013411319170.5566412036440.7486618668550.0376447852940.7114260487986.83475533867-30.6277657439-12.7606689609
31.52129297131-0.486824087596-0.5738709604531.026939257210.3076086381890.813286747610.174990957803-0.1649043068350.2064931343490.16026576124-0.175869990185-0.3829025815350.4947270672050.1028616425410.07961069140852.519260919941.07663348311.17091300262-0.100664909859-0.7617459031930.2788031893842.92404255776-34.0089230287-3.79026445207
43.11913480983-1.382287000182.93849133261.62365759192-2.122642954853.52301228258-0.4438795993110.1398587790851.649754696990.823652110836-0.622126919070.09163541381830.429828210252-0.4772288075610.5685321019751.003644401310.2536476877560.653062347750.605390787208-0.08355036424341.4570086068216.4977288995-7.86519523571-13.0496344915
50.165989238262-0.2109831399010.004908867566960.264530071869-0.003705222786230.42685418971-0.31860575591-0.3398236726150.3252514896920.288270411945-0.1052954379920.0771049956339-0.2744710346020.239759284282-0.1511580467541.388715149730.5780115934980.887306687630.161067809758-0.2412668589042.04683321579-0.00577797933742-11.6169665934-17.055252346
61.35442380582-1.266444493151.658869375873.153157523570.8278752572967.331737040430.610945607309-1.525284552540.1610872448041.58412161389-0.7589842668110.112315665031-0.4169678755510.065648721227-0.06526527594282.067989166630.0009358976775010.0264222562761.17658015107-0.604621121851.4415502583713.9285952649-8.20031267796-0.194112121112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 7 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 58 through 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 88 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 110 through 139 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 140 through 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 173 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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