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- PDB-9fek: Crystal structure of guanidinase from Nitrospira inopinata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fek
タイトルCrystal structure of guanidinase from Nitrospira inopinata
要素Putative agmatinase 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / comammox / guanidine / guanidinase / complete ammonia oxidizer
機能・相同性
機能・相同性情報


agmatinase / agmatinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Putative agmatinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Nitrospira inopinata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Puehringer, D. / Mccarthy, A.
資金援助 オーストリア, European Union, 4件
組織認可番号国
Vienna Science and Technology Fund (WWTF)FA705009 オーストリア
Christian Doppler ForschungsgesellschaftFA743017 オーストリア
University of Vienna Research Platform Comammox326300 オーストリア
European Regional Development FundFA263001European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Growth of complete ammonia oxidizers on guanidine.
著者: Palatinszky, M. / Herbold, C.W. / Sedlacek, C.J. / Puhringer, D. / Kitzinger, K. / Giguere, A.T. / Wasmund, K. / Nielsen, P.H. / Dueholm, M.K.D. / Jehmlich, N. / Gruseck, R. / Legin, A. / ...著者: Palatinszky, M. / Herbold, C.W. / Sedlacek, C.J. / Puhringer, D. / Kitzinger, K. / Giguere, A.T. / Wasmund, K. / Nielsen, P.H. / Dueholm, M.K.D. / Jehmlich, N. / Gruseck, R. / Legin, A. / Kostan, J. / Krasnici, N. / Schreiner, C. / Palmetzhofer, J. / Hofmann, T. / Zumstein, M. / Djinovic-Carugo, K. / Daims, H. / Wagner, M.
履歴
登録2024年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年8月14日ID: 8C0H
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative agmatinase 2
B: Putative agmatinase 2
C: Putative agmatinase 2
D: Putative agmatinase 2
E: Putative agmatinase 2
F: Putative agmatinase 2
G: Putative agmatinase 2
H: Putative agmatinase 2
I: Putative agmatinase 2
J: Putative agmatinase 2
K: Putative agmatinase 2
L: Putative agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)504,26760
ポリマ－500,59712
非ポリマー3,66948
水50,7122815
1
A: Putative agmatinase 2
B: Putative agmatinase 2
C: Putative agmatinase 2
D: Putative agmatinase 2
E: Putative agmatinase 2
F: Putative agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,13330
ポリマ－250,2996
非ポリマー1,83524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44090 Å2
ΔGint-324 kcal/mol
Surface area57800 Å2
手法PISA
2
G: Putative agmatinase 2
H: Putative agmatinase 2
I: Putative agmatinase 2
J: Putative agmatinase 2
K: Putative agmatinase 2
L: Putative agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,13330
ポリマ－250,2996
非ポリマー1,83524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44240 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area58290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.965, 164.791, 143.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative agmatinase 2


分子量: 41716.457 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira inopinata (バクテリア)
遺伝子: speB, NITINOP_1173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4KUT0, agmatinase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3547.55
22.3547.55
32.3547.55
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
295.151蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.60.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na3 Citrate pH 5.6, 1 M Li2SO4
295.152蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.60.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na3 Citrate pH 5.6, 1 M Li2SO4
295.153蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.60.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na3 Citrate pH 5.6, 1 M Li2SO4

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
31003N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID30B10.9184
シンクロトロンESRF ID30B21.48253
シンクロトロンESRF ID30B31.89289
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2022年6月4日Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2023年12月5日Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
DECTRIS PILATUS 6M3PIXEL2023年12月5日Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21.482531
31.892891
反射

Entry-ID: 9FEK

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2CC starRmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.58-45.0158393692.892.322.070.9910.9980.10640.076730.131814.66
2.2-4858620595.863.623.370.9910.9980.1730.10650.203725.05
2.7-47.6229982895.263.630.30.9770.9940.24290.14870.285633.49
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.58-1.6362.11.1910.56536860.2560.6390.90811.506185.24
2.2-2.233.71.081.07204320.4730.8010.65931.268294.66
2.7-2.733.60.92160.89103770.5880.860.56161.082394.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5184: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→45.01 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 2001 0.34 %
Rwork0.1998 --
obs0.1999 583176 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→45.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34269 0 144 2815 37228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00935364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09248095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5212769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0655310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0136341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.42321310.372737366X-RAY DIFFRACTION84
1.62-1.660.39021350.351240526X-RAY DIFFRACTION91
1.66-1.710.36821490.328942202X-RAY DIFFRACTION94
1.71-1.770.35321460.299342090X-RAY DIFFRACTION94
1.77-1.830.291440.280742203X-RAY DIFFRACTION95
1.83-1.90.26891410.249442424X-RAY DIFFRACTION95
1.9-1.990.26871510.222842652X-RAY DIFFRACTION96
1.99-2.10.21041530.203743029X-RAY DIFFRACTION96
2.1-2.230.19451440.186342663X-RAY DIFFRACTION96
2.23-2.40.21131490.17542147X-RAY DIFFRACTION94
2.4-2.640.1791420.171642398X-RAY DIFFRACTION95
2.64-3.020.17561390.176541571X-RAY DIFFRACTION93
3.02-3.810.17531460.175340800X-RAY DIFFRACTION91
3.81-45.010.19131310.178339104X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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