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- PDB-9fei: Crystal structure of protein D: defoliating toxin form Fusarium o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fei
タイトルCrystal structure of protein D: defoliating toxin form Fusarium oxysporum f.sp. vasinfectum
要素Defoliating protein: protein D
キーワードTOXIN / defoliating / plant / pathogens / fungi
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Troilo, F. / Doddi, A. / Faino, L. / Bonaccorsi Di Patti, M.C. / Di Matteo, A. / Giardina, G.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
Other governmentRM12117A5BDD4AEC
European Union (EU)IR0000009European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FovDEF: defoliating toxin form Fusarium oxysporum f.sp. vasinfectum
著者: Troilo, F. / Doddi, A. / Faino, L. / Bonaccorsi Di Patti, M.C. / Di Matteo, A. / Giardina, G.
履歴
登録2024年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defoliating protein: protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5155
ポリマ－26,6751
非ポリマー8404
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area9840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)27.843, 50.031, 72.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Defoliating protein: protein D


分子量: 26674.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH=7.5 1.4 M sodium citrate Tribasic Dihydrate Protein concentration= 7. 6mg/ml Soaking with HgCl2 over night

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月22日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→71.4 Å / Num. obs: 33146 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.475→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1619 / CC1/2: 0.775 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSBUILT 20220110データ削減
CRANK22.0.315位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→71.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.119 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18771 1648 5 %RANDOM
Rwork0.16135 ---
obs0.16269 31498 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20.66 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→71.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1460 0 18 184 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0121529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.6372078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.571.5723399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7585190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.77555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74810267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3392.118745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3342.116745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2853.784928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3053.786929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5982.653784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5872.654782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8224.6091147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.15228.371733
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.99626.031682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.475→1.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 105 -
Rwork0.259 2306 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.79 Å / Origin y: 0.1495 Å / Origin z: 16.6998 Å
111213212223313233
T0.0082 Å2-0.0021 Å2-0.001 Å2-0.022 Å20.0056 Å2--0.0041 Å2
L0.0833 °2-0.1373 °2-0.0782 °2-0.3132 °20.0414 °2--0.1649 °2
S0.019 Å °0.0043 Å °0.0079 Å °-0.0473 Å °-0.0029 Å °-0.0067 Å °-0.0008 Å °-0.0168 Å °-0.0161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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