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万見
- PDB-9fef: Cryo-EM structure of Trypanosoma cruzi (MDH)4-PEX5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fef
タイトルCryo-EM structure of Trypanosoma cruzi (MDH)4-PEX5 complex
要素
  • Peroxisome targeting signal 1 receptor
  • malate dehydrogenase
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peroxisomal protein transport / Cargo-Receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular organelle lumen / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming) / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / peroxisomal membrane / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PEX5/PEX5L / Malate dehydrogenase, type 1 / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Tetratricopeptide repeat / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / TPR repeat region circular profile. ...PEX5/PEX5L / Malate dehydrogenase, type 1 / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Tetratricopeptide repeat / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
malate dehydrogenase / Peroxisome targeting signal 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Blat, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2017/26/M/NZ1/00797 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
Polish National Science Centre2020/39/B/NZ1/01551 ポーランド
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of Trypanosoma peroxisomal import complex unveils conformational heterogeneity.
著者: Ravi R Sonani / Artur Blat / Malgorzata Jemiola-Rzeminska / Oskar Lipinski / Stuti N Patel / Tabassum Sood / Grzegorz Dubin /
要旨: Peroxisomes are membrane enclosed organelles hosting diverse metabolic processes in eukaryotic cells. Having no protein synthetic abilities, peroxisomes import all required enzymes from the cytosol ...Peroxisomes are membrane enclosed organelles hosting diverse metabolic processes in eukaryotic cells. Having no protein synthetic abilities, peroxisomes import all required enzymes from the cytosol through a peroxin (Pex) import system. Peroxisome targeting sequence 1 (PTS1)-tagged cargo is recognized by cytosolic receptor, Pex5. The cargo-Pex5 complex docks at the peroxisomal membrane translocon, composed of Pex14 and Pex13, facilitating translocation into the peroxisomal lumen. Despite its significance, the structural basis of the process is only partially understood. Here, we characterize the cargo-Pex5-Pex14 ternary complex from Trypanosoma cruzi. Cryo-electron microscopy maps enabled model building for Pex5 (residues 327-462 and 487-653) bound to malate dehydrogenase (MDH; residues 1-323) cargo tetramer and Pex14 (residues 21-85). The model provides insight into conformational heterogeneity and identifies secondary interfaces. Specifically, we observe that orientations of Pex5 relative to MDH span a 17° angle. Additionally, PTS1- and Wxxx(F/Y)-independent contact surfaces are observed at MDH-Pex5 and Pex5-Pex14 interfaces, respectively. Mutational analysis indicates that the non-PTS1 MDH-Pex5 interface does not significantly contribute to the affinity, but limits the conformational heterogeneity of MDH-Pex5 interface. The Pex5-Pex14 interface constitutes an extended binding site of Pex14 over Pex5. We discuss the implications of these findings for understanding peroxisomal import mechanism.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structure of Trypanosoma peroxisomal import complex unveils conformational dynamics
著者: Sonani, R.R. / Blat, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Lipinski, O. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G.
履歴
登録2024年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年8月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_admin / pdbx_audit_support / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年8月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32026年1月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: malate dehydrogenase
B: malate dehydrogenase
C: malate dehydrogenase
D: malate dehydrogenase
E: Peroxisome targeting signal 1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,8525
ポリマ－215,8525
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
malate dehydrogenase


分子量: 35137.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053506503.69 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4DRD8, (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming)
#2: タンパク質 Peroxisome targeting signal 1 receptor


分子量: 75299.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
遺伝子: TCDM_08436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5B7T1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of (MDH)4 with PEX5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.231 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3380 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 42.79 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 538505 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00811379
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74915488
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1661595
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431873
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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