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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fef | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Trypanosoma cruzi (MDH)4-PEX5 complex | |||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Peroxisomal protein transport / Cargo-Receptor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / carboxylic acid metabolic process / peroxisomal membrane / tricarboxylic acid cycle / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
![]() | Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Blat, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Trypanosoma cruzi (MDH)4-PEX5 complex 著者: Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Blat, A. / Jemiola-Rzeminska, M. / Patel, S.N. / Sood, T. / Dubin, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 284 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 224.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 50340MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35137.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Tc00.1047053506503.69 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 75299.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TCDM_08436 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of (MDH)4 with PEX5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.231 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3380 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 42.79 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 538505 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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