PDB-9fe4: Crystallographic structure of AcrB V612F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fe4

タイトル

Crystallographic structure of AcrB V612F

要素

Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Drug efflux / RND transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lazarova, M. / Diederichs, K. / Pos, K.M.

資金援助

スイス,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	3100A0_118402	スイス
German Research Foundation (DFG)	SFB807-P18	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	SFB1507-P3	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DFG-EXC115	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic structure of AcrB V612F
著者: Lazarova, M. / Diederichs, K. / Pos, K.M.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fe4.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fe4.ent.gz	162 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fe4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fe4_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fe4_full_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示
XML形式データ	9fe4_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	9fe4_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/9fe4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1106 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/1106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

115 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
344 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.410, 134.410, 190.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 114784.336 Da / 分子数: 1 / 変異: V612F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M citrate pH 4.6, 5% PEG400, 16-21% PEG300, 8-11% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.7 Å / Num. obs: 49616 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.19
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 4859 / CC_1/2: 0.335

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→49.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3004	2481	-
R_work	0.2585	-	-
obs	-	49616	99.76 %

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7843	0	0	0	7843

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.85 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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