PDB-9fdz: Single particle cryo-EM structure of the multidrug efflux pump Oq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fdz

タイトル

Single particle cryo-EM structure of the multidrug efflux pump OqxB from Klebsiella pneumoniae

要素

Efflux pump membrane transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Drug efflux / RND transporter

機能・相同性

Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Lazarova, M. / Frangakis, A. / Pos, K.M.

資金援助

スイス,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	3100A0_118402	スイス
German Research Foundation (DFG)	SFB807-P18	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	SFB1507-P3	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	DFG-EXC115	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Single particle cryo-EM structure of the multidrug efflux pump OqxB from Klebsiella pneumoniae
著者: Lazarova, M. / Frangakis, A. / Pos, K.M.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月28日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月28日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月28日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月28日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月28日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月28日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fdz.cif.gz	577.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fdz.ent.gz	473.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fdz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fdz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9fdz_validation.xml.gz	89.2 KB	表示
CIF形式データ	9fdz_validation.cif.gz	134.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	50334MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Efflux pump membrane transporter

B: Efflux pump membrane transporter

C: Efflux pump membrane transporter

343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Efflux pump membrane transporter 分子量: 114393.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bepE_1, bepE_2, B5L96_27435, GJJ13_005705, GJJ18_08150, HJX03_06025, NCTC204_03625, NCTC9637_01899, QIG75_20820, SAMEA4364603_03846 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5U6L7
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Efflux pump membrane transporter

分子量: 114393.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bepE_1, bepE_2, B5L96_27435, GJJ13_005705, GJJ18_08150, HJX03_06025, NCTC204_03625, NCTC9637_01899, QIG75_20820, SAMEA4364603_03846
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5U6L7

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Trimeric Klebsiella pneumoniae efflux pump membrane transporter OqxB タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.343 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6562
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択	選択した粒子像数: 2703412
対称性	点対称性: C₁ (非対称)
3次元再構成	解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 543928 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築	空間: REAL
原子モデル構築	Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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