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- PDB-9fdr: Crystal structure of human Sirt2 in apo form with opened selectiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fdr
タイトルCrystal structure of human Sirt2 in apo form with opened selectivity pocket
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
キーワードHYDROLASE / Sirtuin 2 / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / histone methacryllysine demethacrylase activity / histone benzoyllysine debenzoylase activity / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of meiotic nuclear division ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / histone methacryllysine demethacrylase activity / histone benzoyllysine debenzoylase activity / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / regulation of phosphorylation / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / paranode region of axon / regulation of exit from mitosis / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity, NAD-dependent / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / histone deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / response to redox state / positive regulation of DNA binding / regulation of myelination / negative regulation of fat cell differentiation / histone acetyltransferase binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell division / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / subtelomeric heterochromatin formation / lipid catabolic process / heterochromatin / cellular response to epinephrine stimulus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / substantia nigra development / negative regulation of autophagy / meiotic cell cycle / ubiquitin binding / centriole / negative regulation of protein catabolic process / spindle / autophagy / histone deacetylase binding / mitotic spindle / myelin sheath / heterochromatin formation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome / growth cone / cellular response to oxidative stress / midbody / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / innate immune response / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Friedrich, F. / Einsle, O. / Jung, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 992 ドイツ
German Research Foundation (DFG)295/18-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Efficient Crystallization of Apo Sirt2 for Small-Molecule Soaking and Structural Analysis of Ligand Interactions.
著者: Friedrich, F. / Schiedel, M. / Swyter, S. / Zhang, L. / Sippl, W. / Schutkowski, M. / Einsle, O. / Jung, M.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1859
ポリマ－34,4171
非ポリマー7688
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.932, 73.251, 54.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 34416.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 6種, 328分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 31 % (w/v) PEG 3,350, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→73.25 Å / Num. obs: 77852 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 421255
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.082 / Num. measured all: 21113 / Num. unique obs: 3855 / CC1/2: 0.614 / Rpim(I) all: 0.503 / Rrim(I) all: 1.197 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→54.51 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 3942 5.07 %
Rwork0.1793 --
obs0.1798 77803 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→54.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 44 320 2728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8443391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.881967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.270.32361390.30572622X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.280.33191500.29162650X-RAY DIFFRACTION100
1.28-1.30.31231480.28712582X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.320.29271320.27482643X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.330.29281290.2772675X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.350.28891520.26982568X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.380.33031310.26382676X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.40.25741400.26052600X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.420.28111450.25442625X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.450.26051430.23962660X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.480.23661520.22272604X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.510.22611360.22182639X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.540.22381360.19542616X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.570.2231390.19342675X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.610.22821230.1912644X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.660.19941390.19262646X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.710.22841480.18772624X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.760.16821190.18342655X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.820.22071630.18742607X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.90.17071350.17872683X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.980.20051590.17242599X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.090.2011260.1682667X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.220.1691360.16082628X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.390.18961310.17042657X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.630.17411530.17312620X-RAY DIFFRACTION99
2.63-3.010.17171250.17962667X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.80.15461590.15672635X-RAY DIFFRACTION100
3.8-54.510.15931540.152694X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.9756 Å / Origin y: 17.5292 Å / Origin z: 18.651 Å
111213212223313233
T0.1063 Å2-0.0096 Å20.0112 Å2-0.1249 Å2-0.0012 Å2--0.1264 Å2
L0.3818 °2-0.188 °2-0.0733 °2-0.4622 °2-0.0885 °2--0.8481 °2
S0.0085 Å °0.0529 Å °-0.0349 Å °-0.0239 Å °0.0199 Å °0.0548 Å °-0.0027 Å °-0.1262 Å °-0.0319 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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