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- PDB-9fdo: Structure of the schistosomine 79 (DNYR) from schistosoma in C2 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fdo
タイトルStructure of the schistosomine 79 (DNYR) from schistosoma in C2 space group
要素Schistosomin
キーワードTOXIN
機能・相同性BIOTIN / Schistosomin
機能・相同性情報
生物種Schistosoma (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.055 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / Legrand, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the schistosomine 79 (DNYR) from schistosoma in C2 space group
著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Legrand, P. / Vicogne, J. / Melnyk, O.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Schistosomin
B: Schistosomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6637
ポリマ－17,8862
非ポリマー7775
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.68, 37.96, 43.19
Angle α, β, γ (deg.)90, 95.35, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Schistosomin / Schistosomin-like precursor


分子量: 8943.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schistosoma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: B5L013
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: AS, Tris HCl, NaB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.90745 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.90745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.056→43.649 Å / Num. obs: 7585 / % possible obs: 84.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.056→2.166 Å / Rmerge(I) obs: 1.158 / Num. unique obs: 379 / CC1/2: 0.313

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 20200520data processing
autoPROCFeb 5, 2021data processing
autoPROC2.3.36data processing
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.055→43.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.428 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 382 -RANDOM
Rwork0.2287 ---
obs0.231 7585 84.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6869 Å20 Å2-0.7894 Å2
2--1.0183 Å20 Å2
3---0.6686 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.055→43.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1222 0 45 75 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081307HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.931761HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d469SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes224HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1307HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion165SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1012SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.86
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.17 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3577 23 -
Rwork0.36 --
obs0.3599 400 29.64 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0603-0.07790.44472.81921.59714.1777-0.120.11730.13070.11730.04960.1110.13070.1110.0705-0.20040.0267-0.0151-0.09960.0318-0.150910.3994-1.649914.1851
22.5134-0.47291.55693.34520.17214.7255-0.1851-0.0224-0.0516-0.02240.11420.1127-0.05160.11270.0709-0.251-0.006-0.0085-0.09970.0141-0.1118.4578-3.313234.1956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A20 - 97
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A101
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B18 - 97
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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