PDB-9fdl: Crystal structure of the catalytic domain of an AA9 lytic polysac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fdl

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of an AA9 lytic polysaccharide monooxygenase from Thermothelomyces thermophilus (TtLPMO9F)

要素

Glycoside hydrolase family 61 protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / LPMO / AA9

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Kosinas, C. / Dimarogona, M. / Topakas, E.

資金援助

ギリシャ, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Mutational study of a lytic polysaccharide monooxygenase from Myceliophthora thermophila (MtLPMO9F): Structural insights into substrate specificity and regioselectivity.
著者: Kosinas, C. / Chorozian, K. / Sandgren, M. / Topakas, E. / Dimarogona, M.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fdl.cif.gz	353.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fdl.ent.gz	222.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fdl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 61 protein

B: Glycoside hydrolase family 61 protein

C: Glycoside hydrolase family 61 protein

ヘテロ分子

73 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Glycoside hydrolase family 61 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycoside hydrolase family 61 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glycoside hydrolase family 61 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.891, 112.293, 262.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-415- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	1 - 229	1 - 229
2	1	1	1 - 229	1 - 229
3	2	2	1 - 227	1 - 227
4	2	2	1 - 227	1 - 227
5	3	3	1 - 227	1 - 227
6	3	3	1 - 227	1 - 227

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 61 protein 分子量: 24149.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Prior to crystallisation, the full length protein (UniProt ID G2Q9F7) was submitted to treatment with papain, to remove the carbohydrate binding module, appended at the protein C-terminal. ...詳細: Prior to crystallisation, the full length protein (UniProt ID G2Q9F7) was submitted to treatment with papain, to remove the carbohydrate binding module, appended at the protein C-terminal. The catalytic domain was purified and crystallised. 由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類) 遺伝子: MYCTH_111088 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2Q9F7

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 61 protein

分子量: 24149.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Prior to crystallisation, the full length protein (UniProt ID G2Q9F7) was submitted to treatment with papain, to remove the carbohydrate binding module, appended at the protein C-terminal. ...
由来: (組換発現)

Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
遺伝子: MYCTH_111088 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2Q9F7

-
非ポリマー , 6種, 348分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M of sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→262.38 Å / Num. obs: 35897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.324 / R_pim(I) all: 0.132 / R_rim(I) all: 0.35 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 2.476 / Num. unique obs: 48717 / CC_1/2: 0.534 / R_pim(I) all: 0.681 / R_rim(I) all: 2.569

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.33→131.536 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 13.243 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.194
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. TLS added.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	1755	4.898 %
R_work	0.1623	34073	-
all	0.164	-	-
obs	-	35828	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.215 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.215 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.786 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→131.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5085	0	30	341	5456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.759	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.627	1.73	11010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.485	5	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.454	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.004	10	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.689	10	232
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	4750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.329	3.2	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.329	3.2	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.544	5.736	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.544	5.736	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.173	3.502	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.172	3.503	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.92	6.248	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.92	6.249	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.524	30.419	5679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.446	30.308	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	7115
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.087	0.05	7009
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.085	0.05	7004

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08015	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08015	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08736	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08736	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08471	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08471	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.33-2.391	0.315	113	0.265	2470	0.267	2584	0.928	0.952	99.9613	0.27
2.391-2.456	0.3	107	0.251	2424	0.253	2533	0.938	0.954	99.921	0.255
2.456-2.527	0.272	121	0.228	2374	0.23	2496	0.939	0.963	99.9599	0.23
2.527-2.605	0.273	144	0.22	2284	0.224	2430	0.943	0.966	99.9177	0.22
2.605-2.69	0.253	107	0.193	2222	0.196	2332	0.959	0.976	99.8714	0.191
2.69-2.785	0.207	96	0.182	2163	0.183	2261	0.973	0.98	99.9115	0.178
2.785-2.89	0.221	109	0.168	2076	0.17	2187	0.969	0.983	99.9085	0.161
2.89-3.008	0.226	127	0.161	1967	0.165	2095	0.966	0.984	99.9523	0.152
3.008-3.141	0.2	85	0.153	1973	0.155	2059	0.971	0.985	99.9514	0.144
3.141-3.295	0.185	91	0.149	1854	0.151	1946	0.979	0.986	99.9486	0.14
3.295-3.473	0.147	91	0.125	1759	0.126	1850	0.986	0.991	100	0.119
3.473-3.683	0.184	73	0.133	1682	0.135	1755	0.981	0.989	100	0.128
3.683-3.937	0.185	82	0.139	1554	0.141	1638	0.982	0.989	99.8779	0.135
3.937-4.252	0.179	90	0.13	1450	0.133	1542	0.98	0.99	99.8703	0.129
4.252-4.658	0.163	66	0.128	1373	0.13	1440	0.987	0.99	99.9306	0.129
4.658-5.207	0.179	75	0.137	1230	0.139	1306	0.982	0.989	99.9234	0.141
5.207-6.011	0.226	52	0.164	1094	0.167	1146	0.981	0.986	100	0.167
6.011-7.358	0.182	49	0.171	942	0.171	991	0.981	0.982	100	0.174
7.358-10.389	0.219	51	0.169	746	0.172	797	0.967	0.982	100	0.176
10.389-131.536	0.241	26	0.259	436	0.258	468	0.975	0.949	98.7179	0.281

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4594	0.1525	0.9482	1.3597	0.6244	3.1717	-0.0114	0.1506	0.0629	-0.0893	-0.0032	0.0089	-0.1146	0.1671	0.0146	0.0111	0.0001	0.0052	0.0203	0.0096	0.0114	-13.3726	-17.4523	-8.4995
2	1.6574	0.0594	1.0464	1.4176	0.8431	3.3311	0.011	0.1236	-0.1384	-0.1117	-0.0156	0.0761	0.1006	0.1492	0.0046	0.076	0.0375	-0.0151	0.0622	-0.0358	0.1242	-9.8762	-47.2927	-26.0567
3	1.8395	0.3084	0.4857	1.8414	0.2419	3.2635	-0.0573	0.1182	-0.0195	-0.1171	0.0167	0.1705	-0.0305	-0.0465	0.0406	0.1201	0.0619	-0.0553	0.1339	-0.027	0.051	-30.0657	-21.4642	-48.318

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)