[日本語] English
- PDB-9fdg: Solution structure of a de novo designed 12-stranded transmembran... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fdg
タイトルSolution structure of a de novo designed 12-stranded transmembrane beta-barrel in LDAO micelles.
要素TMB12sol9_3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 3.98.15
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Muentener, T. / Hiller, S.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: Science / : 2024
タイトル: Sculpting conducting nanopore size and shape through de novo protein design.
著者: Berhanu, S. / Majumder, S. / Muentener, T. / Whitehouse, J. / Berner, C. / Bera, A.K. / Kang, A. / Liang, B. / Khan, N. / Sankaran, B. / Tamm, L.K. / Brockwell, D.J. / Hiller, S. / Radford, S. ...著者: Berhanu, S. / Majumder, S. / Muentener, T. / Whitehouse, J. / Berner, C. / Bera, A.K. / Kang, A. / Liang, B. / Khan, N. / Sankaran, B. / Tamm, L.K. / Brockwell, D.J. / Hiller, S. / Radford, S.E. / Baker, D. / Vorobieva, A.A.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TMB12sol9_3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3491
ポリマ-20,3491
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500target function
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: タンパク質 TMB12sol9_3


分子量: 20349.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N TROSY
161isotropic12D 1H-15N TROSY
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D HNCA
141isotropic23D 1H-15N NOESY
152isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle1600 uM [U-13C; U-15N; U-2H] TMB12sol9_3, 5 % [U-2H] D2O, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 15 mM LDAO, 95% H2O/5% D2O15N13C2H95% H2O/5% D2O
micelle2600 uM [U-15N; U-2H; 99% 1HD-Ile,Leu; 99% 1HG-Val; 99% Ala; 99% Met] TMB12sol9_3, 5 % [U-2H] D2O, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 15 mM LDAO, 95% H2O/5% D2O13C Methyl95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMTMB12sol9_3[U-13C; U-15N; U-2H]1
5 %D2O[U-2H]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
15 mMLDAOnatural abundance1
600 uMTMB12sol9_3[U-15N; U-2H; 99% 1HD-Ile,Leu; 99% 1HG-Val; 99% Ala; 99% Met]2
5 %D2O[U-2H]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
1 mMEDTAnatural abundance2
15 mMLDAOnatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: Standard / pH: 6.8 / : 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis AssignCCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis AssignCCPNpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る