PDB-9fde: Lipase calB candida antarctica with lysine ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fde

タイトル

Lipase calB candida antarctica with lysine ligand

要素

(Lipase B) x 2

キーワード

HYDROLASE / lipase

機能・相同性

: / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / LYSINE / Lipase B

機能・相同性情報

生物種

Moesziomyces antarcticus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Jelsch, C. / Favier, F. / Didierjean, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lipase calB candida antarctica with lysine ligand
著者: Jelsch, C. / Favier, F. / Didierjean, C.

履歴

登録	2024年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fde.cif.gz	132.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fde.ent.gz	97.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase B

B: Lipase B

ヘテロ分子

66.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase B

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.318, 107.476, 68.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.043, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipase B / CALB 分子量: 33040.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moesziomyces antarcticus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase
#2: タンパク質	Lipase B / CALB 分子量: 32842.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moesziomyces antarcticus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 % / 解説: Platelet-shaped
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Propan-2-ol 40 % (V/V), PEG 8000 18 % (W/V), 100mM Imidazole/HCl pH 6.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.980121 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.980121 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.4317
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.5683

反射

解像度: 1.87→45.32 Å / Num. obs: 52748 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度: 1.87→1.91 Å / Num. unique obs: 2665 / CC_1/2: 0.672

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→45.318 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 4.023 / SU ML: 0.116 / Average fsc free: 0.9493 / Average fsc work: 0.968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	2058	4.691 %
R_work	0.2049	41809	-
all	0.207	-	-
obs	-	43867	99.289 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.891 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.219 Å²	0 Å²	3.471 Å²
2-	-	-16.929 Å²	-0 Å²
3-	-	-	23.149 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→45.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4633	0	11	129	4773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.81	1.645	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.344	1.561	10192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.845	5	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.181	23.736	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.469	15	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.432	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.769	2.356	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.766	2.356	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.262	3.53	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.262	3.531	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.659	2.397	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.659	2.397	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.18	3.574	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.178	3.574	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.991	28.965	5495
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.982	28.961	5489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.051	0.338	139	0.244	3008	X-RAY DIFFRACTION	96.5337
2.051-2.107	0.317	159	0.225	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.3034
2.107-2.168	0.286	116	0.221	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.3849
2.168-2.235	0.464	134	0.509	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.1647
2.235-2.308	0.609	163	0.538	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.9965
2.308-2.389	0.239	116	0.192	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.4035
2.389-2.479	0.238	122	0.18	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.2986
2.479-2.58	0.239	130	0.195	2453	X-RAY DIFFRACTION	99.9613
2.58-2.694	0.272	105	0.177	2398	X-RAY DIFFRACTION	99.3254
2.694-2.826	0.253	127	0.195	2313	X-RAY DIFFRACTION	99.9181
2.826-2.978	0.242	135	0.197	2085	X-RAY DIFFRACTION	99.507
2.978-3.158	0.262	105	0.195	2070	X-RAY DIFFRACTION	100.1381
3.158-3.376	0.232	113	0.191	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.5054
3.376-3.646	0.206	77	0.195	1807	X-RAY DIFFRACTION	99.7353
3.646-3.993	0.225	89	0.182	1656	X-RAY DIFFRACTION	99.8855
3.993-4.462	0.17	70	0.138	1512	X-RAY DIFFRACTION	99.8107
4.462-5.149	0.166	64	0.126	1334	X-RAY DIFFRACTION	99.5018
5.149-6.297	0.222	30	0.155	1145	X-RAY DIFFRACTION	99.4078
6.297-8.867	0.138	34	0.128	890	X-RAY DIFFRACTION	99.784
8.867-45.3	0.19	30	0.141	491	X-RAY DIFFRACTION	98.8615

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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