PDB-9fdd: The crystal structure of full length tetramer CysB from Klebsiell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fdd

タイトル

The crystal structure of full length tetramer CysB from Klebsiella aerogenes in complex with N-acetylserine

要素

HTH-type transcriptional regulator CysB

キーワード

TRANSCRIPTION / CysB / cysteine biosynthesis / LysR family / transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Verschueren, K.H.G. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: The Structure of the LysR-type Transcriptional Regulator, CysB, Bound to the Inducer, N-acetylserine.
著者: Verschueren, K.H.G. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2024年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fdd.cif.gz	973.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fdd.ent.gz	805.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/9fdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f14C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator CysB

B: HTH-type transcriptional regulator CysB

C: HTH-type transcriptional regulator CysB

D: HTH-type transcriptional regulator CysB

E: HTH-type transcriptional regulator CysB

F: HTH-type transcriptional regulator CysB

G: HTH-type transcriptional regulator CysB

H: HTH-type transcriptional regulator CysB

ヘテロ分子

289 kDa, 8 ポリマー
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1

A: HTH-type transcriptional regulator CysB

B: HTH-type transcriptional regulator CysB

C: HTH-type transcriptional regulator CysB

D: HTH-type transcriptional regulator CysB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: HTH-type transcriptional regulator CysB

F: HTH-type transcriptional regulator CysB

G: HTH-type transcriptional regulator CysB

H: HTH-type transcriptional regulator CysB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.436, 187.436, 224.662
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator CysB / Cys regulon transcriptional activator 分子量: 36008.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella (バクテリア) / 遺伝子: cysB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45600
#2: 化合物	ChemComp-SAC / N-ACETYL-SERINE / N-アセチル-L-セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12-17% PEG 8000, 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→41.462 Å / Num. obs: 72415 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→41.462 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 15.672 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.382 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	3626	5.011 %
R_work	0.18	68742	-
all	0.183	-	-
obs	-	72368	99.916 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.862 Å²	0.431 Å²	-0 Å²
2-	-	0.862 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.797 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20288	0	80	21	20389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	20832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	19924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.822	28300
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.587	1.752	45800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.234	5	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.41	5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.357	10	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.245	10	900
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	24440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	18366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	10137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	10948
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.98	4.406	10404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.98	4.406	10404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.35	7.923	12984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.349	7.923	12985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.046	4.756	10428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.046	4.756	10429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.563	8.578	15316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.563	8.578	15317
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.309	42.095	22573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.308	42.095	22574

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.873	0.364	258	0.268	5048	0.273	5307	0.916	0.961	99.9812	0.238
2.873-2.951	0.311	194	0.226	5005	0.229	5199	0.941	0.972	100	0.193
2.951-3.036	0.328	153	0.231	4888	0.234	5041	0.934	0.968	100	0.2
3.036-3.129	0.321	258	0.215	4690	0.22	4949	0.934	0.972	99.9798	0.186
3.129-3.231	0.279	272	0.208	4493	0.212	4765	0.947	0.974	100	0.182
3.231-3.344	0.323	258	0.203	4331	0.209	4589	0.932	0.975	100	0.176
3.344-3.469	0.276	253	0.209	4222	0.212	4475	0.945	0.974	100	0.187
3.469-3.61	0.258	235	0.185	4030	0.188	4265	0.955	0.98	100	0.165
3.61-3.769	0.286	152	0.198	3969	0.201	4121	0.945	0.977	100	0.179
3.769-3.951	0.261	214	0.172	3707	0.177	3921	0.959	0.982	100	0.155
3.951-4.163	0.221	225	0.159	3518	0.162	3743	0.968	0.984	100	0.141
4.163-4.412	0.208	227	0.155	3298	0.159	3525	0.97	0.986	100	0.142
4.412-4.713	0.229	173	0.15	3147	0.154	3320	0.967	0.987	100	0.138
4.713-5.085	0.193	183	0.142	2920	0.145	3103	0.977	0.989	100	0.131
5.085-5.562	0.181	91	0.159	2749	0.16	2840	0.978	0.987	100	0.145
5.562-6.205	0.238	121	0.169	2487	0.173	2608	0.968	0.986	100	0.153
6.205-7.138	0.236	97	0.147	2177	0.15	2274	0.971	0.989	100	0.133
7.138-8.679	0.158	96	0.119	1849	0.121	1945	0.985	0.992	100	0.113
8.679-12.013	0.164	131	0.131	1388	0.134	1519	0.986	0.993	100	0.132
12.013-41.462	0.327	35	0.234	826	0.237	897	0.979	0.975	95.9866	0.229

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