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万見
- PDB-9fd8: Re-engineered peroxygenase variant of 2-deoxy-D-ribose-5-phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fd8
タイトルRe-engineered peroxygenase variant of 2-deoxy-D-ribose-5-phosphate aldolase, Schiff-base complex with 4-chloro-cinnamaldehyde
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードLYASE / protein engineering / directed evolution / aldolase / peroxygenase / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type II / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H. / Zhou, H. / Frietema, H.O.T. / Poelarends, G.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)724.016.002 オランダ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Engineering 2-Deoxy-D-ribose-5-phosphate Aldolase for anti- and syn-Selective Epoxidations of alpha , beta-Unsaturated Aldehydes.
著者: Zhou, H. / Kunzendorf, A. / Xu, G. / Frietema, H.O.T. / Thunnissen, A.W.H. / Poelarends, G.J.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8615
ポリマ－57,4312
非ポリマー4293
水4,288238
1
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8842
ポリマ－28,7161
非ポリマー1691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9763
ポリマ－28,7161
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.084, 72.470, 70.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase


分子量: 28715.734 Da / 分子数: 2
変異: T18S, L20S, D22G, D24Y, C47S, I48V, F52S, K172R, T197S, P202V, A203T, R207S, G236S, S239G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: deoC, EcolC_3675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1IS38, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-A1ICA / (2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enal / (~{E})-3-(4-chlorophenyl)prop-2-en-1-ol


分子量: 168.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9ClO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein was concentrated to 8 mg/mL in 20 mM potassium phosphate, pH 7. Crystallization conditions: 0-4% 2-propanol, 22-24% PEG 3350 in 0.1 M HEPES, pH 7.5. The Schiff-base complex was ...詳細: Protein was concentrated to 8 mg/mL in 20 mM potassium phosphate, pH 7. Crystallization conditions: 0-4% 2-propanol, 22-24% PEG 3350 in 0.1 M HEPES, pH 7.5. The Schiff-base complex was obtained by brief soaking (about 30 seconds) in saturated ligand solution prepared with crystallization solution plus 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→48 Å / Num. obs: 65329 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Num. measured all: 6512 / Num. unique obs: 2935 / CC1/2: 0.455 / Rpim(I) all: 0.542 / Rrim(I) all: 0.862 / Χ2: 0.47 / Net I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
REFMAC5.8.0425精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.58→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.711 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18472 3107 4.8 %RANDOM
Rwork0.16419 ---
obs0.16514 62201 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20.16 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 0 26 238 3922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0123765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.7955097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5451.7238569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2715498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.2145.71428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.54310663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3071.3611962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2991.3611962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.952.4322449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.952.4332450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8541.721803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8541.721804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4882.9762642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.57414.654271
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.47514.054223
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 192 -
Rwork0.293 4178 -
obs--90.38 %
精密化 TLS

S21: 0.0033 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6117-0.0765-0.02610.02530.11630.81980.02010.03670.0407-0.0102-0.0060.0316-0.0357-0.00990.02-0.00410.00280.0213-0.00030.0034-0.9029-23.2788-35.7762
20.48890.0332-0.11330.12530.19050.34690.0025-0.00650.030.00590.00150.00950.0158-0.00840.02420.00570.00040.01890.00330.00474.696-9.79610.0607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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