PDB-9fct: BtuJ1 - Bacteroides thetaiotaomicron B12 scavenging protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fct

タイトル

BtuJ1 - Bacteroides thetaiotaomicron B12 scavenging protein

要素

DUF4465 domain-containing protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / B12 binding / Lipoprotein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4465 / Domain of unknown function (DUF4465) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / CYANOCOBALAMIN / DUF4465 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Clarke, C. / Banasik, M. / Pickersgill, R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Extracellular vesicle-linked vitamin B12 acquisition via novel binding proteins in Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Juodeikis, R. / Ulrich, R. / Clarke, C. / Banasik, M. / Deery, E. / Saalbach, G. / Krautler, B. / Carding, S.R. / Geeves, M.A. / Pickersgill, R.W. / Warren, M.J.

履歴

登録	2024年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年12月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fct.cif.gz	455 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fct.ent.gz	306.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/9fct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/9fct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

B: DUF4465 domain-containing protein

A: DUF4465 domain-containing protein

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.891, 51.416, 108.757
Angle α, β, γ (deg.)	90, 131.789, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 27 - 255 / Label seq-ID: 27 - 255

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	DUF4465 domain-containing protein 分子量: 28850.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lipoprotein export sequence removed, His-tagged 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_1491 / プラスミド: pET14b / 詳細 (発現宿主): Ampicillin resistance / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8A7N3
#2: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN 分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: Shards with a distinctly red color
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 29% w/v PEG, 0.2M sodium citrate pH 3.5 / PH範囲: 3-4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→81.09 Å / Num. obs: 66258 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.12 Å² / CC_1/2: 0.968 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 1.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / Num. unique obs: 66258 / CC_1/2: 0.381

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
STARANISO	2.3.94	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.603→81.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.198 / SU B: 4.605 / SU ML: 0.077 / Average fsc free: 0.9646 / Average fsc work: 0.971 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2132	3429	5.175 %
R_work	0.1886	62828	-
all	0.19	-	-
obs	-	66257	82.048 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.543 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.128 Å²	-0 Å²	0.159 Å²
2-	-	-1.048 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.245 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→81.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3674	0	186	497	4357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.015	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.351	1.874	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.831	8104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.647	5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.459	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.096	10	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.039	10	189
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.142	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.115	0.2	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.059	0.2	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.08	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.083	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.111	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.172	0.934	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.172	0.934	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.044	1.679	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.044	1.68	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.388	1.061	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.388	1.06	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.295	1.856	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.294	1.856	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.503	13.097	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.593	10.572	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	7463

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06565	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06565	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.603-1.645	0.245	24	0.274	489	0.273	5910	0.953	0.946	8.6802	0.27
1.645-1.69	0.296	91	0.276	1468	0.277	5759	0.934	0.944	27.0707	0.269
1.69-1.739	0.261	163	0.278	3307	0.277	5643	0.953	0.945	61.4921	0.271
1.739-1.792	0.281	228	0.26	4239	0.261	5453	0.944	0.952	81.9182	0.248
1.792-1.851	0.27	276	0.251	4538	0.252	5327	0.948	0.957	90.3698	0.236
1.851-1.916	0.248	256	0.235	4613	0.235	5136	0.957	0.963	94.8014	0.218
1.916-1.988	0.237	246	0.219	4532	0.22	4945	0.962	0.967	96.6228	0.203
1.988-2.069	0.227	255	0.201	4470	0.202	4796	0.97	0.975	98.5196	0.189
2.069-2.161	0.227	226	0.195	4266	0.196	4527	0.967	0.973	99.2269	0.187
2.161-2.266	0.207	231	0.182	4164	0.183	4418	0.975	0.979	99.4794	0.176
2.266-2.389	0.234	220	0.175	3915	0.178	4151	0.964	0.98	99.6145	0.172
2.389-2.534	0.221	193	0.174	3755	0.176	3962	0.97	0.981	99.6466	0.175
2.534-2.708	0.247	182	0.189	3004	0.192	3728	0.967	0.979	85.4614	0.194
2.708-2.925	0.232	137	0.182	3316	0.184	3472	0.967	0.979	99.4528	0.197
2.925-3.204	0.204	155	0.173	2991	0.175	3174	0.974	0.981	99.1178	0.193
3.204-3.581	0.179	142	0.165	2743	0.166	2904	0.984	0.983	99.3457	0.189
3.581-4.134	0.171	142	0.159	2429	0.159	2576	0.982	0.985	99.8059	0.183
4.134-5.06	0.158	122	0.145	2053	0.146	2179	0.986	0.988	99.8164	0.179
5.06-7.142	0.182	87	0.177	1625	0.178	1717	0.984	0.982	99.7088	0.225
7.142-81.09	0.201	53	0.203	911	0.202	978	0.968	0.971	98.5685	0.277

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7138	-0.1207	0.1882	1.4158	-0.0822	1.5545	0.0392	-0.0587	-0.0824	0.0031	-0.0486	-0.0109	0.081	0.0469	0.0095	0.0349	0.0059	0.0102	0.0553	0.0156	0.0105	3.5567	-14.0179	27.3716
2	1.3208	-0.0635	0.1423	1.3964	-0.1493	1.5203	0.0063	-0.007	0.0479	-0.0054	-0.018	-0.0095	-0.0213	0.029	0.0117	0.0049	-0.0079	0.009	0.057	-0.0082	0.0199	23.9554	-0.824	1.5441

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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