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- PDB-9fcr: Crystal structure of RBBP9 with spacegroup p212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fcr
タイトルCrystal structure of RBBP9 with spacegroup p212121
要素Serine hydrolase RBBP9
キーワードCELL CYCLE / regulation of cell proliferation and differentiation
機能・相同性
機能・相同性情報


type II pneumocyte differentiation / serine hydrolase activity / response to nematode / xenobiotic metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / positive regulation of gene expression / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Putative hydrolase RBBP9/YdeN / Serine hydrolase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydrolase RBBP9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Gorrec, F. / Bellini, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2025
タイトル: A generic cross-seeding approach to protein crystallization.
著者: Caspy, I. / Tang, S. / Bellini, D. / Gorrec, F.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydrolase RBBP9
B: Serine hydrolase RBBP9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0522
ポリマ－42,0522
非ポリマー00
水6,936385
1
A: Serine hydrolase RBBP9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0261
ポリマ－21,0261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine hydrolase RBBP9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0261
ポリマ－21,0261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.740, 82.550, 58.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Serine hydrolase RBBP9 / B5T-overexpressed gene protein / Protein BOG / Retinoblastoma-binding protein 10 / RBBP-10 / ...B5T-overexpressed gene protein / Protein BOG / Retinoblastoma-binding protein 10 / RBBP-10 / Retinoblastoma-binding protein 9 / RBBP-9


分子量: 21025.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP9, BOG, RBBP10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75884, 加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350/PEG 1K/MPD (1:1:1) 37.5%, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 4mM Morpheus II Alkalis, 2.5% (w/v) Morpheus Fusion Cryopolyols

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→44.38 Å / Num. obs: 65671 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 4570 / CC1/2: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→44.38 Å / SU ML: 0.205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.3094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 3077 4.92 %
Rwork0.2017 59498 -
obs0.2032 62575 89.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→44.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2922 0 0 385 3307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81654087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0748438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7263388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.390.503550.4992815X-RAY DIFFRACTION28.09
1.39-1.410.4223630.45861124X-RAY DIFFRACTION38.24
1.41-1.440.4131050.4231840X-RAY DIFFRACTION61.88
1.44-1.460.38491200.40182177X-RAY DIFFRACTION72.9
1.46-1.490.37631310.37462481X-RAY DIFFRACTION83.74
1.49-1.520.35911590.33012734X-RAY DIFFRACTION91.38
1.52-1.560.3411590.2992865X-RAY DIFFRACTION96.52
1.56-1.590.2731580.27222974X-RAY DIFFRACTION99.4
1.59-1.630.31821520.26422964X-RAY DIFFRACTION99.27
1.63-1.680.28381420.25433005X-RAY DIFFRACTION99.75
1.68-1.730.28581520.2442998X-RAY DIFFRACTION99.84
1.73-1.780.29521310.2363034X-RAY DIFFRACTION99.97
1.78-1.850.27541420.2293008X-RAY DIFFRACTION99.94
1.85-1.920.25021620.23572982X-RAY DIFFRACTION99.97
1.92-2.010.24141570.21383009X-RAY DIFFRACTION99.87
2.01-2.110.2221410.20393051X-RAY DIFFRACTION99.91
2.11-2.240.26991460.1933028X-RAY DIFFRACTION99.97
2.25-2.420.1981520.19943032X-RAY DIFFRACTION99.78
2.42-2.660.22281770.19533019X-RAY DIFFRACTION99.69
2.66-3.050.22551540.18613068X-RAY DIFFRACTION99.66
3.05-3.840.19761540.16193077X-RAY DIFFRACTION99.6
3.84-44.380.18361650.15593213X-RAY DIFFRACTION98.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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