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- PDB-9fcf: Medicago truncatula 5'-ProFAR isomerase (HISN3) D57N mutant in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fcf
タイトルMedicago truncatula 5'-ProFAR isomerase (HISN3) D57N mutant in complex with ProFAR
要素1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase, chloroplastic
キーワードISOMERASE / Complex / product / side-product / BBM II isomerase / histidine biosynthesis / HisA
機能・相同性
機能・相同性情報


1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / chloroplast / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
His6-like, eukaryotic-type / Histidine biosynthesis, HisA-like / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GUO / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase HISN3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Witek, W. / Imiolczyk, B. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSonata 2018/31/D/NZ1/03630 ポーランド
引用ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2024
タイトル: Structural, kinetic, and evolutionary peculiarities of HISN3, a plant 5'-ProFAR isomerase.
著者: Witek, W. / Imiolczyk, B. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3464
ポリマ－29,7111
非ポリマー6363
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.301, 91.301, 35.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase, chloroplastic / 5-proFAR isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase


分子量: 29710.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nt42, D57N
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11441829, MTR_2g015010, MtrunA17_Chr2g0283151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G7IFI7, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物 ChemComp-GUO / [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 1-(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)-5-[[[(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)アミノ]メチレ(以下略)


分子量: 577.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N5O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 15% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→80 Å / Num. obs: 12535 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 39.94 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル解像度: 2.36→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 1978 / CC1/2: 0.842 / Rrim(I) all: 1.024

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→32.28 Å / SU ML: 0.3863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.2882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 1000 7.99 %
Rwork0.2238 11522 -
obs0.2265 12522 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→32.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 39 4 2067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82122838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1449757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.480.44081400.36671617X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.640.35241410.32091623X-RAY DIFFRACTION99.89
2.64-2.840.3191420.29811635X-RAY DIFFRACTION99.78
2.84-3.120.321410.28771620X-RAY DIFFRACTION99.77
3.13-3.580.26191430.22971651X-RAY DIFFRACTION99.89
3.58-4.50.22431450.17461659X-RAY DIFFRACTION99.72
4.51-32.280.18951480.16931717X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25180277944-0.459039391784-1.212009619830.475950117870.1209981238941.88788112894-0.316892396395-0.00460569458270.0715532829975-0.2003451742280.04671940311340.0369368470826-0.213217313876-0.1244775047210.2947575846770.350677680003-0.0170984623768-0.1118927678180.2226748906270.07444821530630.51308238587816.809593609919.5722726122-3.78967765746
20.8662209479090.1172646923930.2482967712851.055139549140.2295580667151.23327383576-0.04356559120740.02696113000330.1741387608060.000136187632307-0.0882664869996-0.085167966455-0.153669665139-0.0008607117960660.0665307968330.396574100176-0.0301204731229-0.1529414561160.3649209106450.1390065993060.58379284794416.814042866426.5773552046-0.376107121743
33.615742745361.477329089994.760203931872.21382346713.134088072477.550215814240.3015429990120.92865173671-0.3313624564320.597339550442-0.270124964649-0.1648073590471.120804117410.892838166076-0.2478090489250.3977978191550.0496539504918-0.1437778421090.5092868320260.22530306410.59838954216633.006873208112.9481956164.08411638538
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 42 through 83 )42 - 831 - 36
22chain 'A' and (resid 84 through 296 )84 - 29637 - 249
33chain 'A' and (resid 297 through 312 )297 - 312250 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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