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- PDB-9fc2: The crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fc2
タイトルThe crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with the neutralizing nanobody 4.
要素
  • Nanobody 4
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / coronavirus / COVID-19 / RBD / SARS-CoV-2 / spike / nanobodies / neutralization / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Casasnovas, J.M. / Fernandez, L.A. / Silva, K.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)202020E079 スペイン
引用
ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Integrating immune library probing with structure-based computational design to develop potent neutralizing nanobodies against emerging SARS-CoV-2 variants.
著者: Cerdan, L. / Silva, K. / Rodriguez-Martin, D. / Perez, P. / Noriega, M.A. / Esteban Martin, A. / Gutierrez-Adan, A. / Margolles, Y. / Corbera, J.A. / Martin-Acebes, M.A. / Garcia-Arriaza, J. ...著者: Cerdan, L. / Silva, K. / Rodriguez-Martin, D. / Perez, P. / Noriega, M.A. / Esteban Martin, A. / Gutierrez-Adan, A. / Margolles, Y. / Corbera, J.A. / Martin-Acebes, M.A. / Garcia-Arriaza, J. / Fernandez-Recio, J. / Fernandez, L.A. / Casasnovas, J.M.
#1: ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Nanobodies Protecting From Lethal SARS-CoV-2 Infection Target Receptor Binding Epitopes Preserved in Virus Variants Other Than Omicron.
著者: José M Casasnovas / Yago Margolles / María A Noriega / María Guzmán / Rocío Arranz / Roberto Melero / Mercedes Casanova / Juan Alberto Corbera / Nereida Jiménez-de-Oya / Pablo ...著者: José M Casasnovas / Yago Margolles / María A Noriega / María Guzmán / Rocío Arranz / Roberto Melero / Mercedes Casanova / Juan Alberto Corbera / Nereida Jiménez-de-Oya / Pablo Gastaminza / Urtzi Garaigorta / Juan Carlos Saiz / Miguel Ángel Martín-Acebes / Luis Ángel Fernández /
要旨: The emergence of SARS-CoV-2 variants that escape from immune neutralization are challenging vaccines and antibodies developed to stop the COVID-19 pandemic. Thus, it is important to establish ...The emergence of SARS-CoV-2 variants that escape from immune neutralization are challenging vaccines and antibodies developed to stop the COVID-19 pandemic. Thus, it is important to establish therapeutics directed toward multiple or specific SARS-CoV-2 variants. The envelope spike (S) glycoprotein of SARS-CoV-2 is the key target of neutralizing antibodies (Abs). We selected a panel of nine nanobodies (Nbs) from dromedary camels immunized with the receptor-binding domain (RBD) of the S, and engineered Nb fusions as humanized heavy chain Abs (hcAbs). Nbs and derived hcAbs bound with subnanomolar or picomolar affinities to the S and its RBD, and S-binding cross-competition clustered them in two different groups. Most of the hcAbs hindered RBD binding to its human ACE2 (hACE2) receptor, blocked cell entry of viruses pseudotyped with the S protein and neutralized SARS-CoV-2 infection in cell cultures. Four potent neutralizing hcAbs prevented the progression to lethal SARS-CoV-2 infection in hACE2-transgenic mice, demonstrating their therapeutic potential. Cryo-electron microscopy identified Nb binding epitopes in and out the receptor binding motif (RBM), and showed different ways to prevent virus binding to its cell entry receptor. The Nb binding modes were consistent with its recognition of SARS-CoV-2 RBD variants; mono and bispecific hcAbs efficiently bound all variants of concern except omicron, which emphasized the immune escape capacity of this latest variant.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Nanobody 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9006
ポリマ－36,4962
非ポリマー4044
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.664, 97.664, 64.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23158.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pBJ5-GS / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): CHO Lec. 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Nanobody 4


分子量: 13337.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
プラスミド: Flag-MCS-pcDNA3.1 / Cell (発現宿主): epithelial / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Embryo
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 367分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: Monoclinic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 22,5 % PEG 8000, 100mM NaAc pH 4.5, 200mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→48.832 Å / Num. obs: 103166 / % possible obs: 97.22 % / 冗長度: 9.89 % / Biso Wilson estimate: 14.87 Å2 / CC1/2: 0.9996 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 22.245
反射 シェル解像度: 1.21→1.231 Å / 冗長度: 8.33 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.212 / Num. unique obs: 5301 / CC1/2: 0.8234 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.868 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.21→42.29 Å / SU ML: 0.1225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.8112
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1696 5193 5.03 %
Rwork0.1525 97971 -
obs0.1534 103164 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→42.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2439 0 26 364 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01152679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21593670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1015397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9675403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.220.25171810.21673336X-RAY DIFFRACTION100
1.22-1.240.2911770.21093367X-RAY DIFFRACTION100
1.24-1.250.25711570.20672913X-RAY DIFFRACTION95.76
1.26-1.270.2604690.1871951X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.290.211660.1783369X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.30.18311800.16343322X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.320.20551450.15723375X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.340.18982110.14673325X-RAY DIFFRACTION100
1.34-1.360.17821770.15393333X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.390.21141500.15243337X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.410.19361780.14363391X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.440.17661820.14763348X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.460.17131730.14653367X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.490.1831840.14113330X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.530.16631710.14733349X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.560.15521850.1383349X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.60.17511930.13213343X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.640.1681860.13573342X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.690.17461950.13683340X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.750.17061810.14123372X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.810.17391660.14223355X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.880.17511860.14613353X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.970.17191700.14863354X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.070.15671880.13913360X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.20.16271790.14723362X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.370.15641590.15453401X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.610.17331650.16293391X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.980.17931760.16183382X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.760.16231870.15893404X-RAY DIFFRACTION100
3.76-42.290.15261760.14953450X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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