PDB-9fbx: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(1-benzyl-4-chloro-1H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbx

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(1-benzyl-4-chloro-1H-imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / BET / BROMODOMAIN / INHIBITOR / EPIGENETIC

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Chung, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure- and Property-Based Optimization of Efficient Pan-Bromodomain and Extra Terminal Inhibitors to Identify Oral and Intravenous Candidate I-BET787.
著者: Hirst, D.J. / Bamborough, P. / Al-Mahdi, N. / Angell, D.C. / Barnett, H.A. / Baxter, A. / Bit, R.A. / Brown, J.A. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Davis, R.P. / Demont, E.H. / Ferrie, A. / ...

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbx.cif.gz	84.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fbx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fbx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9fbx_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	9fbx_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fbyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: fluorescence resonance energy transfer

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.755, 52.427, 31.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-769- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-A1IBV / 5-(1-benzyl-4-chloro-1H-imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 分子量: 313.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆ClN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→29.2 Å / Num. obs: 15367 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.013 / Net I/σ(I): 52.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Mean I/σ(I) obs: 21.7 / Num. unique obs: 1741 / CC_1/2: 0.984 / % possible all: 75.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.602→29.182 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.387 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	730	4.772 %
R_work	0.1501	14566	-
all	0.151	-	-
obs	-	15296	92.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.118 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.037 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.155 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→29.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	926	0	54	197	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.991	1.681	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.371	1.619	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.756	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.411	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.125	10	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.064	10	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.076	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.071	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.064	1.643	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.034	1.641	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.878	4.388	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.885	4.402	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.391	1.959	567
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.39	1.96	568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.372	5.078	797
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.37	5.078	798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.475	18.295	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.473	18.292	1294

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.602-1.644	0.215	36	0.15	739	0.153	1174	0.969	0.985	66.0136	0.13
1.644-1.689	0.203	46	0.15	910	0.153	1185	0.977	0.985	80.6751	0.133
1.689-1.738	0.157	44	0.146	1004	0.147	1099	0.985	0.986	95.3594	0.127
1.738-1.791	0.157	61	0.141	998	0.142	1115	0.984	0.987	94.9776	0.123
1.791-1.849	0.155	41	0.147	1004	0.147	1061	0.987	0.986	98.492	0.133
1.849-1.914	0.158	40	0.15	948	0.15	1026	0.984	0.986	96.2963	0.137
1.914-1.986	0.193	40	0.147	934	0.149	1004	0.977	0.986	97.012	0.139
1.986-2.067	0.186	42	0.14	890	0.142	962	0.978	0.987	96.8815	0.135
2.067-2.158	0.157	35	0.133	856	0.134	919	0.987	0.989	96.9532	0.133
2.158-2.263	0.203	45	0.138	831	0.141	897	0.978	0.988	97.6589	0.139
2.263-2.384	0.211	26	0.132	788	0.135	841	0.967	0.988	96.7895	0.138
2.384-2.528	0.176	42	0.144	736	0.145	800	0.98	0.987	97.25	0.156
2.528-2.701	0.141	44	0.144	700	0.143	763	0.987	0.987	97.5098	0.153
2.701-2.915	0.158	35	0.153	673	0.153	725	0.984	0.985	97.6552	0.167
2.915-3.19	0.222	32	0.15	606	0.153	654	0.972	0.985	97.5535	0.169
3.19-3.562	0.184	37	0.142	546	0.145	605	0.976	0.987	96.3636	0.163
3.562-4.102	0.139	29	0.156	478	0.155	537	0.985	0.985	94.4134	0.192
4.102-5	0.164	20	0.167	411	0.167	459	0.985	0.981	93.8998	0.2
5-6.969	0.178	26	0.213	326	0.21	375	0.986	0.972	93.8667	0.259
6.969-29.182	0.236	9	0.226	188	0.226	242	0.959	0.96	81.405	0.271

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.7929 Å / Origin y: 10.0262 Å / Origin z: 0.6249 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0085 Å²	0.0021 Å²	0.004 Å²	-	0.0023 Å²	0.0011 Å²	-	-	0.0024 Å²
L	0.7558 °²	0.1428 °²	0.1351 °²	-	0.3543 °²	0.0642 °²	-	-	0.0619 °²
S	0.0219 Å °	0.0248 Å °	-0.0026 Å °	0.0161 Å °	-0.0123 Å °	-0.0029 Å °	-0.0103 Å °	-0.0019 Å °	-0.0096 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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