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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fbv | ||||||
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タイトル | 70S Escherichia coli ribosome with P-site initiatior tRNA. | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 70S / Initiation / fMet | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Koller, T.O. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Paenilamicins from the honey bee pathogen are context-specific translocation inhibitors of protein synthesis. 著者: Timm O Koller / Max J Berger / Martino Morici / Helge Paternoga / Timur Bulatov / Adriana Di Stasi / Tam Dang / Andi Mainz / Karoline Raulf / Caillan Crowe-McAuliffe / Marco Scocchi / Mario ...著者: Timm O Koller / Max J Berger / Martino Morici / Helge Paternoga / Timur Bulatov / Adriana Di Stasi / Tam Dang / Andi Mainz / Karoline Raulf / Caillan Crowe-McAuliffe / Marco Scocchi / Mario Mardirossian / Bertrand Beckert / Nora Vázquez-Laslop / Alexander Mankin / Roderich D Süssmuth / Daniel N Wilson / 要旨: The paenilamicins are a group of hybrid non-ribosomal peptide-polyketide compounds produced by the honey bee pathogen that display activity against Gram-positive pathogens, such as . While ...The paenilamicins are a group of hybrid non-ribosomal peptide-polyketide compounds produced by the honey bee pathogen that display activity against Gram-positive pathogens, such as . While paenilamicins have been shown to inhibit protein synthesis, their mechanism of action has remained unclear. Here, we have determined structures of the paenilamicin PamB2 stalled ribosomes, revealing a unique binding site on the small 30S subunit located between the A- and P-site tRNAs. In addition to providing a precise description of interactions of PamB2 with the ribosome, the structures also rationalize the resistance mechanisms utilized by . We could further demonstrate that PamB2 interferes with the translocation of mRNA and tRNAs through the ribosome during translation elongation, and that this inhibitory activity is influenced by the presence of modifications at position 37 of the A-site tRNA. Collectively, our study defines the paenilamicins as a new class of context-specific translocation inhibitors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fbv.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fbv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9fbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fbv_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fbv_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fbv_validation.xml.gz | 212.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fbv_validation.cif.gz | 372.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50296MC 8r6cC 8r8mC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.6019/EMPIAR-12080 / データの種類: EMPIAR |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Large ribosomal subunit protein ... , 27種, 27分子 0123cdefghilmnopqrstvwxyz4j
-RNA鎖 , 5種, 5分子 baXAZ
#5: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627 |
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#30: RNA鎖 | 分子量: 941505.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) |
#45: RNA鎖 | 分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) |
#53: RNA鎖 | 分子量: 497348.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1789840096 |
#54: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627 |
-50S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 ku
#13: タンパク質 | 分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413 |
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#23: タンパク質 | 分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919 |
-30S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 BFPTG
#32: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#40: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#43: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#47: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
-Small ribosomal subunit protein ... , 15種, 15分子 DEHKLOQRUCIJMNS
#33: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
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#34: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#36: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#37: タンパク質 | 分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#38: タンパク質 | 分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#39: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#41: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#42: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#44: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
#46: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
#48: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#49: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#50: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#51: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#52: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
-非ポリマー , 4種, 350分子
#55: 化合物 | #56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | #58: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli 70S Initiation complex with P-site initiator tRNA fMet タイプ: RIBOSOME 詳細: Escherichia coli 70S Initiation complex with P-site initiator tRNA fMet Entity ID: #1-#35, #37-#54 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 8 OD/mL of Ribosome |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0425 / カテゴリ: モデル精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84771 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7K00 Accession code: 7K00 / 詳細: Ribosome (ribosomal proteins and ribosomal RNA) / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.4→281.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.747 / SU B: 8.634 / SU ML: 0.179 / ESU R: 0.207 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.805 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 140097 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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