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- PDB-9fbo: Deletion mutant of chitinase MmChi60 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fbo
タイトルDeletion mutant of chitinase MmChi60
要素Chitinase 60
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Psychrophilic / Deletion mutant / Protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II ...Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Moritella marina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Rypniewski, W.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2017/27/B/NZ1/02201 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a psychrophilic chitinase
著者: Malecki, P.H. / Bejger, M. / Rypniewski, W.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年10月22日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
解説: Sequence discrepancy
詳細: The present structure is a deletion mutant with 82 residues missing. An offset of 82 was added to residues 423-468, chains A and B, for consistency with the native structure of this protein. ...詳細: The present structure is a deletion mutant with 82 residues missing. An offset of 82 was added to residues 423-468, chains A and B, for consistency with the native structure of this protein. In addition, an error in sequence was corrected: residue 153, chain B, now is Glu, not Gln.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase 60
B: Chitinase 60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6884
ポリマ－99,4692
非ポリマー2182
水1448
1
A: Chitinase 60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9533
ポリマ－49,7351
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitinase 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7351
ポリマ－49,7351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)225.739, 225.739, 65.311
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Chitinase 60


分子量: 49734.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chitinase MmCHi60 with one Ig-like domain missing. / 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: chitinase
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, a mix of monosaccharides: 20 mM of each: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine and 0.1 M MES/imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月19日 / 詳細: Focussing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→66 Å / Num. obs: 34425 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.68→2.84 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 5271 / CC1/2: 0.929 / Rrim(I) all: 0.926 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→65.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1000 -
Rwork0.194 --
obs-34249 99.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 115.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.548 Å21.274 Å20 Å2
2--2.548 Å20 Å2
3----8.265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→65.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7026 0 13 8 7047
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.689 -
Rwork0.591 -
obs-93.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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