PDB-9fbo: Deletion mutant of chitinase MmChi60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbo

タイトル

Deletion mutant of chitinase MmChi60

要素

(Chitinase 60) x 2

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / Psychrophilic / Deletion mutant / Protein engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

endochitinase activity / chitinase / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Rypniewski, W.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing the structure and thermodynamics of a psychrophilic chitinase
著者: Malecki, P.H. / Bejger, M. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbo.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbo.ent.gz	148.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fbo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fbo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9fbo_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	9fbo_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fbpC 9fbqC 9fbrC 9fbsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase 60

B: Chitinase 60

ヘテロ分子

99.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitinase 60

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitinase 60

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	225.739, 225.739, 65.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Chitinase 60 分子量: 49734.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chitinase MmCHi60 with one Ig-like domain missing.,Chitinase MmCHi60 with one Ig-like domain missing. 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: タンパク質	Chitinase 60 分子量: 49733.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Deletion mutant of MmChi60 with one Ig-like domain missing,Deletion mutant of MmChi60 with one Ig-like domain missing 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 株: MP-1 / 遺伝子: chi60 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, a mix of monosaccharides: 20 mM of each: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine and 0.1 M MES/imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月19日 / 詳細: Focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→66 Å / Num. obs: 34425 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.68→2.84 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 5271 / CC_1/2: 0.929 / R_rim(I) all: 0.926 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→65.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 20.036 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.624 / ESU R Free: 0.316 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	1000	2.92 %
R_work	0.1941	33249	-
all	0.196	-	-
obs	-	34249	99.333 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.581 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.548 Å²	1.274 Å²	-0 Å²
2-	-	2.548 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.265 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→65.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7026	0	13	8	7047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7218
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.784	9862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.586	1.758	14894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.36	5	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.337	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.882	10	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.971	10	366
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	7045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.3	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.29	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.996	11.442	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.99	11.442	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.985	20.534	4454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	15.989	20.533	4455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.839	11.91	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.813	11.907	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.163	21.679	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.162	21.678	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.65	109.557	8354
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	20.649	109.555	8355

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.69-2.759	0.689	69	0.591	2307	0.594	2551	0.865	0.875	93.1399	0.61
2.759-2.835	0.344	72	0.38	2405	0.379	2486	0.906	0.909	99.638	0.344
2.835-2.917	0.352	70	0.38	2324	0.379	2401	0.927	0.914	99.7085	0.348
2.917-3.007	0.346	68	0.324	2274	0.325	2347	0.911	0.928	99.787	0.271
3.007-3.105	0.29	67	0.295	2208	0.295	2280	0.942	0.939	99.7807	0.255
3.105-3.214	0.37	64	0.289	2141	0.291	2209	0.914	0.944	99.8189	0.243
3.214-3.335	0.377	62	0.261	2043	0.264	2107	0.898	0.949	99.9051	0.221
3.335-3.47	0.344	60	0.233	1989	0.236	2054	0.924	0.968	99.7566	0.208
3.47-3.624	0.248	57	0.226	1910	0.226	1969	0.964	0.975	99.8984	0.209
3.624-3.801	0.261	54	0.196	1804	0.198	1859	0.962	0.981	99.9462	0.182
3.801-4.005	0.238	52	0.172	1727	0.174	1781	0.964	0.983	99.8877	0.162
4.005-4.247	0.193	49	0.157	1629	0.159	1679	0.974	0.985	99.9404	0.149
4.247-4.539	0.224	46	0.147	1536	0.149	1584	0.968	0.986	99.8737	0.142
4.539-4.901	0.248	44	0.143	1442	0.146	1488	0.973	0.987	99.8656	0.144
4.901-5.366	0.201	39	0.146	1301	0.148	1340	0.974	0.988	100	0.148
5.366-5.994	0.244	36	0.171	1189	0.173	1227	0.961	0.983	99.837	0.174
5.994-6.911	0.301	31	0.194	1055	0.197	1086	0.952	0.98	100	0.2
6.911-8.441	0.285	27	0.157	886	0.16	914	0.961	0.985	99.8906	0.176
8.441-11.839	0.15	21	0.119	691	0.12	713	0.987	0.992	99.8597	0.14
11.839-65.165	0.129	12	0.177	388	0.176	403	0.993	0.975	99.2556	0.203

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関連情報:EMDBヘッダ

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