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- PDB-9fbe: 3-keto-glycoside eliminase/hydratase in komplex with 2-hydroxy-3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fbe
タイトル3-keto-glycoside eliminase/hydratase in komplex with 2-hydroxy-3-keto-glucal
要素Probable secreted glycosyl hydrolase
キーワードLYASE / Product Complex
機能・相同性alpha-3'-ketoglucosidase / 3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-alpha-glucoside-1,2-lyase-like domain / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / : / alpha-D-glucopyranose / 3-keto-disaccharide hydrolase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Pfeiffer, M. / Kastner, K. / Oberdorfer, G. / Nidetzky, B.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 3-keto-glycoside eliminase/hydratase in komplex with alpha-3-keto-glucose
著者: Pfeiffer, M. / Oberdorfer, G. / Nidetzky, B. / Kastner, K.
履歴
登録2024年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable secreted glycosyl hydrolase
A: Probable secreted glycosyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3559
ポリマ－61,6502
非ポリマー7057
水9,584532
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, a monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.348, 80.926, 103.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 BA

#1: タンパク質 Probable secreted glycosyl hydrolase


分子量: 30825.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_2157
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A5T1
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 538分子

#2: 化合物 ChemComp-A1IBU / 2-hydroxy-3-keto-glucal / (2~{R},3~{R})-2-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)-2,3-dihydropyran-4-one


分子量: 160.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 32% v/v pentaerythritol ethoxylate 15/4, 6% w/v polyvinylpirolidone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→40.46 Å / Num. obs: 48829 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 33.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1595 / Rrim(I) all: 0.1656 / Net I/σ(I): 11.79
反射 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / Num. unique obs: 4787 / CC1/2: 0.534

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→40.46 Å / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8977
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2507 5.14 %
Rwork0.1698 46297 -
obs0.1721 48804 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→40.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4024 0 44 532 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01364180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27075657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0824578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.61981506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.970.33941290.30032512X-RAY DIFFRACTION98.77
1.97-2.010.29561110.26492577X-RAY DIFFRACTION99.89
2.01-2.050.28381540.23982518X-RAY DIFFRACTION99.89
2.05-2.10.26141190.21842540X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.25731220.21712550X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.210.25781420.20932564X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.280.24811300.1992554X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.350.2431210.19582572X-RAY DIFFRACTION99.96
2.35-2.440.24891270.19562573X-RAY DIFFRACTION99.89
2.44-2.530.24821440.18592569X-RAY DIFFRACTION99.93
2.53-2.650.26391600.18332524X-RAY DIFFRACTION99.78
2.65-2.790.23031470.19322557X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-2.960.30251540.18912549X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.190.22821480.18122580X-RAY DIFFRACTION99.56
3.19-3.510.20281440.16182562X-RAY DIFFRACTION99.08
3.51-4.020.16721360.13412622X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.060.15691550.11992633X-RAY DIFFRACTION100
5.06-40.460.17041640.15782741X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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