PDB-9fbd: Crystal structure of 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from Ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fbd

タイトル

Crystal structure of 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase from Thermus thermophilus HB27 complexed to NAD+

要素

3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD binding / butyrate metabolic process / cellular catabolic process / Fatty acid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hurtado-Guerrero, R. / Macias-Leon, J. / Gines-Alcober, I. / Gonzalez-Ramirez, A.M.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Loop engineering of enzymes to control their immobilization and ultimately fabricate more efficient heterogeneous biocatalysts.
著者: Zeballos, N. / Gines-Alcober, I. / Macias-Leon, J. / Andres-Sanz, D. / Gonzalez-Ramirez, A.M. / Sanchez-Costa, M. / Merino, P. / Hurtado-Guerrero, R. / Lopez-Gallego, F.

履歴

登録	2024年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fbd.cif.gz	351.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fbd.ent.gz	288.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/9fbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

B: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

C: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

D: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

E: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

F: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Hexameric structure

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.202, 148.289, 97.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	2 - 288
2	1	B	2 - 288
1	2	A	2 - 288
2	2	C	2 - 288
1	3	A	2 - 288
2	3	D	2 - 288
1	4	A	2 - 290
2	4	E	2 - 290
1	5	A	2 - 290
2	5	F	2 - 290
1	6	B	2 - 289
2	6	C	2 - 289
1	7	B	2 - 289
2	7	D	2 - 289
1	8	B	2 - 288
2	8	E	2 - 288
1	9	B	2 - 288
2	9	F	2 - 288
1	10	C	2 - 289
2	10	D	2 - 289
1	11	C	2 - 288
2	11	E	2 - 288
1	12	C	2 - 288
2	12	F	2 - 288
1	13	D	2 - 288
2	13	E	2 - 288
1	14	D	2 - 288
2	14	F	2 - 288
1	15	E	2 - 290
2	15	F	2 - 290

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase 分子量: 31820.857 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: MEVKRIGVVGAGQMGSGIAQVAASAGYEVVLVDVAESFLERGLAAIRRSLGKFLEKGKIT QEAHDEALGRIRTSLSLEDLKDADLIVEAIVEDEGEKRRLFERLGALAKPEAILASNTSS IPITALARYSGRPERFIGMHFFNPVPLMQLVEVIRGELTSEATRDVVVEVARRMGKTPLE ...詳細: MEVKRIGVVGAGQMGSGIAQVAASAGYEVVLVDVAESFLERGLAAIRRSLGKFLEKGKIT QEAHDEALGRIRTSLSLEDLKDADLIVEAIVEDEGEKRRLFERLGALAKPEAILASNTSS IPITALARYSGRPERFIGMHFFNPVPLMQLVEVIRGELTSEATRDVVVEVARRMGKTPLE VQDYPGFISNRLLMPMINEAIEALREGVATKEAIDGIMRLGMNHPMGPLELADFIGLDTC LAIMEVLHRGFGDDKYRPSPLLRRMVQAGLLGRKAGRGFYTYDEKGNKVG 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) 遺伝子: TT_C0898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72J81, 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: LiNaK Buffer System 5 pH = 7.5 Precipitant Mix 5, both the Buffer System 5 and the Precipitant Mix 5 are available at Molecular Dimensions website

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 212528 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 30901 / CC_1/2: 0.459 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.711 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22601	8537	4 %	RANDOM
R_work	0.19959	-	-	-
obs	0.20066	203949	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.05 Å²	0 Å²	1.7 Å²
2-	-	-3.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13301	0	264	699	14264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	13791
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.647	18604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.333	1.579	31296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.159	5	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.523	20.216	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.239	15	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.689	15	151
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.188	5.154	6922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.187	5.154	6920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.441	7.713	8640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.441	7.713	8640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.377	5.78	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.377	5.781	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.931	8.425	9964
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.414	60.83	14917
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.419	60.702	14819
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9140	0.06
1	2	B	9140	0.06
2	1	A	9139	0.06
2	2	C	9139	0.06
3	1	A	9186	0.05
3	2	D	9186	0.05
4	1	A	9157	0.06
4	2	E	9157	0.06
5	1	A	9146	0.06
5	2	F	9146	0.06
6	1	B	9159	0.06
6	2	C	9159	0.06
7	1	B	9167	0.06
7	2	D	9167	0.06
8	1	B	9137	0.07
8	2	E	9137	0.07
9	1	B	9077	0.07
9	2	F	9077	0.07
10	1	C	9174	0.05
10	2	D	9174	0.05
11	1	C	9147	0.06
11	2	E	9147	0.06
12	1	C	9106	0.06
12	2	F	9106	0.06
13	1	D	9198	0.05
13	2	E	9198	0.05
14	1	D	9146	0.05
14	2	F	9146	0.05
15	1	E	9213	0.06
15	2	F	9213	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	637	-
R_work	0.385	15025	-
obs	-	-	99.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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