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- PDB-9fb8: XChem refined PIF1-x0076 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fb8
タイトルXChem refined PIF1-x0076 complex
要素ATP-dependent DNA helicase PIF1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helicase / inhibitor / Complex / XChem
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA-RNA complex disassembly / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / telomerase inhibitor activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / single-stranded DNA helicase activity / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / mitochondrial nucleoid / Telomere Extension By Telomerase ...protein-DNA-RNA complex disassembly / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / telomerase inhibitor activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / single-stranded DNA helicase activity / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / mitochondrial nucleoid / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA repair / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA helicase Pif1, 2B domain / : / DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / N-[4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)phenyl]acetamide / ATP-dependent DNA helicase PIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.727 Å
データ登録者Bax, B.D. / Antson, A.A. / Sanders, C.M. / Brandao-Neto, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light SourceLB19204 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structure-based discovery of first inhibitors targeting the helicase activity of human PIF1.
著者: Wever, M.J.A. / Scommegna, F.R. / Egea-Rodriguez, S. / Dehghani-Tafti, S. / Brandao-Neto, J. / Poisson, J.F. / Helfrich, I. / Antson, A.A. / Rodeschini, V. / Bax, B. / Roche, D. / Sanders, C.M.
履歴
登録2024年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6466
ポリマ－45,5711
非ポリマー1,0755
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.600, 143.714, 77.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1257-

HOH

21A-1263-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase PIF1 / DNA repair and recombination helicase PIF1 / PIF1/RRM3 DNA helicase-like protein


分子量: 45570.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIF1, C15orf20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H611, DNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-O0J / N-[4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)phenyl]acetamide


分子量: 233.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: XChem 0.045uls compound (0.5M) in DMSO echo dispensed into crystal drop Drop = 0.3uls protein + 0.3us well +0.001uls seeds. Protein = 25uls 30mgs/ml human PIF1 (206-620) in 10mM Tris pH 7.5, ...詳細: XChem 0.045uls compound (0.5M) in DMSO echo dispensed into crystal drop Drop = 0.3uls protein + 0.3us well +0.001uls seeds. Protein = 25uls 30mgs/ml human PIF1 (206-620) in 10mM Tris pH 7.5, 175mM NaCl, 2%glycerol, 5mM DTT, 0.1mM PMSF + 21uls 10mM Tris, 2.7uls 0.2M MgCl2, 5uls 100mM AMPPNP + 27uls H2O. Well = 4% Glycerol, 27% PEG 2KMME, 0.1M NaAcetate, 0.1M Tris pH8.5. Set up on douglas instruments robot - tray on ice - set-up room temperature - crystallised 4 degrees C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.727→27.83 Å / Num. obs: 43220 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / Num. unique obs: 3023 / CC1/2: 0.866

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.727→27.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.891 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 2134 4.94 %
Rwork0.1734 41061 -
all0.175 --
obs-43195 99.617 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.208 Å20 Å2-0 Å2
2--0.903 Å20 Å2
3---1.304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.727→27.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3150 0 68 373 3591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.8174578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6415438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.5916.36444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33510558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.62210140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1650.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.140.255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4792.7311710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3314.8992150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1313.171652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0155.6222424
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.67735.51714425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.727-1.7720.2861590.2782888X-RAY DIFFRACTION96.1199
1.772-1.820.311590.2482882X-RAY DIFFRACTION99.9671
1.82-1.8730.2731480.222869X-RAY DIFFRACTION100
1.873-1.930.2591430.2162774X-RAY DIFFRACTION99.8973
1.93-1.9930.2531460.1972682X-RAY DIFFRACTION99.9647
1.993-2.0620.2141300.1772601X-RAY DIFFRACTION100
2.062-2.140.2671240.1782502X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.2270.1931200.1672428X-RAY DIFFRACTION100
2.227-2.3250.1971210.1692341X-RAY DIFFRACTION99.9594
2.325-2.4380.245960.1832240X-RAY DIFFRACTION100
2.438-2.5680.2341110.1842107X-RAY DIFFRACTION100
2.568-2.7230.2221040.1822028X-RAY DIFFRACTION100
2.723-2.9090.2141050.1771872X-RAY DIFFRACTION99.9494
2.909-3.1390.2181040.1751774X-RAY DIFFRACTION100
3.139-3.4340.221830.1631628X-RAY DIFFRACTION99.8832
3.434-3.8320.161770.1571494X-RAY DIFFRACTION99.6827
3.832-4.4110.169730.131326X-RAY DIFFRACTION100
4.411-5.3690.184670.1451136X-RAY DIFFRACTION100
5.369-7.4560.239480.184909X-RAY DIFFRACTION99.8956
7.456-27.830.13160.177580X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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