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- PDB-9fb3: Human Aldose Reductase in Complex with a Covalent Ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fb3
タイトルHuman Aldose Reductase in Complex with a Covalent Ligand
要素aldose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / human Aldose Reductase / hAR / Aldo-keto-reductase / covalent fragment / nadp+ / diabetes / covalent binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / C21-steroid hormone biosynthetic process / NADP-retinol dehydrogenase / Pregnenolone biosynthesis ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / C21-steroid hormone biosynthetic process / NADP-retinol dehydrogenase / Pregnenolone biosynthesis / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / metanephric collecting duct development / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity / epithelial cell maturation / cellular hyperosmotic salinity response / retinoid metabolic process / renal water homeostasis / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PG6 / Aldo-keto reductase family 1 member B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Klee, L.-S. / Heine, A. / Glinca, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Aldose Reductase in Complex with a Covalent Ligand
著者: Klee, L.-S. / Heine, A. / Glinca, S.
履歴
登録2024年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aldose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5159
ポリマ－35,8981
非ポリマー1,6178
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.028, 68.070, 49.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.621, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 aldose reductase


分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase

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非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物 ChemComp-A1IB0 / ethyl 3-ethanoylbicyclo[1.1.1]pentane-1-carboxylate


分子量: 216.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50 mM Di-Ammoniumhydrogen citrate pH 5: 15 mg/mL hAR, 5.2 mg/mL DTT, 0.7 mg/mL NADP+, 5% (w/v) PEG 6000 Soaking: SmartSoak(R) from CrystalsFirst

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→46.94 Å / Num. obs: 70612 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.33→1.41 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 11283 / CC1/2: 0.89 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→23.68 Å / SU ML: 0.0912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.5712
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1594 3530 5 %
Rwork0.13 67072 -
obs0.1315 70602 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→23.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2353 0 99 182 2634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01983517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6254980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.33-1.350.21151360.17682581X-RAY DIFFRACTION96.9
1.35-1.370.19531400.16712652X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.390.1681400.15522673X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.410.19691420.1492691X-RAY DIFFRACTION99.96
1.41-1.440.19431400.14022667X-RAY DIFFRACTION99.96
1.44-1.460.14731410.132684X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.490.15461400.12282660X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.520.16441420.11752685X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.550.15171410.11522691X-RAY DIFFRACTION99.96
1.55-1.580.14111420.10852695X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.620.1351400.10422659X-RAY DIFFRACTION99.96
1.62-1.660.15461410.10342672X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.70.16861420.1072710X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.14141410.10442663X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.810.13421410.10492688X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.870.13741420.10662692X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.950.13951400.1052661X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.040.12381420.10562709X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.150.13011420.10862695X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.280.14451410.10982666X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.460.14421420.11532702X-RAY DIFFRACTION99.96
2.46-2.70.13031420.12652699X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.090.15811420.1332705X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.890.18141430.14162713X-RAY DIFFRACTION99.86
3.89-23.680.19481450.16982759X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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