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- PDB-9fb1: Crystal structure of Rv2242 regulator N-terminal fragment (1-160) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fb1
タイトルCrystal structure of Rv2242 regulator N-terminal fragment (1-160)
要素Uncharacterized protein Rv2242
キーワードTRANSCRIPTION / NONHEME GLOBIN SENSOR DOMAIN / PUCR FAMILY / TUBERCULOSIS / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性CdaR, GGDEF-like domain / GGDEF-like domain / PucR C-terminal helix-turn-helix domain / PucR C-terminal helix-turn-helix domain superfamily / : / PucR C-terminal helix-turn-helix domain / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / Uncharacterized protein Rv2242
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Megalizzi, V. / Tanina, A. / Grosse, C. / Mirgaux, M. / Legrand, P. / Dias Mirandela, G. / Wohlkonig, A. / Bifani, P. / Wintjens, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)CR40003580 ベルギー
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Domain architecture of the Mycobacterium tuberculosis MabR ( Rv2242 ), a member of the PucR transcription factor family.
著者: Megalizzi, V. / Tanina, A. / Grosse, C. / Mirgaux, M. / Legrand, P. / Dias Mirandela, G. / Wohlkonig, A. / Bifani, P. / Wintjens, R.
履歴
登録2024年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv2242
B: Uncharacterized protein Rv2242
C: Uncharacterized protein Rv2242
D: Uncharacterized protein Rv2242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6794
ポリマ－80,6794
非ポリマー00
水00
1
A: Uncharacterized protein Rv2242

A: Uncharacterized protein Rv2242


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Remark 350 in orthogonal coordinates REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL ...根拠: gel filtration, Remark 350 in orthogonal coordinates REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 2290 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 14660 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -21 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 IN ADDITION APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: D REMARK 350 BIOMT1 2 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 -1.000000 0.000000 0.000000 107.19000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 44.12825
  • 40.3 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3402
ポリマ－40,3402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area2470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein Rv2242

B: Uncharacterized protein Rv2242


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Remark 350 in orthogonal coordinates REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL ...根拠: gel filtration, Remark 350 in orthogonal coordinates REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 2150 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 16270 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -20 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 107.19000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 88.25650
  • 40.3 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3402
ポリマ－40,3402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
3
D: Uncharacterized protein Rv2242

C: Uncharacterized protein Rv2242


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Remark 350 in orthogonal coordinates REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL ...根拠: gel filtration, Remark 350 in orthogonal coordinates REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.52 [20/10/2014] REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 1880 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 15390 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -14 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: C REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000
  • 40.3 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3402
ポリマ－40,3402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_565-y,-x+1,-z+1/41
Buried area2340 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.190, 107.190, 176.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein Rv2242


分子量: 20169.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: Rv2242, MTCY427.23 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPH5
Has protein modificationN

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM NaBr, 100 mM Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% (w/w) PEG3350, temperature 293.15 K, vapor diffusion, hanging drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→57.57 Å / Num. obs: 10989 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 26.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.593→3.762 Å / Rmerge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 549 / CC1/2: 0.822 / Rrim(I) all: 1.66 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROC1.0.5データ削減
XDSVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.59→57.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 40.14 / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.822 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3249 535 4.9 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.2535 10454 87.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 423.38 Å2 / Biso mean: 161.346 Å2 / Biso min: 40.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.51 Å2-0 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.59→57.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4575 0 0 0 4575
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8321.8386336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3185580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.809544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.20910771
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it19.40915.7832332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it30.34328.3052908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it22.16116.4112321
LS精密化 シェル解像度: 3.593→3.686 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 20 -
Rwork0.247 251 -
all-271 -
obs--29.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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