PDB-9fao: Human Carbonic Anhydrase II in complex with 2-mercaptobenzoic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fao

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II in complex with 2-mercaptobenzoic acid

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / inhibitor / metalloenzyme / thiol / thioesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of dipeptide transmembrane transport / : / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.206 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Study of Chalcogen Aspirin Derivatives with Carbonic Anhydrase Inhibitory Properties for Treating Inflammatory Pain.
著者: Lucarini, E. / D'Antogiovanni, V. / Antonioli, L. / Ghelardini, C. / Di Cesare Mannelli, L. / Ferraroni, M. / Locuoco, M. / Capperucci, A. / Tanini, D. / Angeli, A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年12月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fao.cif.gz	130.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fao.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9faiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.370, 41.300, 72.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.366, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-JKE / 2-sulfanylbenzoic acid 分子量: 154.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.206→69.991 Å / Num. obs: 58672 / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 5.45 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 23.58
反射シェル	解像度: 1.21→1.24 Å / 冗長度: 1.65 % / R_merge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 679 / CC_1/2: 0.855 / R_rim(I) all: 0.339 / % possible all: 12.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.206→69.991 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 1.225 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1432	2879	4.907 %
R_work	0.1067	55792	-
all	0.108	-	-
obs	-	58671	78.525 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.504 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.431 Å²	0 Å²	-0.656 Å²
2-	-	1.374 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.206→69.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2053	0	15	341	2409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.042	1.639	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.544	1.589	4700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.85	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.771	23.929	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.554	15	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.982	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.286	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.467	1.283	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.585	1.277	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.867	1.926	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.989	1.932	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.354	1.65	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.352	1.65	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.322	2.323	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.321	2.323	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.934	17.441	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.731	16.538	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.58	3	4225

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.206-1.237	0.27	33	0.228	644	0.231	5488	0.937	0.923	12.336	0.222
1.237-1.271	0.201	55	0.194	1328	0.194	5332	0.945	0.935	25.9377	0.176
1.271-1.308	0.194	103	0.147	2002	0.149	5198	0.952	0.966	40.4963	0.129
1.308-1.348	0.196	140	0.14	2737	0.143	5094	0.951	0.97	56.4782	0.121
1.348-1.392	0.156	185	0.118	3338	0.12	4888	0.969	0.975	72.0745	0.1
1.392-1.441	0.158	216	0.106	3959	0.109	4749	0.97	0.978	87.9132	0.09
1.441-1.496	0.14	219	0.1	4345	0.102	4579	0.973	0.98	99.6724	0.086
1.496-1.557	0.131	231	0.088	4192	0.09	4424	0.976	0.983	99.9774	0.077
1.557-1.626	0.141	221	0.084	4007	0.087	4230	0.977	0.984	99.9527	0.076
1.626-1.705	0.127	211	0.082	3849	0.085	4062	0.98	0.986	99.9508	0.076
1.705-1.797	0.139	202	0.08	3668	0.083	3872	0.977	0.988	99.9483	0.077
1.797-1.906	0.124	159	0.089	3478	0.091	3638	0.98	0.986	99.9725	0.088
1.906-2.038	0.145	168	0.101	3263	0.103	3436	0.979	0.983	99.8545	0.103
2.038-2.201	0.142	175	0.102	3046	0.104	3223	0.978	0.984	99.9379	0.109
2.201-2.411	0.112	124	0.094	2813	0.094	2939	0.983	0.984	99.9319	0.103
2.411-2.695	0.138	129	0.097	2569	0.099	2698	0.979	0.985	100	0.11
2.695-3.111	0.137	114	0.111	2254	0.112	2369	0.977	0.982	99.9578	0.132
3.111-3.808	0.164	96	0.117	1910	0.119	2007	0.97	0.979	99.9502	0.146
3.808-5.378	0.141	63	0.118	1525	0.118	1588	0.977	0.986	100	0.153
5.378-69.991	0.186	35	0.18	865	0.18	902	0.967	0.97	99.7783	0.235

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関連情報:EMDBヘッダ

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