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- PDB-9fan: CryoEM structure of gamma2 subunit of GABA(A)R in complex with GA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fan
タイトルCryoEM structure of gamma2 subunit of GABA(A)R in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2 from desensitised state obtained by focused refinement
要素
  • Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
  • LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein
  • Neuroligin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GABA / Neurotransmission / Ternary complex / Inhibitory postsynapse
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inhibitory synapse assembly / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly ...regulation of inhibitory synapse assembly / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / cell-cell junction maintenance / presynaptic membrane assembly / neurexin family protein binding / postsynaptic specialization / presynapse assembly / thigmotaxis / neuron cell-cell adhesion / insulin metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / inhibitory synapse / benzodiazepine receptor activity / ribbon synapse / protein localization to synapse / GABA receptor binding / dopaminergic synapse / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / cellular response to histamine / glycinergic synapse / GABA receptor activation / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / protein localization to cell surface / positive regulation of synapse assembly / Neurexins and neuroligins / neuromuscular process controlling balance / postsynaptic specialization membrane / positive regulation of protein localization to synapse / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of dendritic spine development / synaptic transmission, GABAergic / chloride channel activity / adult behavior / locomotory exploration behavior / Signaling by ERBB4 / excitatory synapse / social behavior / regulation of presynapse assembly / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / chloride channel complex / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / sensory perception of pain / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / dendritic shaft / post-embryonic development / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / sensory perception of sound / cell-cell adhesion / synapse organization / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of insulin secretion / GABA-ergic synapse / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / axon / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Neuroligin / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Lipoma HMGIC fusion partner-like protein / Neuroligin / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / DECANE / Chem-PGW / PALMITIC ACID / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein / Neuroligin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kasaragod, V.B. / Aricescu, A.R.
資金援助 英国, European Union, 米国, 7件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF137-2019European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionGABAARComp-897707European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_EX_MR/T046279/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009609/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01-GM135550 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NeuroNex 2014862 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of gamma2 subunit of GABA(A)R in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2 from desensitised state obtained by focused refinement
著者: Kasaragod, V.B. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
H: Neuroligin-2
L: LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4748
ポリマ－32,9043
非ポリマー1,5705
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 CL

#1: タンパク質 Isoform 2 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / GABA(A) receptor subunit gamma-2 / GABAAR subunit gamma-2


分子量: 7923.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRG2 / プラスミド: pHR-TetO2 / Cell (発現宿主): epithelial-like / 細胞株 (発現宿主): HEK293S-TetR / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney; embryo / 参照: UniProt: P18507
#3: タンパク質 LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein / GABAA receptor regulatory Lhfpl4 / Lipoma HMGIC fusion partner-like 4 protein


分子量: 21366.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LHFPL4, GARLH4 / プラスミド: pHR-TetO2 / Cell (発現宿主): epithelial-like / 細胞株 (発現宿主): HEK293S-TetR / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney; embryo / 参照: UniProt: Q7Z7J7

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 H

#2: タンパク質・ペプチド Neuroligin-2


分子量: 3614.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLGN2, KIAA1366 / プラスミド: pHR-TetO2 / Cell (発現宿主): epithelial-like / 細胞株 (発現宿主): HEK293S-TetR / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney; embryo / 参照: UniProt: Q8NFZ4

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非ポリマー , 5種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#7: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of gamma2 subunit of GABA(A)R in complex with GARLH4, the TMD of Neuroligin2 from desensitised state obtained by focused refinement
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293S
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 15 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
115 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Current: 30 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 287 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 46.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22046
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.9粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIX19.2モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2151332
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106412 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 10 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC at 0.5
原子モデル構築PDB-ID: 6HUO

6huo


Accession code: 6HUO / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0042409
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6673244
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.623439
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039356
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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