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- PDB-9fah: Human adenovirus type 37 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fah
タイトルHuman adenovirus type 37 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diacetylneuraminic acid
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / fiber knob / complex / sialic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-ANA / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus D37 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65336537283 Å
データ登録者Strebl, M. / Liaci, A.M. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Extended receptor repertoire of an adenovirus associated with human obesity.
著者: Liaci, A.M. / Chandra, N. / Vodnala, S.M. / Strebl, M. / Kumar, P. / Pfenning, V. / Bachmann, P. / Caraballo, R. / Chai, W. / Johansson, E. / Elofsson, M. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T. / Arnberg, N.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,19020
ポリマ－120,2593
非ポリマー1,93117
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.881, 66.726, 73.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.747, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNTHRTHR(chain A and ((resid 181 and (name O or name...AA181 - 185181 - 185
12TRPTRPPROPRO(chain A and ((resid 181 and (name O or name...AA187 - 296187 - 296
13SERSERILEILE(chain A and ((resid 181 and (name O or name...AA299 - 337299 - 337
14PHEPHEGLUGLU(chain A and ((resid 181 and (name O or name...AA339 - 365339 - 365
21ASNASNTHRTHR(chain C and ((resid 181 and (name N or name...CC181 - 185181 - 185
22TRPTRPPROPRO(chain C and ((resid 181 and (name N or name...CC187 - 296187 - 296
23SERSERILEILE(chain C and ((resid 181 and (name N or name...CC299 - 337299 - 337
24PHEPHEGLUGLU(chain C and ((resid 181 and (name N or name...CC339 - 365339 - 365

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Fiber


分子量: 40086.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus D37 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64823
#2: 糖 ChemComp-ANA / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / 4-O-ACETYL-ALPHA-2-OMETHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D-NEURAMINIC ACID / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 365.333 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23NO10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
4-O-acetyl-2-O-methyl-5-N-acetyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 286分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26% PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 6.9, 0.05 M zinc acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 65451 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.331140676 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 10438 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65336537283→47.9040909403 Å / SU ML: 0.199489811402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36673149348 / 位相誤差: 20.4086590016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.190329875849 3273 5.00068753724 %
Rwork0.157671212129 62178 -
obs0.159336092102 65451 99.7227004708 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.7471423124 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65336537283→47.9040909403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 113 272 4619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01000018704614442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055710633296051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0708199743502699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00736903992421764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1001271762613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6534-1.6780.318567524261350.3032216976352576X-RAY DIFFRACTION95.323488045
1.678-1.70430.3505842216161410.2834070689282683X-RAY DIFFRACTION100
1.7043-1.73220.2968855111661430.2622731248672702X-RAY DIFFRACTION100
1.7322-1.76210.3025619145421410.2504488418362697X-RAY DIFFRACTION99.9647763297
1.7621-1.79410.3109640148911420.2360213769692693X-RAY DIFFRACTION99.9647390691
1.7941-1.82860.2633870168661410.2120330061862679X-RAY DIFFRACTION100
1.8286-1.8660.2524955766261430.2031211119922712X-RAY DIFFRACTION99.9299964998
1.866-1.90650.221879997331440.1884058896062731X-RAY DIFFRACTION99.9652294854
1.9065-1.95090.229156788981410.1956916491592677X-RAY DIFFRACTION99.8936547324
1.9509-1.99970.19436781531400.1615019756272672X-RAY DIFFRACTION99.9644507643
1.9997-2.05370.1995493959151430.1475443270642714X-RAY DIFFRACTION99.9300454704
2.0537-2.11420.213710386641430.1566102764472714X-RAY DIFFRACTION99.9650104969
2.1142-2.18240.1901395202441420.1550922522632700X-RAY DIFFRACTION100
2.1824-2.26040.2044068646031420.1536208348522692X-RAY DIFFRACTION99.6483825598
2.2604-2.35090.20030819531430.1551478447832707X-RAY DIFFRACTION99.9298737728
2.3509-2.45790.1964439244221420.1575971652512697X-RAY DIFFRACTION100
2.4579-2.58750.1957811268831440.1605860869172735X-RAY DIFFRACTION100
2.5875-2.74960.2017426755891420.1564537535222700X-RAY DIFFRACTION100
2.7496-2.96180.1994507254921420.1601677773362710X-RAY DIFFRACTION99.9299229152
2.9618-3.25990.2009078032071440.1555377970192724X-RAY DIFFRACTION99.9303135889
3.2599-3.73140.1583009829121430.1376273021832724X-RAY DIFFRACTION99.6870653686
3.7314-4.70050.1302933786261440.12264545252742X-RAY DIFFRACTION99.6546961326
4.7005-47.90409094030.1862038367941480.1563768838752797X-RAY DIFFRACTION99.9321343739
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3783585778240.51925840009-0.2678505309420.941397557982-0.2485387128530.946668171681-0.04877088064050.140321338948-0.105864028107-0.01651669277730.0414744246840.06727352813980.369578134335-0.0610545866233-0.01146793479590.215870173284-0.0151165036113-0.01658037895880.193173390514-0.006079061046020.215038841364-3.67471963417-10.305799608419.5790499211
20.60888192860.108820455203-0.567090443290.5248933354190.04286388866230.3172993530870.07406495099450.2487385710170.1093671291150.343794291242-0.02336433314350.343733472009-0.0814800401026-0.1396066693930.01213891097730.2051930755470.0001872678695270.02425003818160.248409067260.06029355921130.281276027866-10.133994904-4.4228410451425.6048013373
30.7536907214180.152880678441-0.4086258438620.234319965792-0.04281775273090.177708056428-0.135589057807-0.150303640544-0.276989653844-0.03443019329340.0509686788768-0.0775216133140.09204841676180.07895559491690.000109877665030.337783574140.01720658554240.01853931567060.1908461768350.04001341325180.282200879271.82750090096-16.465181928530.1760915087
40.9190155201240.220721463524-0.03950644258621.00213438306-0.01030276798070.240125374440.0360461716952-0.02662113245220.1049087928240.1467885314690.08079399714650.211399511917-0.11585144419-0.05122202757280.0001395584208280.2012859025510.02207302433290.02408865136420.1649141911190.01499724874860.198892971361-2.603341458442.9715174394324.3363708326
50.06097335886110.1434534654570.1162905522860.2946205939140.2741659300930.467348023695-0.1196956415350.4714315083250.0102940540122-0.3209620823570.1804538977460.04797323364530.358435975952-0.316564522539-0.08435752753230.188610703644-0.0933468185044-0.07727448809050.3325234467150.09210075473640.198702454999-7.92479127248-2.567156846847.80819296695
60.1843077358980.06675878182910.002051125343480.1305159140760.05275896238630.03399089738210.14041363927-0.128367559003-0.07158576749370.104498216888-0.03071534413480.2156758111490.247014572787-0.002529517387410.000806356180160.2240184764820.0219037282205-0.01863110513270.199713947873-0.006326389501220.2072425320327.43054933644-3.8511794539628.7275599292
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 182 through 234 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 235 through 263 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 291 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 292 through 347 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 348 through 356 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 357 through 365 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 183 through 203 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 204 through 263 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 264 through 286 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 287 through 365 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 180 through 197 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 198 through 263 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 264 through 283 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 284 through 315 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 316 through 347 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 348 through 365 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る