PDB-9fah: Human adenovirus type 37 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fah

タイトル

Human adenovirus type 37 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diacetylneuraminic acid

要素

Fiber

キーワード

VIRAL PROTEIN / fiber knob / complex / sialic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus D37 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65336537283 Å

データ登録者

Strebl, M. / Liaci, A.M. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Extended receptor repertoire of an adenovirus associated with human obesity.
著者: Liaci, A.M. / Chandra, N. / Vodnala, S.M. / Strebl, M. / Kumar, P. / Pfenning, V. / Bachmann, P. / Caraballo, R. / Chai, W. / Johansson, E. / Elofsson, M. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T. / Arnberg, N.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fah.cif.gz	288.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fah.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fah	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9faeC 9fafC 9fagC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.881, 66.726, 73.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.747, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	THR	THR	(chain A and ((resid 181 and (name O or name...	A	A	181 - 185	181 - 185
1	2	TRP	TRP	PRO	PRO	(chain A and ((resid 181 and (name O or name...	A	A	187 - 296	187 - 296
1	3	SER	SER	ILE	ILE	(chain A and ((resid 181 and (name O or name...	A	A	299 - 337	299 - 337
1	4	PHE	PHE	GLU	GLU	(chain A and ((resid 181 and (name O or name...	A	A	339 - 365	339 - 365
2	1	ASN	ASN	THR	THR	(chain C and ((resid 181 and (name N or name...	C	C	181 - 185	181 - 185
2	2	TRP	TRP	PRO	PRO	(chain C and ((resid 181 and (name N or name...	C	C	187 - 296	187 - 296
2	3	SER	SER	ILE	ILE	(chain C and ((resid 181 and (name N or name...	C	C	299 - 337	299 - 337
2	4	PHE	PHE	GLU	GLU	(chain C and ((resid 181 and (name N or name...	C	C	339 - 365	339 - 365

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質

Fiber

分子量: 40086.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human adenovirus D37 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64823

#2: 糖

ChemComp-ANA / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / 4-O-ACETYL-ALPHA-2-OMETHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D-NEURAMINIC ACID / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid

タイプ: D-saccharide / 分子量: 365.333 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₃NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 286分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 26% PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 6.9, 0.05 M zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 65451 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.331140676 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 10438 / CC_1/2: 0.495 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65336537283→47.9040909403 Å / SU ML: 0.199489811402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36673149348 / 位相誤差: 20.4086590016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.190329875849	3273	5.00068753724 %
R_work	0.157671212129	62178	-
obs	0.159336092102	65451	99.7227004708 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.7471423124 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65336537283→47.9040909403 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4234	0	113	272	4619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0100001870461	4442
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05571063329	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0708199743502	699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00736903992421	764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.100127176	2613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6534-1.678	0.31856752426	135	0.303221697635	2576	X-RAY DIFFRACTION	95.323488045
1.678-1.7043	0.350584221616	141	0.283407068928	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7043-1.7322	0.296885511166	143	0.262273124867	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7322-1.7621	0.302561914542	141	0.250448841836	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.9647763297
1.7621-1.7941	0.310964014891	142	0.236021376969	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.9647390691
1.7941-1.8286	0.263387016866	141	0.212033006186	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8286-1.866	0.252495576626	143	0.203121111992	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.9299964998
1.866-1.9065	0.22187999733	144	0.188405889606	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.9652294854
1.9065-1.9509	0.22915678898	141	0.195691649159	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.8936547324
1.9509-1.9997	0.1943678153	140	0.161501975627	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.9644507643
1.9997-2.0537	0.199549395915	143	0.147544327064	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.9300454704
2.0537-2.1142	0.21371038664	143	0.156610276447	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.9650104969
2.1142-2.1824	0.190139520244	142	0.155092252263	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1824-2.2604	0.204406864603	142	0.153620834852	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.6483825598
2.2604-2.3509	0.2003081953	143	0.155147844783	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.9298737728
2.3509-2.4579	0.196443924422	142	0.157597165251	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4579-2.5875	0.195781126883	144	0.160586086917	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5875-2.7496	0.201742675589	142	0.156453753522	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7496-2.9618	0.199450725492	142	0.160167777336	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9299229152
2.9618-3.2599	0.200907803207	144	0.155537797019	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.9303135889
3.2599-3.7314	0.158300982912	143	0.137627302183	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.6870653686
3.7314-4.7005	0.130293378626	144	0.1226454525	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.6546961326
4.7005-47.9040909403	0.186203836794	148	0.156376883875	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.9321343739

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.378358577824	0.51925840009	-0.267850530942	0.941397557982	-0.248538712853	0.946668171681	-0.0487708806405	0.140321338948	-0.105864028107	-0.0165166927773	0.041474424684	0.0672735281398	0.369578134335	-0.0610545866233	-0.0114679347959	0.215870173284	-0.0151165036113	-0.0165803789588	0.193173390514	-0.00607906104602	0.215038841364	-3.67471963417	-10.3057996084	19.5790499211
2	0.6088819286	0.108820455203	-0.56709044329	0.524893335419	0.0428638886623	0.317299353087	0.0740649509945	0.248738571017	0.109367129115	0.343794291242	-0.0233643331435	0.343733472009	-0.0814800401026	-0.139606669393	0.0121389109773	0.205193075547	0.000187267869527	0.0242500381816	0.24840906726	0.0602935592113	0.281276027866	-10.133994904	-4.42284104514	25.6048013373
3	0.753690721418	0.152880678441	-0.408625843862	0.234319965792	-0.0428177527309	0.177708056428	-0.135589057807	-0.150303640544	-0.276989653844	-0.0344301932934	0.0509686788768	-0.077521613314	0.0920484167618	0.0789555949169	0.00010987766503	0.33778357414	0.0172065855424	0.0185393156706	0.190846176835	0.0400134132518	0.28220087927	1.82750090096	-16.4651819285	30.1760915087
4	0.919015520124	0.220721463524	-0.0395064425862	1.00213438306	-0.0103027679807	0.24012537444	0.0360461716952	-0.0266211324522	0.104908792824	0.146788531469	0.0807939971465	0.211399511917	-0.11585144419	-0.0512220275728	0.000139558420828	0.201285902551	0.0220730243329	0.0240886513642	0.164914191119	0.0149972487486	0.198892971361	-2.60334145844	2.97151743943	24.3363708326
5	0.0609733588611	0.143453465457	0.116290552286	0.294620593914	0.274165930093	0.467348023695	-0.119695641535	0.471431508325	0.0102940540122	-0.320962082357	0.180453897746	0.0479732336453	0.358435975952	-0.316564522539	-0.0843575275323	0.188610703644	-0.0933468185044	-0.0772744880905	0.332523446715	0.0921007547364	0.198702454999	-7.92479127248	-2.56715684684	7.80819296695
6	0.184307735898	0.0667587818291	0.00205112534348	0.130515914076	0.0527589623863	0.0339908973821	0.14041363927	-0.128367559003	-0.0715857674937	0.104498216888	-0.0307153441348	0.215675811149	0.247014572787	-0.00252951738741	0.00080635618016	0.224018476482	0.0219037282205	-0.0186311051327	0.199713947873	-0.00632638950122	0.207242532032	7.43054933644	-3.85117945396	28.7275599292
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 182 through 234 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 235 through 263 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 264 through 291 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 292 through 347 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 348 through 356 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 357 through 365 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 183 through 203 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 204 through 263 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 264 through 286 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 287 through 365 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 180 through 197 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 198 through 263 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 264 through 283 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 284 through 315 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 316 through 347 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 348 through 365 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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