PDB-9fag: Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4,9-O,5-N-tri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fag

タイトル

Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4,9-O,5-N-triacetylneuraminic acid

要素

Fiber

キーワード

VIRAL PROTEIN / fiber knob / complex / sialic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 36 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Strebl, M. / Liaci, A.M. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Extended receptor repertoire of an adenovirus associated with human obesity.
著者: Liaci, A.M. / Chandra, N. / Vodnala, S.M. / Strebl, M. / Kumar, P. / Pfenning, V. / Bachmann, P. / Caraballo, R. / Chai, W. / Johansson, E. / Elofsson, M. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T. / Arnberg, N.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fag.cif.gz	292 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fag.ent.gz	193 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9fag_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fag_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9fag_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	9fag_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fag	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9faeC 9fafC 9fahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.591, 99.208, 111.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Fiber 分子量: 40164.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human adenovirus 36 (ヒトアデノウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4N3K6
#2: 糖	ChemComp-SIO / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 407.370 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 26% PEG 3350, 175 mM NH4Ac, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 52253 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.62728689 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 13 % / Num. unique obs: 8111 / CC_1/2: 0.532 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→48.4501235152 Å / SU ML: 0.259094853354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33305318081 / 位相誤差: 21.9330095151
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206181073136	2613	5.000669818 %
R_work	0.169145076016	49640	-
obs	0.171058499383	52253	99.9502668375 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.7680285991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.4501235152 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4241	0	112	281	4634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105353149184	4576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12413576067	6254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0670388485514	717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00637027902106	790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3342472401	2707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9391	0.460926009843	135	0.419907983735	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.7792494481
1.9391-1.9764	0.326730776983	135	0.280773890547	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9764-2.0167	0.248282903455	135	0.223656678637	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0167-2.0606	0.243535157417	137	0.213046774155	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0606-2.1085	0.280302289159	136	0.209680207337	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1085-2.1612	0.252470830201	135	0.20047859595	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1612-2.2197	0.2287051264	137	0.196281997186	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.926953981
2.2197-2.285	0.303828044338	135	0.240908690209	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.6328928047
2.285-2.3587	0.218546498057	137	0.179675962425	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3587-2.443	0.232578898428	135	0.177014473955	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.443-2.5408	0.24726761443	138	0.166247757534	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5408-2.6565	0.203281477705	136	0.160752461255	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6565-2.7965	0.225633808567	138	0.159656428723	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7965-2.9717	0.222940020117	138	0.164531574324	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.9639249639
2.9717-3.2011	0.212596818881	138	0.161331436396	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2011-3.5232	0.171289190099	139	0.146984459253	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.963963964
3.5232-4.0328	0.159003053724	139	0.139193445076	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.9639899172
4.0328-5.08	0.140221676044	141	0.119703710358	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.9646518204
5.08-48.45	0.194752172908	149	0.167894034551	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.8650927487

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.17059692565	-2.67284670096	-0.0470622488656	4.93374124756	-0.047230865863	3.39563974402	0.0905198005862	0.326775226362	-0.0339082085138	-0.221044601696	-0.119399222362	-0.0282191471514	0.132155019747	-0.0345654285296	-0.0235263226493	0.297153799087	-0.0429715432416	0.00119318505501	0.292913244672	-0.0555665154905	0.218227310199	-9.92980357183	4.07178462582	-30.8955848854
2	3.52370987082	-1.43045308411	0.952137637286	3.10452922982	-0.114154233473	1.8206451644	0.0137153014537	0.241812480406	0.159934687909	-0.0448252026695	-0.152878894863	-0.257055344622	0.0469749687368	0.0218474492345	0.133826668843	0.197398866952	-0.0115692496276	0.00409152084302	0.18070442127	-0.028075397975	0.180295289794	-6.39423473345	2.58646590875	-22.5821364288
3	1.6477779207	-0.634256405714	-0.357984231847	2.47845806088	2.41976870105	2.42728445369	-0.0314312322761	0.0822121650705	0.0325288820485	0.183628348885	-0.165408918263	0.358354030785	0.0187033968151	-0.336593585328	0.17851016169	0.203157218472	0.00171671457461	-0.047269040352	0.292061563005	-0.0243737272835	0.245284502428	-21.8072514851	11.0265793939	-20.6316680641
4	1.56972625063	-0.710092660555	-0.532301668659	3.44158266132	-0.979383063133	2.18994879075	0.00573261039279	0.134656779193	-0.142038255598	-0.210061298773	0.0187178403314	0.161342857885	0.381441365807	-0.210932155528	-0.0327204893692	0.253313073853	-0.0195688495759	-0.0410692794426	0.241603473187	-0.0660101299787	0.204218872439	-13.4156329946	-4.04334932461	-31.4579323365
5	2.23821043711	0.804429103324	2.51195402632	1.40867655798	2.41662230003	4.85811979484	-0.108852794472	0.43909676151	-0.128106609119	-0.459844527626	0.0134476763485	-0.106690932754	0.221653715432	0.392163212471	0.157380751768	0.351988894684	0.0591228711819	0.0195341513427	0.293609244276	-0.0531120996045	0.287933906091	-4.21260383339	-6.78957170783	-33.3507588006
6	5.61528742796	1.76709556668	-2.96582182578	3.72322916066	-2.55453833682	7.99472186759	0.0340506955082	-0.0316702171747	-0.467949883859	0.00737737475589	0.0160955269083	0.711014184265	-0.00298606183896	-0.412387321008	0.00648242847376	0.35264404063	-0.0603755263271	0.0320257741755	0.257372815707	0.00739859729971	0.447214626592	-15.4845261956	-13.3587666824	-12.7334238585
7	1.65106097903	-0.142832631336	0.113717721142	2.17749718319	0.528792135061	2.06569877619	0.0289205129721	-0.0743536255858	-0.257546058846	0.168071734914	-0.0649826395002	0.0670824984516	0.289650824142	-0.25578473045	0.011973124715	0.206156296122	-0.0417063663105	-9.50771262863E-5	0.21963781764	-0.0118878349444	0.223710076725	-15.2212855321	0.862878711163	-13.6298893789
8	4.72615057945	-1.78843915576	-1.1539367755	2.48806347557	0.549157727444	4.00103493018	-0.080225926555	-0.0788261461763	0.0264122289187	-0.179164962552	0.146833545699	-0.00876857276314	-0.403489121661	-0.175291323231	-0.0743279170692	0.198262148369	0.0276804903161	-0.0488895082312	0.216249967786	-0.0443203620724	0.173212526372	-16.4126756271	19.2422240796	-15.4963403551
9	5.58244111311	2.64994989578	1.56985801881	3.36099857442	-0.213516174641	3.28562322142	0.0447617587744	0.0827932500811	-0.474811476543	-0.0563189961841	0.0469247651919	-0.31258191469	0.676262344688	0.164842560872	-0.0544428773593	0.226410447774	0.00603301756055	0.0230543089574	0.154737883956	-0.0204357720046	0.138253999606	-5.62048875276	-5.54133707199	-16.7748825678
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 179 through 200 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 201 through 222 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 223 through 245 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 246 through 264 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 265 through 281 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 282 through 298 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 299 through 347 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 348 through 362 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 363 through 371 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 179 through 194 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 195 through 237 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 238 through 265 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 266 through 291 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 299 through 347 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 348 through 371 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 180 through 194 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 195 through 222 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 223 through 258 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 259 through 278 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 279 through 347 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 348 through 371 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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