PDB-9faf: Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9faf

タイトル

Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diacetylneuraminic acid

要素

Fiber

キーワード

VIRAL PROTEIN / fiber knob / complex / sialic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 36 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Strebl, M. / Liaci, A.M. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Extended receptor repertoire of an adenovirus associated with human obesity.
著者: Liaci, A.M. / Chandra, N. / Vodnala, S.M. / Strebl, M. / Kumar, P. / Pfenning, V. / Bachmann, P. / Caraballo, R. / Chai, W. / Johansson, E. / Elofsson, M. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T. / Arnberg, N.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9faf.cif.gz	294.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9faf.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9faf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9faf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9faf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9faeC 9fagC 9fahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.457, 99.164, 110.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質

Fiber

分子量: 40164.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human adenovirus 36 (ヒトアデノウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4N3K6

#2: 糖

ChemComp-ANA / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / 4-O-ACETYL-ALPHA-2-OMETHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D-NEURAMINIC ACID / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid

タイプ: D-saccharide / 分子量: 365.333 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₃NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 415分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 24% PEG 3350, 185 mM NH4Ac, 0,1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 65546 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.0065372835 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.76→1.85 Å / Num. unique obs: 9952 / CC_1/2: 0.647 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→48.4263923799 Å / SU ML: 0.190195470242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33955552843 / 位相誤差: 19.9681857606
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183908792121	3276	4.99801666006 %
R_work	0.165045589782	62270	-
obs	0.166009324593	65546	99.0195634111 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.700902052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→48.4263923799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4292	0	103	411	4806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00660197200403	4564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893841370206	6230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0568107577326	708
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00543749128654	791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.5714817844	2711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.7825	0.461016706191	110	0.425981821586	2105	X-RAY DIFFRACTION	77.9655051038
1.7825-1.8104	0.270106564086	141	0.293636146076	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8104-1.8401	0.314893595407	143	0.269881379096	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.9301919721
1.8401-1.8718	0.264294253454	142	0.243185320051	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8718-1.9058	0.268252085634	143	0.230085142679	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.9297752809
1.9058-1.9425	0.27794424551	141	0.242646560219	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.8235086481
1.9425-1.9821	0.225115337325	144	0.208730517392	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0252	0.192215262948	140	0.177469298025	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.9289015286
2.0252-2.0724	0.212765937206	141	0.181297647723	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.8246229393
2.0724-2.1242	0.190901277314	143	0.172895676068	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.9303378614
2.1242-2.1816	0.219371111464	142	0.163782337323	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1816-2.2458	0.196869010912	142	0.165206296859	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.9647639183
2.2458-2.3183	0.171580693024	145	0.170663302398	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.9655291279
2.3183-2.4012	0.190951762423	142	0.159826000638	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4012-2.4973	0.213379423101	144	0.160540425184	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4973-2.6109	0.194795049046	145	0.154278869238	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6109-2.7486	0.164957597333	143	0.157220699379	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7486-2.9208	0.16688976425	145	0.16359849613	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.9656357388
2.9208-3.1462	0.177895269175	144	0.164343951724	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1462-3.4628	0.163447349142	146	0.154486024217	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4628-3.9637	0.169302959409	147	0.144547718775	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9637-4.993	0.147437735943	148	0.120803863224	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
4.993-48.4263923799	0.151901557151	155	0.158710266093	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.9355046759

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.29610289813	-1.6715179101	0.703027970578	2.19064008699	-0.572640282047	1.82023667517	0.0385865311918	0.329378033178	-0.0644821431648	-0.128633852362	-0.0254545941791	0.0541981190957	0.0247617214105	-0.109946224625	-0.0299671611232	0.247322501697	-0.033106106108	-0.011298051237	0.286407206775	-0.0619759634418	0.163641975721	-11.9932226214	5.63522419011	-30.9023922291
2	1.34828334656	-0.95202670056	-0.0895355763982	1.73389887708	0.81730095468	1.22194768549	0.00354573998483	0.096539277551	-0.0458527277061	-0.0227434402984	-0.0889863090736	0.132484808224	-0.0573385044851	-0.175412216193	0.084197405207	0.181589950208	-0.013707377196	-0.00511900994359	0.21533714156	-0.00957257748164	0.18552486818	-14.3856985515	6.9657363842	-21.6921699282
3	1.94626307421	-0.349080991052	-0.399628412593	1.8201770319	-1.02652993459	1.64838979156	-0.0224557064559	0.171934913074	-0.198946760595	-0.156134416268	0.0352040876199	0.114069817865	0.260976548664	-0.200976321482	-0.0139030596897	0.273255879547	-0.0286999283503	-0.0350667854512	0.255209891841	-0.0739204094871	0.226278780083	-13.2945792194	-4.27433032097	-31.6417456512
4	2.47343061005	-0.415431104925	1.26243205072	1.17718553991	1.57655175882	3.53172011409	0.0168284353637	0.481610446954	-0.135562344765	-0.278258434777	0.00739086232861	-0.13349832496	0.185199889791	0.661802043443	0.0582790296784	0.314421975059	0.0334141979045	-0.0108293961094	0.363862404783	-0.0504556117893	0.246946314888	-3.13341930756	-6.21561247145	-34.1122631076
5	1.24237888635	-0.61489642491	0.129942041669	1.45180821546	0.0945114553646	1.52344339028	0.00732696605668	-0.0162350660976	-0.279770417934	0.115991369686	-0.0306286744449	0.257351624679	0.243052495037	-0.239132946565	-0.0071172894325	0.210125522081	-0.0512995213365	0.0128411561476	0.222158759249	-0.00362232594106	0.230213625685	-15.1891409718	-2.01279141485	-13.58588624
6	3.49140212636	-0.539041868981	-0.933008381333	0.305220899499	0.354799452915	3.59230983397	-0.0353732404721	-0.0733292329109	0.188719201817	-0.0475113753286	0.0444012353431	-0.0624326966505	-0.444213080153	-0.137326020627	-0.0119641105642	0.259296847088	0.00497386447686	-0.00816579362872	0.210747749811	-0.0172012193367	0.224380294893	-16.3752470707	19.4622636865	-15.6945936543
7	3.11096269498	1.64891967487	0.84338897677	7.11626323777	-0.716052815014	2.08455203495	0.195742433224	0.0541257925558	-0.343769590886	-0.0290589050299	-0.217336347866	-0.149924125603	0.388612622914	0.0358119062276	0.00871525558232	0.231358647281	-0.00710972066091	0.0114995459943	0.204358556298	-0.0198885577239	0.217325720304	-5.53338053161	-5.5080964155	-16.9311812023
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17	2.55010661223	0.570773504824	-0.375660931906	0.819915067004	-0.395609739245	2.22386744962	-0.10774518879	0.117396945348	-0.226291200295	0.104248613032	0.0370378706533	0.047478855621	0.166642006606	-0.180008212073	0.0769199250256	0.23048675615	-0.019820583038	-0.0101841060287	0.139712703913	0.0156546491936	0.177296257045	-8.06547101385	-0.0433764641631	-0.670797128321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 180 through 200 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 201 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 264 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 265 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 282 through 347 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 348 through 362 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 363 through 371 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 180 through 200 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 201 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 266 through 281 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 282 through 347 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 348 through 371 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 180 through 194 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 195 through 222 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 223 through 265 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 266 through 347 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 348 through 371 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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