PDB-9fae: Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4-O-acetyl-3'...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fae

タイトル

Human adenovirus type 36 fiber knob in complex with 4-O-acetyl-3'-sialyllactose

要素

Fiber

キーワード

VIRAL PROTEIN / fiber knob / complex / sialic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 36 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5735397337 Å

データ登録者

Strebl, M. / Liaci, A.M. / Pfenning, V. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Extended receptor repertoire of an adenovirus associated with human obesity.
著者: Liaci, A.M. / Chandra, N. / Vodnala, S.M. / Strebl, M. / Kumar, P. / Pfenning, V. / Bachmann, P. / Caraballo, R. / Chai, W. / Johansson, E. / Elofsson, M. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T. / Arnberg, N.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fae.cif.gz	298.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fae.ent.gz	196.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fae	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9fafC 9fagC 9fahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.129, 98.644, 99.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Fiber

分子量: 40164.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human adenovirus 36 (ヒトアデノウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4N3K6

#2: 多糖

4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid-(2-3)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 513.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

#3: 糖

ChemComp-PKM / 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / 4-O-acetyl-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosonic acid / 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid / 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosonic acid / N,4-O-ジアセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 351.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 185 mM NH4Ac, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 133755 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.57→1.67 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique obs: 20662 / CC_1/2: 0.651 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5735397337→45.50728515 Å / SU ML: 0.176920897141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3601203312 / 位相誤差: 17.6918432536
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187024423223	6671	4.98747710366 %
R_work	0.155110951343	127084	-
obs	0.156703663775	133755	98.8434821165 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.7588548491 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5735397337→45.50728515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4331	0	83	463	4877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0116399935378	4598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24007137757	6304
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0769103769955	727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00799211881714	803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1716505067	2836

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5735397337-1.5914	0.303449116132	173	0.280865806696	3291	X-RAY DIFFRACTION	76.5524861878
1.5914-1.6101	0.280959825149	221	0.24074861053	4234	X-RAY DIFFRACTION	98.5619469027
1.6101-1.6298	0.273669385844	223	0.232401928614	4187	X-RAY DIFFRACTION	99.1679784124
1.6298-1.6504	0.27087973351	228	0.230264088988	4327	X-RAY DIFFRACTION	99.1726540388
1.6504-1.6721	0.26614903041	223	0.225383705338	4187	X-RAY DIFFRACTION	98.8789237668
1.6721-1.695	0.25237714002	222	0.217649430545	4247	X-RAY DIFFRACTION	99.0689425848
1.695-1.7193	0.218571129378	224	0.204485031555	4281	X-RAY DIFFRACTION	99.2072230786
1.7193-1.7449	0.247757348281	223	0.195041932524	4203	X-RAY DIFFRACTION	99.3936671907
1.7449-1.7722	0.243970137438	221	0.186362321655	4297	X-RAY DIFFRACTION	99.4278169014
1.7722-1.8012	0.247255856116	219	0.179079884051	4262	X-RAY DIFFRACTION	99.4231195917
1.8012-1.8323	0.218894800936	224	0.17073185885	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.4893428064
1.8323-1.8656	0.198222607911	229	0.16350335717	4275	X-RAY DIFFRACTION	99.557913351
1.8656-1.9015	0.23311864193	222	0.163390098838	4264	X-RAY DIFFRACTION	99.5561473591
1.9015-1.9403	0.182473230746	227	0.163784615658	4247	X-RAY DIFFRACTION	99.6214651525
1.9403-1.9825	0.197615988939	226	0.158877079128	4294	X-RAY DIFFRACTION	99.6912218791
1.9825-2.0286	0.190009518748	226	0.146099170981	4277	X-RAY DIFFRACTION	99.7342192691
2.0286-2.0794	0.17459671949	228	0.151781976489	4273	X-RAY DIFFRACTION	99.778319663
2.0794-2.1356	0.201892749431	223	0.146420015622	4314	X-RAY DIFFRACTION	99.9119136754
2.1356-2.1984	0.176509819866	223	0.144001834443	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.8885172798
2.1984-2.2694	0.174863852358	220	0.141278524017	4251	X-RAY DIFFRACTION	99.8882931189
2.2694-2.3505	0.218886616169	224	0.153216545684	4280	X-RAY DIFFRACTION	99.9556147359
2.3505-2.4446	0.206010972399	234	0.151756049812	4312	X-RAY DIFFRACTION	99.8681898067
2.4446-2.5558	0.164086021858	228	0.150489480257	4294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5558-2.6906	0.170690132324	222	0.150804885538	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6906-2.8591	0.210459231225	224	0.152234354458	4288	X-RAY DIFFRACTION	99.9335548173
2.8591-3.0798	0.178283370116	217	0.155338817211	4254	X-RAY DIFFRACTION	99.9552872792
3.0798-3.3897	0.170016898475	225	0.148908869681	4323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3897-3.8799	0.139143617837	223	0.132361527685	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8799-4.8874	0.153876863248	224	0.118830828872	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.9333481449
4.8874-45.50728515	0.170889120592	225	0.157779609026	4301	X-RAY DIFFRACTION	99.933760212

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.37377254805	-0.0337151905724	0.160368988311	1.40357659413	-0.0234598958641	1.44781537354	-0.057670029142	0.148860916251	-0.0852419792321	-0.12383025321	0.0845284895191	0.0473158422638	0.0142666155984	0.0345780159894	-0.0294878630383	0.109173299061	0.0049182225495	-0.00355624421642	0.108306005545	-0.0100226831707	0.0925546082709	-17.6898312316	9.18744109089	-38.4669634833
2	7.34178258841	-1.33208039242	-0.0503800675747	1.80220327228	-0.0190465288977	1.29334593009	-0.0487628382023	0.26253124803	-0.780779701386	-0.106190703573	-0.00591432348408	0.035249246737	0.150120826076	0.0968079305581	0.0679641184042	0.12170012842	0.0146708170966	-0.028014939724	0.135098926839	-0.0317598180137	0.159969313297	-10.5251005169	-0.71959387942	-35.6728032081
3	2.77440486757	0.206543450864	1.16400492853	2.19979509343	0.107920224366	2.84734865129	0.000158357557801	0.271338923406	-0.0295161036667	-0.257537812716	-0.0620381969122	-0.201760272772	-0.0198840101653	0.403587679528	0.0430193097456	0.146675556321	0.00349817335397	0.0268870837689	0.216236769576	-0.0350467714272	0.148038416144	-3.57492707759	6.8174758146	-40.9746737237
4	1.15454710701	-0.112487286826	-0.0313827770736	0.956387555975	0.174525516595	1.16186910215	-0.0191527684148	-0.14767855222	-0.0456478886927	0.144404392589	0.060211260534	-0.00309998838367	0.0621214676359	-0.0243561665874	-0.0661107878249	0.10963974214	-0.00310138211749	-0.00931579386058	0.106948446334	0.00860720866285	0.112124509534	-16.6590678796	6.34054488356	-22.629831915
5	4.75311313451	-3.26085535553	-0.0215831057071	2.74464676799	-0.395845398926	0.348964193626	0.0138799824524	0.138159922739	-0.496780686214	-0.0355995894207	-0.00876776115769	0.186443883532	0.10350476229	0.0455482243095	0.0135654954508	0.123604563366	0.0125234673891	-0.0370370939626	0.158624469112	-0.0220887612765	0.183883246261	-12.4365283343	-1.02464628024	-30.1135770538
6	0.579202781803	0.309113541689	0.00890578046259	1.55104336748	-0.0234876597454	1.56126373986	-0.045512644327	0.06268342485	-0.0678554768626	-0.00913751782896	0.089145397234	0.248116201268	-0.0506254554401	-0.112149441093	-0.0340582408201	0.0896238305449	0.00896055498488	-0.00459542172394	0.0842042758432	0.0153848963799	0.105938002409	-22.4108735611	11.7829349096	-30.831751659
7	4.16752119911	-0.623324044426	0.750795206734	3.1875126597	-0.107839594592	3.4015622961	0.0106658167823	-0.105392710903	0.11743838859	0.0257621992651	0.0394114373316	-0.161472315985	-0.333237995499	0.1709476951	-0.0767776795025	0.194254529972	-0.0438220550021	0.0380663693125	0.0803607240703	-0.00814711549791	0.180796223446	-8.3681881414	37.2526932721	-24.5406651688
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 179 through 237 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 238 through 255 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 281 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 282 through 330 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 331 through 347 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 348 through 371 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 179 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 210 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 211 through 237 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 238 through 258 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 259 through 281 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 282 through 347 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 348 through 371 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 180 through 200 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 201 through 237 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 238 through 265 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 266 through 281 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 282 through 347 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 348 through 371 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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