PDB-9fab: Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - bent polymorph

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fab

タイトル

Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - bent polymorph

要素

Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

キーワード

PROTEIN FIBRIL / systemic AL amyloid fibril

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Schulte, T. / Speranzini, V. / Chaves-Sanjuan, A. / Milazzo, M. / Ricagno, S.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - bent polymorph
著者: Schulte, T. / Chaves-Sanjuan, A. / Speranzini, V. / Sicking, K. / Milazzo, M. / Mazzini, G. / Rognoni, P. / Caminito, S. / Milani, P. / Marabelli, C. / Corbelli, A. / Diomede, L. / ...

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fab.cif.gz	186 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fab.ent.gz	152 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50271MC 9faa M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

B: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

C: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

D: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

E: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

ヘテロ分子

70.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: 抗体

Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)

分子量: 13923.335 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト)

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form タイプ: TISSUE 詳細: Amyloid fibrils extracted ex vivo from cardiac tissue of AL patient Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 2049

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -0.7351 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.9162 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23010 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.01	4515
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.57	6160
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	11.32	1570
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.07	700
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	795

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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