PDB-9fa0: The structure of ScoC, a global regulator protein from Geobacillu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fa0

タイトル

The structure of ScoC, a global regulator protein from Geobacillus kaustophilus

要素

ScoC

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ScoC / Global regulator / Geobacillus stearothermophilus / Tetramer / DNA Bending / Hpr

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Hadad, N. / Shulami, S. / Pomyalov, S. / Lansky, S. / Lavid, N. / Shoham, Y. / Shoham, G.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of ScoC, a global regulator protein from Geobacillus kaustophilus
著者: Hadad, N. / Shulami, S. / Pomyalov, S. / Lansky, S. / Lavid, N. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2024年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fa0.cif.gz	59.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fa0.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fa0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fa0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fa0	HTTPS FTP

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: ScoC

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: ScoC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	7_545	y+1/2,x-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	10_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y+1/2,-x+1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.182, 95.182, 156.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	ScoC 分子量: 24585.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: Diamonds
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3350 and 8% Tacsimate pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月10日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→47.59 Å / Num. obs: 6497 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 112.84 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 3.15→3.26 Å / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1143 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.25 / R_rim(I) all: 0.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→47.59 Å / SU ML: 0.3484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6918
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	329	5.08 %
R_work	0.2341	6153	-
obs	0.2349	6481	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→47.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1477	0	0	0	1477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2908	2028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0615	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.4679	188

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.97	0.2774	157	0.2588	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.97-47.59	0.243	172	0.2266	3128	X-RAY DIFFRACTION	99.16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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