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- PDB-9f9z: Gcase in complex with small molecule inhibitor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f9z
タイトルGcase in complex with small molecule inhibitor 1
要素Lysosomal acid glucosylceramidase
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Glycosidase / cholesterol metabolism / steroid metabolism / glycosyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / glucosylceramide catabolic process / lymphocyte migration ...steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / glucosylceramide catabolic process / lymphocyte migration / regulation of lysosomal protein catabolic process / scavenger receptor binding / glycolipid biosynthetic process / sphingosine biosynthetic process / response to thyroid hormone / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / lysosomal protein catabolic process / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / regulation of TOR signaling / lipid storage / positive regulation of type 2 mitophagy / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / pyramidal neuron differentiation / ceramide biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / response to dexamethasone / antigen processing and presentation / neuromuscular process / lysosome organization / beta-glucosidase activity / hematopoietic stem cell proliferation / response to testosterone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / motor behavior / negative regulation of interleukin-6 production / establishment of skin barrier / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / cholesterol metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / negative regulation of MAPK cascade / cell maturation / lysosomal lumen / thymus development / cellular response to starvation / determination of adult lifespan / respiratory electron transport chain / trans-Golgi network / response to estrogen / negative regulation of inflammatory response / autophagy / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / immune response / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.279 Å
データ登録者Tisi, D. / Cleasby, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Fragment-Based Discovery of a Series of Allosteric-Binding Site Modulators of beta-Glucocerebrosidase.
著者: Palmer, N. / Agnew, C. / Benn, C. / Buffham, W.J. / Castro, J.N. / Chessari, G. / Clark, M. / Cons, B.D. / Coyle, J.E. / Dawson, L.A. / Hamlett, C.C.F. / Hodson, C. / Holding, F. / Johnson, C. ...著者: Palmer, N. / Agnew, C. / Benn, C. / Buffham, W.J. / Castro, J.N. / Chessari, G. / Clark, M. / Cons, B.D. / Coyle, J.E. / Dawson, L.A. / Hamlett, C.C.F. / Hodson, C. / Holding, F. / Johnson, C.N. / Liebeschuetz, J.W. / Mahajan, P. / McCarthy, J.M. / Murray, C.W. / O'Reilly, M. / Peakman, T. / Price, A. / Rapti, M. / Reeks, J. / Schopf, P. / St-Denis, J.D. / Valenzano, C. / Wallis, N.G. / Walser, R. / Weir, H. / Wilsher, N.E. / Woodhead, A. / Bento, C.F. / Tisi, D.
履歴
登録2024年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysosomal acid glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0106
ポリマ－58,2321
非ポリマー7785
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.768, 73.746, 68.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Lysosomal acid glucosylceramidase / Lysosomal acid GCase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / ...Lysosomal acid GCase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / Beta-glucosylceramidase 1 / Cholesterol glucosyltransferase / SGTase / Cholesteryl-beta-glucosidase / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Glucosylceramidase beta 1 / Imiglucerase / Lysosomal cholesterol glycosyltransferase / Lysosomal galactosylceramidase / Lysosomal glycosylceramidase


分子量: 58232.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CD33 signal peptide; Gcase 40-536; C-terminal 6xHIS tag;
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA1, GBA, GC, GLUC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; ...参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, galactosylceramidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 168分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-A1IBI / (2~{S})-1-(2,6-dimethylphenoxy)propan-2-amine


分子量: 179.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M KSCN 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.279→49.55 Å / Num. obs: 23525 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 2.3 % / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.279→2.43 Å / Num. unique obs: 3679 / Rrim(I) all: 0.287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.279→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 19.453 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26354 963 4.7 %RANDOM
Rwork0.17597 ---
obs0.17998 19509 87.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.01 Å20 Å2-0.77 Å2
2--2.87 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.279→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 48 164 4142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0154099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.7725591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.581.7248468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9035.12500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75821.092185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.63915.123608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0731522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0214574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2014.3041987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.24.3041988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3745.0732112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3735.0752113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.89123.7524513
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.87923.7114506
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.279→2.338 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 57 -
Rwork0.224 1255 -
obs--75.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.2069 Å / Origin y: 3.4222 Å / Origin z: -6.3055 Å
111213212223313233
T0.062 Å2-0.0164 Å2-0.0296 Å2-0.024 Å2-0.0064 Å2--0.1728 Å2
L1.4033 °20.0381 °2-0.5606 °2-0.3136 °2-0.1066 °2--1.8835 °2
S-0.0128 Å °0.0524 Å °0.0137 Å °-0.0159 Å °0.0073 Å °-0.0509 Å °0.0436 Å °-0.1964 Å °0.0054 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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